Известно несколько модификаций самолетов Ju 88, которые так и не перешагнули стадии проектных работ.

Ju 88F-1 – разведчик-бомбардировщик, созданный на базе Ju 88А-4, по с полным разведывательным оборудованием, как на Ju 88D-I.

Самолеты Ju 88 G-2, G-3, G-4 и G-5 известны только по прототипам. Прототипом Ju 88G-2 был Ju 88V106. Ju 88G-3 – Ju88V107 (VK+BM. W.Nr. 710580), оборудованный двигателями Даймлер-Бенц DB 603Е, Ju 88V105 (VK+OC. W.Nr. 710523).

Некоторые немецкие источники сообщают, что велись работы над машинами Ju 88G-8 и Ju 88G-9, представляющими собой развитие Ju 88G-6. Однако никакой конкретной информации на эту тему не обнаружено.

Ju 88Н-4, так называемый Fuehrungsmachine – дальний бомбардировщик, несший на себе истребитель прикрытия Fw 190A-8, наподобие Мистеля.

Ju 88J-I – проект тяжелого истребителя, созданного на базе Ju 88А-4, но оснащенного двигателями BMW 80ID.

Ju 88Q-I – проект ночного истребителя, оснащенного радаром FuG 220 SN-2 и двигателями BMW 801G.

Ju 88S-4 – самолет с двигателями Jumo 213 и бомбоотсеком повышенной вместимости.

Ju 88S-5 – самолет Ju 88S-3 оснащенный компрессором ТК 11, при помощи которого планировалось достичь потолка в 11000 м. Прототип этого самолета Ju 88V93 поднялся в воздух 1 ноября 1943 года в Дессау.

Ju-88C-6 из 4./KG-76 в зимней маскировочной окраске. В носовой части фюзеляжа нарисовано ложное остекление с целью введения в заблуждение пилотов советских истребителей.

Многие ночные истребители, подобно этому Ju-88C-6 были вооружены двумя пушками MG-151/20, установленными в фюзеляже за кабиной стволами вверх – система Schrage Musik.