Основная схема окраски, принятая в Люфтваффе для дневных бомбардировщиков заключалась в следующем. Верхнюю поверхность и борта фюзеляжа, а также верхнюю поверхность крыльев и оперения покрывали черно-зеленой краской RLM 70 Schwarzgruen (FS 595В – 34050) и темно-зеленой RLM 71 Dunkelgruen (FS 595В – 34079-34086). Нижние поверхности самолета выкрашивали голубой краской RLM 65 Hellblau (FS 595В – 35352).

Для самолетов, эксплуатировавшихся на средиземноморском и североафриканских театрах военных действий использовали иную схему окраски. Верхние и боковые поверхности самолета покрывали песочного цвета краской RLM 79 Santlbraun (FS 595В – 33434). а нижние поверхности выкрашивали краской RLM 78 Hellblau (FS 595В – 35352-35414). Некоторые самолеты из LG 1, которые воевали в Северной Африке, были дополнительно камуфлированы нерегулярными пятнами, сделанными оливково-зеленой краской RLM 80 Olivegruen (FS 595В – 34052) на верхней поверхности фюзеляжа и крыльев.

В зимний период верхние поверхности самолетов Ju 88 (главным образом Ju 88А и Ju 88С) выкрашивали белой смываемой краской.

Несколько самолетов было доработано в вариант Ju-88A-6/U, предназначенный для борьбы с судоходством. На самолетах установили поисковые РЛС FuG-200 «Xохентвейль». Гондола демонтировалась. Экипаж самолета состоял из трех человек. Самолет, что на снимке, действовал на Средиземноморье с базы в Южной Италии в 1943 г.

Еще один оснащенный РЛС FuG-200 «Хохентвейль» борец с кораблями Ju-88A-6/ U. Виден откинутый люк кабины и приставленная к нему стремянка. Самолеты Ju-88A-6/U активно действовали в Средиземном море и в Арктике, в меньшей степени их использовали у побережья Франции. Машины данного тина состояли па вооружении Kampfgruppe-606, которая базировалась в Бресте.

Истребители Ju-88C из VJKG-40 часто летали над Бискайским заливом, где охотились за британскими морскими самолетами, которые, в свою очередь, не давали спокойно плавать U-ботам. Позже V./KG-40 были переименована в 1-ю группу Zerstorergeschwader- 1, но задачи группы не изменились.

Истребители Ju-88C из V./KG-40.

Самолеты Ju 88А-6, состоявшие на вооружении KG 54 и применявшиеся для нарушения коммуникаций союзников на Средиземном море получили особенное дополнение к стандартному камуфляжу, состоявшее из извилистых линий, сделанных краской RLM 76 Hellgrau (FS 595В – 36473) на верхних поверхностях самолета. У ночных бомбардировщиков Ju 88 часто нижние поверхности фюзеляжа, крыльев и оперения покрывали черной краской RLM 22 Schwarz (FS 595В – 37038).

Совершенно по-иному камуфлировались ночные истребители Ju 88С, G, R. Первое время самолеты Ju 88 (Ju 88С-2 и С-4 первых выпусков) целиком выкрашивались черной краской RLM 22. С 1943 года был введен новый камуфляж. Согласно новой схеме, весь самолет выкрашивался RLM 76, а на верхних и боковых поверхностях фюзеляжа, крыльев и оперения делали нерегулярные пятна темно-серого RLM 74 Grau (FS 595В – 36086). фиолетово-серого RLM 75 Violet-Grau (FS 595В – 36122) цветов. Изредка использовали зелено-серую краску RLM 02 Grau (FS 595В – 36165). В конце войны вместо краски RLM 76 в качестве базовой была использована светло-серая краска RLM 77 Lichtgrau (FS 595В – 36493).

Знак государственной принадлежности – балочный крест (Balken Kreuz) – наносили на верхнюю и нижнюю поверхности крыльев, а также по бортам фюзеляжа. На киле рисовали свастику (Hakenkreuz).

На фюзеляж также наносили знаки принадлежности к части. Эмблемы частей обычно располагали в передней части фюзеляжа под фонарем кабины.