Прототипом Ju 88А-3 был Ju 88VI6(D-ACAR – W.Nr 008). Это была учебно-тренировочная модификация самолета Ju 88А-1, оснащенная сдвоенной системой управления. Никакого вооружения на самолет не устанавливали.

Учебные Ju 88А-3 использовали во многих летных школах, например в Flugzeuge Fuehrerschule (школа летных командиров) в Альт Лённевитце и Пиллау, а также в Blindflugschule (школе слепого пилотажа) в Кёнигеберг-Девау. Копенгагене и Мерсенбурге. Ju 88А-3 также использовали в качестве транспортных самолетов для снабжения немецких войск, окруженных иол Сталинградом (1942-1943).

Вид сверху, хорошо видны два пулемета MG-81 в задней части кабины.