Самой многочисленной модификацией самолета Ju 88А была Ju 88А-4. Прототипом Ju 88А-4 был самолет Ju 88V21 (D- АСВО, в последствии ND+BM), впервые поднявшийся в небо 1 ноября 1940 года. После внесения в конструкцию необходимых изменений были направлены в серию двигатели Юнкерс Jumo 211F и 211J. На базе самолета Ju 88А-5 появилась новая модификация – Ju 88А-4. На первых самолетах Ju 88А-4 устанавливали моторы Jumo 21IF мощностью 1029 кВт/1400 л.с., которые в дальнейшем заменили Jumo 211.1-1 той же мощности. Jumo 211F отличался от предыдущих двигателей усиленным коленвалом и системой охлаждения, работающей под давлением. Дополнительный радиатор располагался за двигателем в нижней части мотогондолы.

Воздухозаборник этого радиатора придавал мотогондоле характерную форму. Только несколько превых машин Ju 88А-4 оснащались винтами VDM, остальные самолеты оснащались винтами VS 11 клееными из слоистой древесины. Выходные отверстия для горячего воздуха были закрыты аэродинамичными заслонками. На первых самолетах Ju 88А-4 устанавливали бронеспинку кресла пилота, в дальнейшем пилот получил бронезаголовник и боковые бронеплиты. Вместо пулеметов MG 15 с дисковым питанием на самолеты установили более совершенные MG 81 с ленточным питанием. Пулеметная лента хранилась в брезентовых мешочках, расположенных в нижней части кабины. У каждого пулемета был свой мешок. Нижняя пулеметная установка типа Bola 39D VE или Bola 81Z. В передней части кабины устанавливали одиночный пулемет MG 15, MG 81 калибра 7.92 мм или крупнокалиберный пулемет Рейнметалл-Борзиг MG 131 калибра 13 мм. Для защиты передней полусферы использовали пулемет MG 811, установленный в лобовом стекле кабины пилота или в «глазе жука». Дополнительные пулеметы можно было снять и переставить на борт. На пулеметах, расположенных в передней и нижней установках использовали прицелы VE. В верхней установке размещали или спаренный пулемет MG 811 (прицел VE) или лафет с одиночным MG 811 либо MG 131. Прицелы VE могли оснащаться антибликовыми вкладками, установленными в трубчатом держателе.

В полевых условиях самолеты Ju 88А-4 могли быть оснащены комплектами, позволяющими приспособить самолет для выполнения специфических боевых заданий, так называемыми Ruestsatz. Это были:

– Ruestsatz А – бомбодержатели для крепления в переднем бомбоотсеке двадцати бомб массой по 50 кг (обычно SC 50);

– Ruestsatz В – бомбодержатели для крепления в заднем бомбовом отсеке десяти 50- кг бомб, при этом в переднем бомбовом отсеке устанавливали дополнительный топливный бак емкостью 1220 литров;

– Ruestsatz С – два дополнительных топливных бака, размещенных в переднем (1220 литров) и заднем (3680 литров) бомбоотсеках.

На аэродроме базирования бомбардировщиков Ju-88 обязательно имелся такой кран (передвижной, на колесиках), предназначенный для замены двигателей JUMO-21I. На первый взгляд кажется, что двигатель JUMO-21I представляет собой звезду воздушного охлаждения. На самом деле что мотор с жидкостным охлаждением и расположением цилиндров в ряд. «Лоб» мотогондолам обеспечивают оригинальным образом спроектированные радиаторы.

Ju-88A-I из школы пикирующих бомбардировщиков, дислоцированной в Туре, Франция. Самолет сохранил маркировку подразделения, которому принадлежал ранее – 13/KG-54. Номер на нижней поверхности крыла нанесен уже в Туре.

Самолет нес бомбы как на внутренней, так и на внешней подвеске. На бомбодержателях ЕТС 250 можно было подвесить четыре 250-кг бомбы или дополнительный топливный бак емкостью 900 литров. На самолетах Ju 88А-4 не было бомбодержателей с внешней стороны мотогондол. Из-за увеличения массы самолета усилили стойки шасси и установили колеса шасси большего диаметра. Многие самолеты Ju 88А-4 были оборудованы ножами для перерезания линей аэростатов. Более мощным стало и навигационное оборудование. В задней части корпуса установили радиопеленгатор Peilgeraet EZ 6, антенна которого размещалась пол плексигласовой крышкой па корпусе. в крыле установили альтиметр FuG 101 с антенной, размешенной под концом левого крыла.

На самолетах Ju 88А-4 применили новые выхлопные патрубки и увеличенные коки винтов.

Впервые Ju 88А-4 были использованы против СССР и находились в строю до конца войны.