Специальных наставлений по боевому применению офицеры броненосцев флота Конфедерации не имели. Те офицеры находились в передовом отряде военно-морской революции, которую делали как раз броненосцы. А когда революционеры имели наставления? Лишь чистые руки, горячее сердце и холодную голову… Тактика боевого применения броненосцев южан диктовалась казематным расположением артиллерии на этих кораблях. В силу маломощных паровых машин броненосцы не отличались высокой маневренностью, из-за чего мониторы северян не испытывали проблем с точным поражением целей, которыми являлись конфедеративные броненосцы. Корабли южан всегда старались развернуться к противнику бортом, хотя расчеты носовых и кормовых орудий также тренировались вести огонь на правый или на левый борт. «Вирджиния» продемонстрировала какой урон бронированный корабль способен нести деревянным посудинам в бою 8 марта 1862 г. Тогда броненосец южан с легкостью неимоверной отправил на дно деревянные пароходо-фрегаты Соединенных Штатов «Кумберленд» и «Конгресс». С бронированным противником такие штуки не проходили. В бою «Вирджинии» с «Монитором» старший артиллерист южан лейтенант Иггльстон отдал своим людям приказ стрелять пока не кончится порох, но снаряды пушек «Вирджинии» так и не пробили броню «Монитора». Броня же «Вирджинии» в конце боя получила повреждения — несколько листов железно обшивки отвалилось, обнажив деревянные стены каземата. В броненосцах последующей постройки южане ликвидировали часть недостатков «Вирджинии», но принципиальный дефект броненосцев южан остался неизменным: казематное расположение артиллерии. Каземат представлял собой слишком крупную и легко поражаемую цель. Цель, по которой невозможно промахнуться. Боевая эффективность броненосцев южан повысилась с появлением новых более мощных нарезных орудий, усилением бронирования казематов и уменьшением их размеров. Опыты со специальными бронебойными снарядами тогда успехом не увенчались.

В начале войны на броненосцах в преддверии боевых столкновений формировали абордажные партии. В ходе боя между «Вирджинией» и «Монитором» отдельные офицеры предлагали высадить на корабль юнионистов такую абордажную партию с задачей вывести из строя башню и заглушить все люки. Командиры конфедеративных броненосцев отвергли традиционную военно- морскую тактику и разработали собственные приемы ведения боя. Одним из инновационных орудий броненосца являлся таран, впервые использованный при атаке «Вирджинией» пароходо-фрегата «Кумберленд». Использование тарана экономило порох и боеприпасы, однако таранить мониторы или верткие канонерские лодки небольшого размера представлялось делом бесперспективным. Эффективно использовать таран броненосцам южан постоянно мешала их низкая маневренность. Кроме того, при таранной атаке всегда существовал риск получения повреждений самим кораблем-тараном.

С другой стороны, низкая маневренность броненосцев южан превращала их самих в удобные объекты для таранных ударов. Деревянные корабли Соединенных Штатов таранили броненосцы южан «Теннеси» и «Альбемарль». Таран со временем был дополнен торпедным вооружением впервые установленном на броненосце «Атланта». Торпеда (шестовая мина) монтировалась на конце шеста, установленного выше форштевня корабля. Аналогичное оружие подготовили для монтажа на другие броненосцы, но так и не установили.

Команда броненосца сражалась в темноте при высоких температуре и влажности. Сквозное пробитие борта вражеским снарядом было маловероятно. но от попаданий снарядов в борта каземата отлетало дерево внутренней обшивки. Так обломками древесины было ранены 50 моряков из команды броненосца «Атланта». Опасность представляли поломки машины, провоцировавшие прорыв горячего пара из котлов в обитаемые помещения корабля; самопроизвольный взрыв пушек. В битве при Мобиле в 1864 г. броненосец «Теннеси» получил сквозную пробоину в стенке каземата, причиненную снарядом 15-дюймовой пушки монитора северян «Манхэттэн». Как в случае с «Атлантой», наибольшие жертвы причинил не сам снаряд, а его вторичное действие: детонация пороха и выбитые из обшивки куски дерева.

В 1865 г. офицер британского флота Филипп Коломб написал книгу «Современная военно-морская тактика», в которой обобщил опыт боевого применения броненосцев в ходе Гражданской войны в Америке. Офицеры флота Конфедерации постигали эту технику собственными кровью и потом.

6,4-дюймовое нарезное орудие системы Бруки в музее Ричмонда. Такие пушки являлись стандартным вооружением большинства броненосцев южан.