Когда в феврале 1861 г. были созданы Конфедеративные штаты Америки, война с Северным Союзом стала неминуемой. Началом войны считается обстрел форта Самтер в гавани Чарльстона 12 апреля 1961 г. Конфедерация вступила в войну, к которой готова не была. Большая протяженность береговой линии конфедерации стратегическую ситуацию только усугубляла. Береговой обороны де факто не существовало совсем. Между тем, в океан впадало множество рек, по которым враг мог легко проникнуть в глубинные территории, но устья рек оставались незащищенными. Конфедерация вообще не обладала военным флотом. В феврале 1861 г. президент Джефферсон Дэвис отдал указание о формировании департамента военного флота. Во главе департамента был поставлен сенатор от Ки-Уэста Стефен Р. Мэллоури. Департамент делился на три отдела: вооружения и гидрографии, оперативный, снабжения. Отдел вооружения отвечал за проектирование и постройку кораблей до сентября 1862 г., когда Мэллоури назначил Джона Л. Портера главным конструктором военного флота, ответственным за проектирование всех кораблей. Мэллоури считал, что превзойти многочисленный флот северян можно только за счет использования новейших конструктивно- технологических решений. Глава департамента делал ставку на броненосцы, строить которые требовал как можно быстрее. Все другие формы речной и прибрежной обороны Мэлоури считал не адекватными.

Наряду с Мэллуори видную роль в рождении броненосного флота северян сыграл главный конструктор Портер, работавший в тесной кооперации с экспертом в области военно-морского вооружения Джоном М. Бруком и морским инженером Уильямом П. Уильямсоном. Эта команда спроектировала прототип первого броненосца — «Вирджинию». Первый блин вышел комом, но был получен драгоценный опыт проектирования корабля совершенно нового класса. Этот опыт нашел воплощение в броненосных кораблях более поздней постройки. С началом войны Мэллоури забросали предложениями о постройке броненосцев собственных конструкций кораблестроительные предприятия. В большинстве своем, проекты никуда не годились. В 1862 г. Портер и департамент военного флота отработали типовую конструкцию броненосца нового типа, с учетом опыта, полученного при сооружении первого корабля такого класса и уроков, полученных в боях. Начиная с первого броненосца «Ричмонд», построенного в Вирджинии, Портер до самого окончания войны тщательно отслеживал ситуацию с постройкой броненосных кораблей. В 1864 г. опытные группы конструкторов и технологов стали оказывать помощь в постройке броненосцев на региональных судостроительных предприятиях. До конца войны в строй военного флота конфедератов вступили 22 броненосца, еще один броненосец для южан построила Франция. Несколько заложенных броненосцев достроить не успели в силу нехватки материалов и окончания войны. В числе недостроенных кораблей стоит особо отметить «Луизиану», которая использовалась в качестве плавучей батареи в Новом Орлеане, но официально в строй военного флота так и не вошла. «Джексон» и «Колумбия» были достроены, но в строй тоже не вошли. За исключением построенного во Франции броненосца «Стоунвалл». все другие корабли были очень похожими, представляя собой водруженный на плоской палубе орудийный каземате побортно размещенной большей частью артиллерии. Единственный броненосец не казематного типа был спущен в Колумбусе, шт. Джорджия в начале 1865 г. Корабль планировалось вооружить установленными в башне кругового вращения двумя II-дюймовыми гладкоствольными пушками. Война закончилась раньше, чем единственный броненосец-монитор конфедератов успели спустить на воду.

Под руководством Мэллоури флот конфедератов получил большое количество броненосцев, которые позволили южанам сохранять контроль над своими портами и административными центрами до последних дней войны.

Финальный этап конверсии деревянного фрегата «Мерримак» в броненосец южан «Вирджиния». В преддверии вступления северян в Норфолк южанам пришлось уничтожить броненосец «Вирджиния», так как из-за большой осадки не представлялось возможным увести корабль вверх по реке.

Гравюра, выполненная художником Конфедерации, изображает броненосец «Вирджиния» накануне битвы при Хэмптон роадз. Хотя гравюра технически не совсем правильна, она дает представление о мощи, которой обладал броненосец южан.