4 сентября 1939 г. получил повреждения средней тяжести при бомбежке Вильгельмсхафена британской авиацией, девять человек из состава экипажа погибли — первые потери в людях крейсеров кригсмарине
Октябрь 1939 — март 1940 г.г. выполнение учебных задач
7 апреля 1940 г. придан группе 5 (Осло) для участия в операции «Везерюбунг» (вторжение в Норвегию) вместе в броненосцем «Лютцов» и тяжелым крейсером «Блюхер»; группа 5 собралась в Киле, Германия
9 апреля 1940 г. после потопления крейсера «Блюхер» в узости Дробак, высадил десант в Соне, Норвегия Лето 1940 г. выполнение учебных задач, базировался на Готенхафен (Гдыня, Польша)
23 сентября 1941 г. обстрел советских позиций на полуострове Сворбе, о. Сааремаа, Эстония
27 сентября 1941 г. совместно с легким крейсером «Лейпциг» потопил советский транспорт МТБ-83
Ноябрь 1941 г. введен в состав учебной эскадры Балтийского моря
Январь — ноябрь 1942 г. ремонт в Вильгельмсхафене
Сентябрь 1944 г. флагманский корабль минных сил Балтийского моря
19 сентября — 14 октября 1944 г. минные постановки в Скагерраке; минные постановки прекращены из-за активных действий авиации противника
10 декабря 1944 г. поставлен на ремонт на завод Шихау в Кенигсберге (Калининград, Россия)
25 января 1945 г. отбуксирован в Пиллау (Балтийск, Россия) с связи с началом штурма советскими войсками Кенигсберга; на борту крейсера эвакуированы из Кенигсберга останки фельдмаршала Гинденбурга и его жены.
1 февраля 1945 г. запущена одна котельно-турбинная группа, принял топливо и вышел в Киль
6 февраля 1945 г. прибыл в Киль, поставлен в док Дойче Веерке для дальнейшего ремонта
11 марта 1945 г. поврежден в доке зажигательной авиабомбой
3 апреля 1945 г. прямым попаданием повреждена передняя дымовая труба 9 апреля 1945 г. форштевень поврежден от близкого разрыва авиабомбы во время крупного налета британской авиации на Киль
13 апреля 1945 г. получил серьезные повреждения в ходе бомбардировки авиацией союзников, накренился на 15 град. влево
14 апреля 1945 г. отбуксирован в бухту Хейкендорф
26 апреля 1945 г. посажен на грунт
3 мая 1945 г. подорван экипажем
«Кенигсберг» на учениях 1939 г. в Балтийском море. На катапульте установлен гидросамолет Хейнкель Не-6 °C. Существует всего несколько известных снимков легкого крейсера «Кёнигсберг» с установленным на катапульте гидросамолетом. В 1938 г. «Кенигсберг» выбрали для проведения экспериментов с опытным образцом поискового радиолокатора, антенна которого была смонтирована на временной конструкции, установленной перед фок-мачтой. На снимке — антенны РЛСуже нет, но конструкция для ее монтажа еще сохранилась.
Патриотическое граффити на башне «А» главного калибра крейсера «Кенигсберг» снимок сделан 7 апреля 1940 г. Германский моряк выкалывает глаз «джентльмену» снарядом, джентльмен изображает министра иностранных дел Великобритании Энтони Идена. Иден в предвоенные годы слыл оголтелым антифашистом и в 1938 г. оставил свой высокий пост в правительстве Великобритании в знак протеста против соглашательской политики в отношениях с Германией, которую проводил премьер- министр сэр Невилль Чемберлен. Иден снова занял пост министра иностранных дел, когда в 1940 г. премьером стал сэр Уинстон Черчилль. Слово «Verzeihug» переводится как «извините». Всего через три дня после выполнения этой фотографии крейсер был потоплен, а Иден (с двумя глазами) в 1955 г. стал премьер-министром Великобритании.