Уже в начале 1941 года всем стало ясно, что без турбонаддува «Аэрокобра» не сможет удовлетворить требованиям, предъявляемым современным истребителям. В феврале 1941 года в департамент материально-технического обеспечения прибыла группа сотрудников Bell Aircraft Corporation с целью согласовать технические детали двух новых проектов. Первым проектом была новая модификация Р-39, а вторым — совершенно новая машина, позднее получившая известность как ХР-63 «Kingcobra». Модификация Р-39 заключалась, прежде всего, в установке на самолет двигателя V-1430 фирмы Continental или альтернативного двигателя V-1710-47(E9) фирмы Allison, оснащенного двухступенчатым наддувом с механическим приводом. Предполагалось в максимальной степени унифицировать новую модификацию с самолетами серии P-39D. Новый самолет получил обозначение ХР-39Е. Он заметно отличался от предшественников. Контракт на постройку двух прототипов подписали И апреля 1941 года. Первоначально самолет был приспособлен для монтажа любого из двух упомянутых моторов. Но уже в середине 1941 года стало ясно, что двигатель фирмы Continental следует списать со счетов. Поэтому конструкцию самолета приспособили для двигателя Е9. Технические проблемы с доводкой нового, механического турбонаддува заставили оснастить первый прототип старым мотором V-1710-35(E4). В первый раз самолет поднялся в воздух 21 февраля 1942 года. Новый самолет отличался увеличенной на 2,04 м² (22 кв. фута) площадью крыльев, новой формой руля направления с большей хордой, увеличенной на 114 л (30 галлонов) емкостью топливных баков, и вооружением, состоявшим из одной 37-мм пушки и шести 12,7-мм пулеметов. Другие особенности заключались в смещенном назад воздухозаборнике карбюратора, новом профиле основания крыла (NACA 0018 вместо NACA 0015), а также измененной формой крыла с большим размахом. Фюзеляж самолета пришлось удлинить на 53 см (21,3 дюйма), чтобы вместить новый наддув. Большие крылья давали пространство для установки воздухозаборников и воздуховодов для радиаторов, а также позволили разместить в них пулеметы большего калибра. Самолет получил заводское обозначение Модель № 23. То, что ХР-39Е получил новые крылья, а также представление этого проекта совместно с ХР-63, вызвало миф о применении на самолете нового ламинарного профиля. В действительности архивные материалы фирмы Bell однозначно свидетельствуют о том, что единственным проектом с новым ламинарным профилем был ХР-63.Сам же ХР-39Е кроме некоторого внешнего сходства не имел ничего общего со своим младшим братом. Однако ХР-39Е способствовал развитию ХР-63.

Первые характеристики «Зеленого шершня», как называли первый прототип ХР-39Е, были далеки от ожидаемых, даже учитывая более слабый мотор. Кроме того, прототип имел худшие летные качества. Машину постоянно преследовали поломки, что затягивало испытания. 26 марта 1942 года случилось чрезвычайное происшествие. В тот день планировалось испытать способность самолета входить и выходить в управляемый штопор. Пилотировал самолет Боб Стенли, главный летчик-испытатель фирмы Bell. Перед испытаниями самолет (41-19501) оснастили тремя парашютами, которые должны были помочь вывести самолет из штопора. Два парашюта разместили под крыльями, а третий — в хвосте. В кабине самолета установили два дополнительных рычага с цветными рукоятками. Желтый рычаг выпускал парашюты, красный парашюты отстреливал. Стенли проинструктировали, что желтым рычагом следует воспользоваться при выходе из штопора, а красным — выйдя из него. Полет шел по плану. Стенли ввел машину в плоский штопор. Наблюдатели на земле видели, как открылись парашюты, однако спустя всего несколько секунд произошел их отстрел. За это ничтожно малое время вывести самолет из штопора не удалось. Тут дверь кабины открылась и из нее показался Стенли. Пилот сел на переднюю кромку крыла, просидел на ней секунд десять, после чего отделился от машины и открыл парашют. На вопрос, не ошибся ли он с цветом рычагов, Стенли, известный своей гордостью и болезненным самолюбием, ответил молчанием. Целый месяц после этого происшествия Стенли отказывался говорить о причинах случившегося.

Второй прототип поднялся в воздух лишь 4 апреля 1942 года. Чтобы уберечь единственную оставшуюся машину, испытателям запретили совершать на них фигуры высшего пилотажа. Это ограничило программу испытаний. Самолет (41-19502) оснастили двигателем V-1710-47(E9) мощностью 1325 л.с. с двухступенчатым механическим турбонаддувом. Это был первый двигатель подобного типа фирмы Allison. Новое устройство получило название Auxiliary Stage Supercharger. Поскольку первый прототип разбился, Ларри Белл обратился к руководству USAAF с просьбой оплатить ему постройку еще одного прототипа. Контракт подписали 27 мая, а самолет поднялся в воздух 19 сентября. Тем временем повреждения получил второй прототип. Это произошло 12 мая 1942 года, когда, совершая вынужденную посадку, самолет потерял винт и переднее шасси. Испытания показали, что новая машина превосходит P-39D лишь максимальной скоростью. ХР-39Е развивал на высоте 7315 м (24000 футов) скорость 632 км/ч (393 миль/ч). Несмотря на то, что на самолете стоял высотный двигатель, скороподъемность, скорость сваливания, разбега и пробега ухудшились. Несмотря на это, Ларри Белл пытался заинтересовать начальников из USAAF новой машиной, рекламируя его в качестве самолета, способного отразить возможное вторжение (в то время в США популярностью пользовалось оборонительное мышление). Белл сумел преуспеть в этом, заключив контракт на поставку 4000 машин, получивших обозначение Р-76 и Р-76А. Но вскоре контракт аннулировали. Оба прототипа ХР-39Е передали фирме Allison в качестве летающих стендов для испытания новых двигателей. Кроме того, на этих машинах обкатывали по меньшей мере три варианта хвостового оперения, а также изучали характеристики четырехлопастных винтов.

Создание самолета ХР-39Е было не единственной попыткой поправить высотные качества «Аэрокобры». Ранней осенью 1941 года на стадии макета находился один P-39D (40-6770). Самолет оснастили новым комбинированным воздухозаборником для наддува и карбюратора. Наддув приводился в действие выхлопными газами, подаваемых через две трубы. Большой воздухозаборник привел к резкому росту аэродинамического сопротивления, в результате скорость упала на 72 км/ч (45 миль/ч). Другой идеей, дошедшей до стадии летных испытаний, была установка наддува под днищем фюзеляжа. Испытания показали, что в таком варианте скорость падает на 64 км/ч (40 миль/ч). В итоге от обоих вариантов отказались. Больше к идее улучшить характеристики «Аэрокобры» с помощью наддува не возвращались.

ХР-39Е во время испытаний на аэродроме Райтфилд.

Третий ХР-39Е.