Вскоре после начала войны стала ощущаться необходимость в пилотах. Соответственно, потребовались учебные двухместные самолеты. Было решено выпустить учебные варианты самолетов, находящихся на вооружении боевых частей. Фирма Bell представила учебный вариант «Аэрокобры». Работы над машиной вел Фрэнк Сэлисбери. Впервые самолет продемонстрировали в сентябре 1943 года. Это был P-39Q-5 (42-20024). С самолета сняли вооружение, а в носовой части фюзеляжа оборудовали вторую кабину. Эта кабина была оборудована только приборной панелью и органами управления двигателем. Это обстоятельство стало причиной жесткой критики самолета после его испытаний, проведенных в конце 1943 года на армейском аэродроме в Томасвилле, штат Джорджия. Кроме недооборудованной кабины к самолету предъявлялись и другие претензии. В носовой кабине было слишком мало места, поэтому находившийся там пилот не мог брать с собой парашют. Вибрация в кабине была столь велика, что указатели на приборной доске плясали. Тормоза имелись только в задней кабине, где, по идее, должен был размещаться курсант. Это означало, что курсантам самим придется взлетать и садиться. Но больше всего критиков раздражал ограниченный обзор из кабины, что делало невозможным обучение стрельбе. В рапорте даже говорилось, что ограниченный обзор может вызвать столкновение в воздухе. В тесной кабине не нашлось места даже для установки прицела. В результате USAAF отказался от учебного варианта Р-39, решив заменить его проверенным Р-40. Однако Белл исправил многие недостатки самолета и сумел выцарапать заказ на 12 машин, сделанных на базе P-39Q-20, Учебные самолеты получили обозначение RP-39Q-22 (Модель № 39). Дополнительно учебные самолеты получили стабилизаторы в районе хвостовой части фюзеляжа. Две из этих машин попали в Советский Союз. На одном из самолетов в качестве пассажира в воздух поднялся сам Ларри Белл, который, что характерно, очень не любил летать.

Другой любопытной модификацией стали два самолета, переданные военным морякам. Эти самолеты были превращены в дистанционно управляемые цели. Первоначально их обозначили как XTDL-1 (experimental target drone L, где L обозначало фирму Bell). Позднее обозначение сменили на F2L-1К. Впервые в морской авиации самолеты получили электрическую систему управления деталями планера. Оба самолета не имели ни одного гидравлического или пневматического устройства. Дополнительно самолеты оснащались дымогенераторами, которые должны были отличить их от машин, с которых осуществлялось дистанционное управление. Один из этих самолетов (P-39Q-10, 42-20807) был потерян 8 апреля 1946 года после того, как его посадили с убранным шасси. Другой самолет (P-39Q-5,42-199776) списали в августе 1946 года после завершения программы испытаний.

Всего до августа 1944 года было выпущено 9547 «Аэрокобр» всех модификаций. Выпуск шел на двух заводах: в Баффало и Ниагара-Фоллз. Цена самолета постоянно уменьшалась. Если в 1939–1941 годах самолет стоил 77159 долларов США, то к 1944 году цена снизилась до 50666 долларов. Для сравнения в это же время истребитель Р-51 «Мустанг» стоил 51572 доллара, а самый дорогой истребитель — Р-47 «Тандерболт» — обходился Дяде Сэму в 85578 долларов.