Закончив испытания после модернизации, 7 апреля «Начи» вышел в направлении залива Аккаси, куда прибыл 11 апреля. Прибыв на место, крейсер стал флагманом 5-го флота, которым командовал вице-адмирал Хосогоя Босиро. 15 апреля крейсер вышел в сторону Мурорана, достигнув цели на следующий день. После налета 18 апреля 1942 года американских самолетов В-25 “Mitchell" на Токио, Нагою, Кобе и Осаку крейсер вышел в море на перехват американских кораблей. Не обнаружив противника, 25 апреля крейсер вернулся в Йокосуку. Через четыре дня он снова вышел в сторону залива Аккаси, куда прибыл 3 мая. 6-12 мая «Начи» патрулировал на запад от Курил. 10 мая вместе с легким крейсером «Тама» крейсер отбуксировал в порт танкер «Сирия» (14050 т), получивший повреждения руля. Затем крейсер прошел через залив Аккаси и 15 мая зашел в Оминато.
Еще в Коралловом море шел бой, когда императорский генштаб под влиянием адмирала Ямамото отдал приказ занять Алеуты и Мидуэй. 25 мая на борт линкора «Ямато» прибыл вице-адмирал Такаги, который представил собравшимся офицерам Объединенного флота результаты прошедшей недавно битвы у берегов Австралии. Было решено нанести отвлекающий удар на севере с целью заставить американцев отвести свои корабли с Перл-Харбора. Для высадки десанта на островах Атту и Кыска выделили два авианосца «Рюдзё» и «Дзюнё», три тяжелые крейсера «Такао», «Майя» и «Нами», пять эсминцев «Инадзума», «Икадзуки», «Акебоно», «Уйсё» и «Сазанами». Численность десанта составляла 1750 человек, которых перевозили на палубе баз гидросамолетов «Кинугаса-мару» и «Камикава-мару», а также на бывшем пассажирском лайнере «Хакусам-мару». Непосредственное сопровождение конвоя составили три легкие крейсера «Абукума», «Кисо» и «Тама», семь эсминцев «Вакаба». «Ненохи», «Хацухимо», «Хацухару», «Хибики», «Акацуки» и «Хокадзе», а также вспомогательного крейсера «Асака-мару», минного заградителя «Магане-мару» и трех тральщиков «Кайхо-мару», «Сюнкоцу-мару» и «Хакухо-мару». План предусматривал высадку десанта 3 июня.
20 мая «Такао» и «Майя» вошли в состав 5-го флота, в задачу которого входило занятие нескольких островов Алеутского архипелага («операция AL»). Капитанов кораблей ознакомили с планом операции. В группу сопровождения авианосцев вошли крейсера «Такао» и «Майя», а также эсминцы «Акебоно», «Уйсё» и «Сазанами», а также танкер «Тейё-мару». «Начи» вместе с эсминцами «Инадзума» и «Икадзучи» вошел в группу снабжения, состоявшую из двух танкеров и трех транспортов. 26 мая «Начи» покинул базу Оминато и 2 июня прибыл на Парамушир, где пополнил запасы топлива с борта танкера «Ниссан-мару». На следующий день крейсер снова вышел в море и направился на юг от Алеутов, патрулировал воды, стараясь перехватить возможные корабли американцев.
Главные силы покинули базу 30 мая. Отряд снабжения вышел в море тремя днями позже и занял выжидательную позицию к югу от японских авианосцев. По плану первый налет на острова провели, несмотря на неблагоприятные погодные условия в соответствии с планом — 3 июня. Целью налета стала американская база Датч-Харбор. Для атаки выделили 23 пикирующих бомбардировщика и десять истребителей сопровождения. До базы дошли только одиннадцать бомбардировщиков в сопровождении шести истребителей. В ходе налета японцы уничтожили радиостанцию и подожгли несколько цистерн с горючим. На обратном пути самолеты обнаружили в заливе Макусин пять американских эсминцев. Это известие заставило поднять в воздух второй эшелон самолетов с авианосцев, а также четыре гидросамолета с крейсеров. Но погода окончательно испортилась. Поэтому японцы американских эсминцев не нашли, зато сами были перехвачены истребителями Р-40. В воздушном бою японцы потеряли две машины, еще две получили повреждения, которые смогли лишь дотянуть до авианосца и приводниться рядом. Экипажи обеих машин удалось спасти. Тем временем, разведывательная лодка “Catalina” обнаружила японские авианосцы и успела передать координаты противника, прежде чем была сбита японскими истребителями. На следующий день еще одна американская летающая лодка снова обнаружила авианосцы. По донесению этой лодки с аэродрома Кодиак в воздух поднялись шесть В-17. Только два из них обнаружили японские корабли и провели атаку. Один из четырех потерявшихся бомбардировщиков наткнулся на транспортную группу и попытался сбросить бомбы. Плотный заградительный огонь, поставленный крейсером «Начи», достал американский бомбардировщик. Атака нескольких В-26, вооруженных торпедами, также закончился безрезультатно. В ответ японцы подняли в воздух 11 пикирующих бомбардировщиков и шесть торпедоносцев в сопровождении пятнадцати истребителей. В ходе налета японцам удалось поджечь еще несколько цистерн и повредить транспорт, которому пришлось выброситься на берег. На обратной дороге американские истребители сбили два пикировщика и два истребителя, потеряв два самолета. В 16:00 адмирал Ямамото отозвал японские авианосцы из-под Алеутов и присоединил их к своему флоту, отступающему из-под Мидуэя.
«Хагуро» во время сражения к Яванском море. Перед ним стреляющий залпом «Начи».
Голландский легкий крейсер “Java", потопленный торпедами с крейсера «Начи».
«Начи» вернулся на базу 23 июня. Следующий поход крейсера в арктические воды начался 28 июня. Безрезультатно проплавав в районе Атту, крейсер вернулся в Оминато 7 июля. Пополнив запасы топлива, крейсер вышел в Йокосуку, куда прибыл 14 июля. В тот же день крейсер вошел в состав 21-го дивизиона (легкие крейсера «Тама» и «Кисо») 5-го флота. С 24 по 30 июля крейсер стоял в доке, проходя технический осмотр. 2 августа он покинул базу и через четыре дня прибыл на Парамушир.