Исследование останков Ивана Грозного показало, что в последние шесть лет жизни у него развились солевые отложения на позвоночнике, он уже не мог ходить и передвигался на носилках. Обследовавший останки М. М. Герасимов отмечал, что не видел таких мощных отложений и у самых глубоких стариков. Изведенный болями, настигаемый последствиями бурного образа жизни, царь в 50 с небольшим лет выглядел уже дряхлым стариком. В августе 1582 года иезуит А. Поссевин в отчете Венецианской синьории заявил, что «московскому государю жить недолго».

И последние годы жизни Ивана Грозного были для страны тяжелыми: на Русь пытались проникнуть захватчики, как военные, так и духовные. При прямой поддержке ногайских мурз князя Уруса поднялось восстание волжских черемисов: конница численностью до 25 тысяч человек, нападая со стороны Астрахани, опустошала белевские, коломенские и алатырские земли. Восставшим противостояло всего три царских полка, что было явно недостаточно для подавления мятежа. Прорыв Крымской орды мог привести к очень опасным для России последствиям. Русское правительство приняло решение перебросить туда войска, временно отказавшись от наступления на Швецию.

15 января 1580 в Москве был созван церковный собор. Обращаясь к высшим иерархам, царь прямо говорил, сколь тяжело его положение: «бесчисленные враги восстали на русскую державу», потому он и просит помощи у Церкви.

В 1580 году царь разгромил немецкую слободу. Француз Жак Маржерет, много лет проживший в России, пишет: «Ливонцы, которые были взяты в плен и выведены в Москву, исповедующие лютеранскую веру, получив два храма внутри города Москвы, отправляли там публично службу; но в конце концов из-за их гордости и тщеславия сказанные храмы… были разрушены и все их дома были разорены. И, хотя зимой они были изгнаны нагими и в чем мать родила, они не могли винить в этом никого, кроме себя, ибо… они вели себя столь высокомерно, их манеры были столь надменны, а их одежды – столь роскошны, что их всех можно было принять за принцев и принцесс… Основной барыш им давало право продавать водку, мед и иные напитки, на чем они наживают не 10 процентов, а сотню, что покажется невероятным, однако же это правда».

Царь Иван Грозный показывает сокровища английскому послу Горсею. Худ. А. Литовченко

В 1581 году иезуит А. Поссевин направился в Россию, выступая как посредник между Иваном и Польшей, и, в то же время, надеясь склонить Русскую Церковь на унию с католической. М. В. Толстой пишет в «Истории Русской Церкви»: «Но надежды папы и старания Поссевина не увенчались успехом. Иоанн оказал всю природную гибкость ума своего, ловкость и благоразумие, которым и сам иезуит должен был отдать справедливость, отринул домогательства о позволении строить на Руси латинские церкви, отклонил споры о вере и соединении Церквей на основании правил Флорентийского собора и не увлекся мечтательным обещанием приобретения всей империи Византийской, утраченной греками будто бы за отступление от Рима». Сам посол отмечает, что «русский Государь упорно уклонялся, уходил от разговора на эту тему». Таким образом, папский престол не получал никаких привилегий. Зато во времена Ивана Грозного стало распространяться православие в далекой Сибири.

Завоевание Западной Сибири Ермаком Тимофеевичем и его казаками в 1583 году и взятие им столицы Сибирского ханства – Искера – положили начало обращения местного населения в православие: войска Ермака сопровождали четыре священника и иеромонах. Однако данная экспедиция была совершена вопреки воле царя, который в ноябре 1582 году выругал Строгановых за то, что они призвали в свою вотчину казаков «воров» – волжских атаманов, которые «преж того ссорили нас с Ногайской ордою, послов ногайских на Волге на перевозех побивали, и ордобазарцов грабили и побивали, и нашим людем многие грабежи и убытки чинили». Царь Иван IV велел Строгановым под страхом «большой опалы» вернуть Ермака из похода в Сибирь и использовать его силы для «оберегания пермских мест». Но в то время как царь писал свою грамоту, Ермак уже нанес Кучуму сокрушительное поражение и занял его столицу.

В феврале и начале марта 1584 года царь еще занимается государственными делами. К 10 марта относится первое упоминание о болезни (когда был остановлен на пути к Москве литовский посол «в связи с государевым недугом»). 16 марта наступило ухудшение, царь впал в беспамятство, однако 17 и 18 марта почувствовал облегчение от горячих ванн. Но после полудня 18 марта царь умер.

Покорение Сибири Ермаком. Худ. В. Суриков

Иван Грозный просит игумена Кирилла благословить его в монахи. Худ. К. Лебедев

Сохранилось предсмертное поручение царя Борису Годунову. «Егда же Великий Государь последняго напутия сподобися, пречистаго тела и крови Господа, тогда во свидетельство представляя духовника своего Архимандрита Феодосия, слез очи свои наполнив, глаголя Борису Феодоровичу: тебе приказываю душу свою и сына своего Феодора Ивановича и дщерь свою Ирину…»Также перед смертью царь завещал младшему сыну Дмитрию Углич со всеми уездами.

До сих пор обсуждаются версии насильственной смерти Грозного. Летописец XVII века сообщал, что «царю дали отраву ближние люди». По свидетельству дьяка Ивана Тимофеева, Борис Годунов и Богдан Бельский «преждевременно прекратили жизнь царя». Коронный гетман Жолкевский также обвинял Годунова: «Он лишил жизни царя Ивана, подкупив врача, который лечил Ивана, ибо дело было таково, что если бы он его не предупредил (не опередил), то и сам был бы казнен с многими другими знатными вельможами». Голландец Исаак Масса писал, что Бельский положил яд в царское лекарство. Горсей выдвинул версию удушения царя, с которой согласен В. И. Корецкий: «По-видимому, царю дали сначала яд, а затем для верности, в суматохе, поднявшейся после того, как он внезапно упал, еще и придушили». Историк К Валишевский писал: «Богдан Бельский (со) своими советники извел царя Ивана Васильевича, а ныне хочет бояр побити и хочет подыскать под царем Федором Ивановичем царства Московского своему советнику (Годунову)».

Версия об отравлении Грозного проверялась при вскрытии царских гробниц в 1963 году: исследования показали нормальное содержание в останках мышьяка и повышенное содержание ртути, последняя, однако, присутствовала во многих лекарственных препаратах XVI века и ею лечили сифилис, которым предположительно был болен царь. Версия убийства так и осталась гипотезой.