22 июня 1941 года, вероломно нарушив мирный договор, гитлеровская Германия напала на Советский Союз. Началась Великая Отечественная война.

Жизнь государства стала перестраиваться под требования военной экономики. Перед сельскохозяйственными учреждениями были поставлены задачи безусловного выполнения планов по производству зерна и других продовольственных и технических культур для нужд армии и тыла. Решать их нередко приходилось в сложных условиях нехватки рабочих, техники, горючего, капризов погоды; в новых сельскохозяйственных регионах. В такой ситуации особенно полезными оказались специалисты, обладавшие большим опытом сельскохозяйственной работы и притом способные находить нестандартные решения в быстро меняющихся ситуациях. Именно таким специалистом был академик Т. Д. Лысенко.

Ещё до войны Трофим Денисович Лысенко предложил ряд нетривиальных по замыслу и одновременно простых в реализации способов повышения урожайности нескольких важнейших видов сельскохозяйственных культур: картофеля, проса, пшеницы, хлопчатника. Яровизация пшеницы, наиболее известное из ранних достижений Лысенко, была открыта им в конце 1920-х гг. и стала широко внедряться в стране, повышая урожайность на 1–2 ц/га. В 1936 году Т. Д. Лысенко предложил метод чеканки — удаления верхушек — хлопчатника, позволивший увеличить сбор хлопка на 10–20 %. Он нашёл простое решение проблемы с картофелем, который в те годы на юге Советского Союза быстро вырождался и давал невысокие урожаи. Т. Д. Лысенко предложил производить его посадки там в летнее время. В результате в южных районах повысилась урожайность картофеля и улучшились его сортовые качества. Автор ряда книг о земледелии, видный руководитель сельского хозяйства СССР в 1960-80 гг. Ф. Т. Моргун писал: "Хорошо помню, что в довоенные годы мы, жители Донбасса, наелись картофеля только тогда, когда начали сажать эту культуру в середине лета: в июне и июле. Этот метод предложил академик Лысенко". Наконец, важным достижением Лысенко стала разработка методики широкорядного посева проса с одновременным усилением борьбы с сорняками на полях. В результате сбор проса, которое до 1939 года было одним из самых малоурожайных среди хлебных злаков, устойчиво пошёл вверх и от 8–9 достиг, в целом по СССР, 14–15 ц/га.

Этот опыт поиска простых и в то же время эффективных приёмов повышения урожайности зерновых и других культур оказался бесценным, когда в 1941 году перед Т. Д. Лысенко, в то время уже президентом Всесоюзной сельскохозяйственной академии им. Ленина (ВАСХ-НИЛ), встали задачи обеспечения сельскохозяйственного производства в военное время, потребовавшие умения оперативно изыскивать нестандартные решения в условиях ограниченных ресурсов.

Работы Т. Д. Лысенко в биологии и сельском хозяйстве получили признание и высокую оценку ещё в 1930-х гг. Теорию стадийного развития, разработанную Т. Д. Лысенко, поддержал видный агроном, академик В. Р. Вильямс и тогдашний президент ВАСХНИЛ Н. И. Вавилов, назвавший её "крупнейшим достижением в области физиологии растений за последнее десятилетие". В 1932 году теория стадийного развития была доложена Вавиловым на VI съезде генетиков, проходившем в США. После своего возвращения Вавилов заявил, что "принципиально новых открытий… чего-либо равноценного работе Лысенко, мы ни в США, ни в Канаде не встречали". В 1933 году Вавилов представил работу Лысенко на соискание премии им. Ленина, а в 1934 году он рекомендовал Лысенко в члены-корреспонденты АН Украины. Яровизация зерновых также была высоко оценена Н. И. Вавиловым, и не только как средство повышения урожайности, но и как метод, позволяющий ускорить выведение новых сортов, особенно при работе с собранной в ВИРе коллекцией семян: сорта, имевшие разные сроки цветения, можно было, применяя яровизацию и сближая таким образом их межфазные периоды развития, скрещивать друг с другом. В 1935 году Т. Д. Лысенко стал академиком недавно созданной академии сельскохозяйственных наук, а в 1938 году был назначен её президентом. В 1939 году Т. Д. Лысенко был избран в Академию наук СССР.

В марте 1941 года за разработку и внедрение методики летних посадок картофеля Т. Д. Лысенко, вместе с группой коллег, была присуждена Сталинская премия первой степени. По рассказам родственников Трофима Денисовича, он долго не брал свою часть премии, за что, в конце концов, получил замечание от Сталина. В июне же, когда СССР вступил в войну с Германией, он перечислил причитавшуюся ему денежную часть премии на нужды фронта.

В начале войны Академия наук была эвакуирована в г. Куйбышев, а президиум ВАСХНИЛ — в Омск. Т. Д. Лысенко работал в Омске, Красноярском крае и Казахстане, ставшими основными житницами СССР. Для оперативного руководства сельским хозяйством он был назначен главным агрономом наркомата земледелия. Как президент ВАСХНИЛ он руководил организацией исследований, направленных на обеспечение продовольствием армии и населения. Его собственная теоретическая и практическая деятельность в то время была подчинена той же задаче — увеличению сельскохозяйственного производства. Как писал сам Лысенко, "с первых дней Великой Отечественной войны, навязанной нашей стране германским фашизмом, всю свою научную деятельность и работу всего коллектива, тесно со мной работающего, мы направили исключительно на решение сугубо важных научных вопросов, помогающее в тяжёлые дни войны колхозам и совхозам увеличивать продовольственные и сырьевые ресурсы страны. На решении этих вопросов только и было сосредоточено наше внимание. В военное время колхозы и совхозы особенно остро чувствуют потребность в помощи агробиологической науки. Война потребовала от сельского хозяйства быстрого решения больших и малых вопросов, направленных на удовлетворение возросших нужд нашей страны, нашей доблестной Красной Армии в пищевых и сырьевых ресурсах".

Уже летом 1941 года возникла угроза потери урожая из-за морозобойности зерна ввиду прогноза наступления ранних осенних заморозков в восточных областях СССР. Поскольку в этом случае "виновата" была Природа то, казалось, что земледельцы сделать ничего не могут; "требовать от агробиологической науки помощи как будто бы нельзя, не в её силах отодвинуть осенние заморозки". Однако Т. Д. Лысенко и его коллеги нашли выход. Во второй половине августа 1941 года они оперативно проанализировали состояние посевов пшеницы в районах Сибири и Северного Казахстана, а также сопоставили данные за разные годы о температуре, осадках, времени наступления первых осенних заморозков. Был сделан вывод, что пшеница осенью 1941 года полностью дозреть не успеет. Затем в виде опыта в нескольких хозяйствах в 20-х числах августа на небольших площадях была скошена ещё недозрелая пшеница. "Пришлось провести целый ряд быстрых экспериментов, с тем, чтобы убедиться, каков же будет получаться урожай зерна, если недозрелую пшеницу скашивать, чтобы не подвергнуть её на корню губительному действию осенних заморозков". Опыты проводились в течение практически одной недели. После этого Т. Д. Лысенко принял решение: рекомендовать хозяйствам Сибири и Северного Казахстана, не дожидаясь полной зрелости яровых, в конце августа приступить к их уборке, начиная с наиболее зрелых участков, а затем, с 5-10 сентября, скашивать все участки зерновых, независимо от их зрелости. Предложение было реализовано и основной урожай был от заморозков спасён.

Затем возникла новая проблема. В конце зимы 1942 года выяснилось, что в ряде районов восточных областей СССР многие семенные партии зерновых имеют низкий уровень всхожести семян, иногда порядка 30-40 %. Т. Д. Лысенко предложил простой метод, с помощью которого некондиционные по всхожести семена пшеницы и других зерновых хлебов можно было сделать хорошо всхожими. А именно, из экспериментов Лысенко с сотрудниками выяснилось, что некондиционность семян зерновых хлебов часто являлась следствием не гибели зародышей, а того, что они, попав сразу после уборки в холодные морозные условия, которые характерны для Восточной Сибири и Казахстана, не успевали закончить к посеву своё дозревание. "Нам, агробиологам, до сих пор были известны факты продолжительности периода покоя зерновых хлебов порядка 10-20, в редких случаях 30-40 дней. Думаю, никто не предполагал, чтобы было массовое явление в практике, когда период покоя семян зерновых хлебов длился шесть с лишним месяцев. Обнаружив это явление, мы быстро нашли способ практического повышения всхожести семян зерновых хлебов в колхозах и совхозах''. Лысенко предложил с наступлением весны как можно быстрее выгрузить из зернохранилищ колхозов семена пшеницы наружу и рассыпать их тонким слоем на брезент, мешковину и другие подстилки, чтобы их обогрело солнце и наружный воздух. (Способ был назван воздушно-тепловым обогревом семян). В результате, при температуре 5-15 градусов семена за одну-две недели успели дозреть и степень их всхожести существенно повысилась. В ряде случаев она составила 90, 95, и даже 99 % — вместо прежних 30-40 %.

Одной из важнейших культур в структуре питания населения СССР в то время являлся картофель. Он был прост в посадке и уходе, хорошо сочетался с многими другими продуктами; недаром его называли "второй хлеб". Кроме того, картофель давал с единицы площади урожай больший, чем почти все остальные сельскохозяйственные культуры. Однако во многих регионах страны, особенно на востоке и юго-востоке, имелось мало посадочного материала картофеля.

Осенью 1941 года Лысенко и его коллеги разработали методику посадки картофеля верхушками клубней. С клубня срезалась верхушка 10–15 грамм, оставляемая для посадки; остальная часть использовалась для питания. Была составлена инструкция населению, как хранить до весны, проводить предпосадочную яровизацию и сажать верхушки картофеля. Всем предприятиям общественного питания и промышленности, использовавшим сырой картофель, было предписано срезать и хранить верхушки. Агробиологи консультировали население и организации по оптимальному хранению верхушек клубней для посадки в будущем году и вели разъяснительную работу по внедрению этого метода. "В течение всей зимы группе работников в разных местах Советского Союза пришлось решать неясные вопросы в деле хозяйственной заготовки, хранения и подготовки к посадке верхушек клубней продовольственного картофеля". В 1942 году была издана брошюра Т. Д. Лысенко "Больше заготовить для посадки верхушек продовольственного картофеля".

Применение метода посадки верхушек клубней картофеля дало значительную прибавку к урожаю, что было особенно важно во время войны. Всего весной 1942 года верхушки от продовольственных клубней картофеля были посажены в одной лишь Сибири на площади более 150 тысяч гектаров. Верхушки картофеля сажались не только в централизованных хозяйствах, но и на индивидуальных огородах рабочих, служащих, колхозников. В результате в стране в 1942 году дополнительный урожай картофеля составил не менее 200 тысяч тонн. Нелишне отметить, что картофель в то время применялся при изготовлении нитропороха, использовавшегося в запальном устройстве знаменитых "катюш", и имел, таким образом, не только пищевое, но и важное военное значение.

В 1943 году, за разработку и внедрение методики посадки картофеля верхушками клубней Т. Д. Лысенко и его коллегам была присуждена ещё одна Сталинская премия.

Как и в прошлый раз, Т. Д. Лысенко перечислил свою часть премии на нужды фронта. Так же поступили и его коллеги. От имени Верховного главнокомандующего И. В. Сталина им была послана телеграмма с благодарностью.

В 1942-43 гг. Лысенко проводил агротехнические исследования, которые ставили целью решение возникавших перед ним вопросов сельскохозяйственной практики. Так, он улучшил метод определения всхожести семян, что позволило быстрее принимать решение об их использовании или замене. Рекомендованный им зимой 1941/42 года способ анализа качества посевной партии требовал довольно много времени. "Образцы семян, взятые из партии для анализа, требовалось выдержать 10-15 дней при комнатной температуре и затем ещё 7 дней проращивать… Если процент всхожести анализированного образца оказывался низким, то это значило, что партия не годилась и её нужно заменить".

Лысенко и его коллегами был найден более быстрый и притом весьма простой способ определения степени всхожести семян. А именно, брались по 100-200 семян из среднего для посевной партии образца, им давалось набухнуть в воде, затем с зародышей иглой снимались семенные оболочки (либо зародыши прокалывались иглой или булавкой) и семена ставились на проращивание. Если зародыши были живыми и только находились в состоянии покоя, то после этой процедуры они сразу начинали прорастать. Такой анализ позволял быстро определить процент всхожих семян в посевной партии и принять решение: применять ли метод весеннего обогрева для ускорения дозревания семян или же заменять партию.

В условиях нехватки трактористов и горючего Т. Д. Лысенко предложил сеять озимые по стерне, утверждая, что остатки срезанных стеблей растений после уборки яровых будут способствовать задержанию снега и нормальному развитию растений. Хотя вначале предложение Лысенко было встречено с недоверием и даже с насмешками, оно оказалось полезным. Посевы по стерне озимой ржи дали немалую прибавку к урожаю, а также стали хорошим предшественником для последующих посевов яровой мягкой и твёрдой пшеницы.

После окончания войны агроприём посева по стерне нашёл применение и как метод борьбы с ветровой эрозией почв. Он применялся не только в СССР — в Сибири и Казахстане — но и в других странах. Позже, за дальнейшую разработку и внедрение этого приема в Казахстане А. И. Бараев с сотрудниками были удостоены Ленинской премии. Деятельным сторонником безотвальной обработки почвы был Ф. Т. Моргун, он настойчиво внедрял этот метод в 1980-2000-х гг., указывая, в числе других аргументов, на его широкое распространение в Канаде и США. Так что Т. Д. Лысенко во внедрении передовых агротехнических приёмов опережал своё время. Однако в 1940-х гг. предложенный им метод посева по стерне являлся, главным образом, способом получения дополнительного урожая.

Ещё одним важным достижением Т. Д. Лысенко в те годы стала разработка метода вегетативного размножения одного из каучуконосов — кок-сагыза, при котором (в отличие от размножения семенами) сохранялась способность этой культуры накапливать каучук.

В предвоенный период промышленность Советского Союза испытывала большую потребность в каучуке, который тогда добывался из растений-каучуконосов. В связи с этим вопросы их культивации, повышения объёма добычи, поиска новых каучуконосных растений регулярно ставились перед сельскохозяйственными организациями и их руководителями. Разработка академиком Т. Д. Лысенко метода вегетативного выращивания кок-сагыза лежала в направлении решения этих вопросов.

Наконец, предложенная Т. Д. Лысенко агротехника проса позволила создать перед войной значительные запасы этой важной крупяной культуры, которая прочно вошла в рацион советских воинов.

В июне 1945 года Т. Д. Лысенко было присвоено звание Героя Социалистического труда — наивысшая гражданская награда страны.

Указ Президиума Верховного Совета СССР

О присвоении, звании Герои Социалистического Труда академику Лысенко Трофиму Денисовичу

За выдающиеся заслуги в деле развития сельскохозяйственной науки н поднятия урожайности сельскохозяйственных культур, особенно картофеля и проса, присвоить звание Герой Социалистического Труда с вручением Ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот» академику Лысенко Трофиму Денисовичу

Председатель Президиума Верховного Совета СССР М. КАЛИНИН.

Секретарь Президиума Верховного Совета СССР Д. ГОРКИН.

Москва, Кремль. 10 июня 1945 г.

По рассказу Ю. Т. Лысенко, когда на заседании правительства, где обсуждалось присвоение званий Героя Социалистического труда, своих кандидатов предложила Академия наук СССР, Сталин, который вёл заседание, осведомился: "Лысенко в списке есть?" Представитель академии, смутившись, ответил: "нет". "Включить", распорядился Сталин. Кто-то из собравшихся спросил: "за что?" Имелось в виду, понятное дело, уточнение формулировки к постановлению о награждении, но Сталин подумал, что ему возражают, и возмущённо воскликнул: "Как это — за что?? Да хотя бы за заготовку проса — мы всю войну кормили армию этим просом!"

В сентябре 1945 года Т. Д. Лысенко был награждён ещё одним орденом Ленина.

Таков основной вклад академика Т. Д. Лысенко в решение задачи производства зерна и других продовольственных и технических культур в период Великой Отечественной войны. Этот вклад велик, и он был достойно оценён сталинским руководством страны в военное и послевоенное время.

Определённым контрастом к работам Т. Д. Лысенко в 1941-1945 гг. выглядели тогдашние "достижения" некоторых "академических учёных"-биологов, которые и во время войны продолжали заниматься, с целью развития мировой науки, столь полюбившейся им "мушиной" тематикой.

В наше время вклад, внесённый Т. Д. Лысенко и его коллегами в организацию работ по обеспечению продовольствием Красной Армии и населения, включая его личные научные исследования, был отмечен во № 2 журнала "Вестник Россельхозакадемии" за 2005 год, посвящённом 60-летию победы в Великой Отечественной войне. В статье "Работа Академии в военное время" к. и. н. А. Мирошниченко, начальник отдела документального обеспечения (научного архива) Россельхозакадемии, писал: "Исторические архивные документы свидетельствуют о том, что Академия <ВАСХНИЛ> в военное время справилась со стоявшими перед ней задачами. Институты выполнили много научных исследований, предложили разработки, внедрение которых в совхозах и колхозах дало возможность в кратчайшие сроки увеличить производство продовольствия и сельскохозяйственного сырья в Восточных районах страны, а также в районах, освобожденных от немецкой оккупации".