3 апреля 1988 г. на внеочередном саммите ИГАД делегации Сомали и Эфиопии подписали договор о ненападении и невмешательстве во внутренние дела. Менгисту Хайле Мариам и Мохаммед Сиад Барре обязались отказаться от поддержки размещенных на территориях их стран организаций эфиопских и сомалийских диссидентов. Сиад Барре официально прекратил всякую помощь боевикам Фронта освобождения Западного Сомали. Эфиопы, в свою очередь, закрыли тренировочные базы и лагеря СНД и СДФС. Движение СДФС было окончательно разгромлено, все его еще бывшие на свободе руководители были арестованы.
Последствия договора оказались в итоге катастрофическими для Барре. СНД, попав в безвыходное положение, просто вынуждено было перейти в наступление. Потеряв эфиопскую поддержку и понимая, что любое затягивание борьбы ведет теперь к гибели, руководство Сомалийского национального движения отказалось от тактики действия небольших боевых групп, решив встать на путь открытого вооруженного противостояния. Большую роль в этом сыграла демилитаризация эфиопо-сомалийской границы. В соответствии с пунктом № 4 договора о мире, Могадишо и Аддис-Абеба начали отвод войск от границы. Ослабление пограничного контроля дало возможность действовать более активно. Создав Объединенные силы освобождения, 27 мая 1988 г. повстанцы атаковали правительственные войска. Бурао был захвачен в первые дни боев. Началась сомалийская гражданская война.
Боевики СНД атаковали лагеря беженцев из Эфиопии Агабар и Лас Дуре, расположенные недалеко от Харгейсы, где находились сомалийцы клана огаден и других недружественных исаак кланов. 43 человека было убито, причем 13 из них повстанцы показательно казнили. Эти и другие нападения СНД на лагеря беженцев заставили многих из них вступить в сомалийские вооруженные силы, а также в парамилитарные карательные части. Таким образом, антиправительственный мятеж начал превращаться в межклановую войну, в провоцировании которой, как видно, виноваты не только части, верные Сиаду Барре. Вскоре Барре объявил восстание на севере «мятежом племени исаак» против единства Сомали.
Армия, части МВД и спецслужбы широко применяли расстрелы и пытки. За время боев только за первые два месяца погибли до 10 тыс. человек. С мая 1988 года по январь 1989 года в северо-восточные районы Эфиопии бежали от 300 до 500 тысяч сомалийцев. Неучтенное количество беженцев приняли Кения, Джибути, а также южное и центральное Сомали. В итоге правительственным силам удалось отбить к середине августа 1989 г. все важнейшие стратегические пункты на севере, но контролировать север страны Сиад Барре уже не мог.
Отряды СНД в середине ноября после тяжелых боев захватили важнейший стратегический город Галькайо в 400км к северу от Могадишо. Решающим моментом в этом сражении стал переход на сторону повстанцев четырех полковников из командования гарнизона и еще 64 офицеров из различных частей, защищавших город, причем многие сдались вместе с подчиненными солдатами.
Вторым последствием подписания договора о мире с Эфиопией стала потеря Спадом Барре лояльности клана огаден. Огаден были одними из самых преданных сторонников Сиада Барре именно из-за его позиции по поводу эфиопского Огадена, где члены их клана составляют большинство населения. Теперь они стали считать его предателем. В конце 1988 года был отстранен от должности, а в июле 1989 года был арестован министр обороны Аден Абдуллахи Hyp Габьо (огаден). Он отказался передать в подчинение МВД созданные им отряды милиции беженцев из Огадена. 22 марта армейские офицеры из этого клана захватили военную базу в Кисмайо и вооружили своих сторонников. Началось массовое дезертирство огаден из армии. 17 июля 1989-го дезертировал полковник Ахмед Омар Джесс (огаден) — командующий правительственными войсками в Харгейсе. С ним ушли 60 офицеров и солдат. Потеря бойцов клана огаден означала неминуемый крах режима Сиада Барре. В апреле 1990 года он попытался исправить ситуацию, послав в Кисмайо представительную делегацию. Переговоры о примирении ни к чему не привели, и в апреле на юге началось восстание огаден под руководством полковника Башира Билилико. Билилико и Омар Джесс сформировали Сомалийское патриотическое движение (СПД) клана огаден.
В мае 1990 года видные политические деятели сформировали Совет по национальному примирению и спасению (СНПС), позже названный группа «Манифест». 5 мая они представили диктатору «Манифест», подписанный 114 крупными политиками, бизнесменами и учеными с требованием начать широкие политические реформы и предложением Барре уйти в отставку, передав власть временному комитету. Барре отказался и арестовал более 70 функционеров группы. 14 июля в Могадишо во время футбольного матча началась стихийная демонстрация. Силы безопасности открыли огонь. По подсчетам оппозиции, по меньшей мере 450 человек были убиты, тысяча ранена и две тысячи арестованы. Неделю спустя 46 политиков из группы «Манифест» были приговорены к смерти. Но толпы протестующих окружили здание суда, и Сиад Барре впервые за двадцать лет правления отменил свое решение. Беспорядки в Могадишо вспыхивали раз за разом.
В ноябре лидеры ОСК, СНД и СПМ тайно встретились с Менгисту Хайле Мариамом, который пообещал им военную и финансовую помощь в случае, если они объединят усилия в борьбе против режима Барре. Договор о совместных боевых действиях был заключен, но повстанческие группировки продолжали действовать независимо.
В октябре 1990 года Барре представил новую конституцию, многопартийные выборы были назначены на февраль следующего года. Барре сместил своего сына с поста главнокомандующего и назначил своего зятя генерала Сайда Херси «Моргана», сделав его также министром обороны. Многие политики рассматривали его как возможного преемника Барре. Однако генерал «Морган» уже был не в силах что-либо изменить. Линии фронта больше не существовало. На севере дезорганизованные правительственные войска оставили полуразрушенные Харгейсу, Бурао и порт Бербера. За два года боев на севере погибло от 50 до 60 тысяч человек из кланов исаак.
В конце декабря отряды ОСК вошли в Могадишо, чтобы помочь милиции родственных кланов. Сиад Барре приказал провести тотальную зачистку столицы. Начались уличные бои, но армия и спецслужбы уже были окончательно разложены, и к 1 января 1991 года повстанцы взяли под контроль почти весь город. Сиад Барре укрылся в бункере рядом с международным аэропортом под охраной верных частей.
5 января состоялись переговоры между Спадом Барре, группой представителей «Манифеста» и ОСК/Махди. По окончании Барре объявил, что готов уйти в отставку, уступив кресло президента Адену Абдуллахи Осману Дару — бывшему главе государства с 1960 по 1967 год. Однако вечером того же дня на колонну автомашин, в которой ехали руководители группы «Манифест», атаковал отряд автоматчиков. Два функционера были убиты, двое тяжело ранены. По городу пронесся слух, что нападение организовал генерал Фарах Айдид. Оно, по сути, стало первым столкновением качественно нового этапа гражданской войны, который начнется в ближайшие месяцы.
Поражение в Огаденской войне, последующие попытки Сиада Барре и его окружения восстановить авторитет власти за счет северных кланов исаак и катастрофическая экономическая ситуация привели к цепной реакции. Появились новые оппозиционные движения в дополнение к уже существовавшим, и все встали на путь вооруженной борьбы. Фактически восстали все самые многочисленные и влиятельные кланы. К тому же к этому моменту уже прекратил свое существование биполярный мир, закончилось противостояние двух великих держав, и Сомали, как и большинство африканских стран, оказались предоставленными сами себе. Без внешней поддержки справиться с повстанцами режим Сиада Барре не мог.
В итоге всеобщее восстание, начавшееся с мятежа северных кланов исаак, закончилось победой повстанцев. Однако сформировавшиеся за это время настоящие клановые армии, демобилизовать которые было невозможно, теперь готовы были сражаться за власть дальше, хотя ни у одной из них не было достаточно сил для окончательной победы. В отличие от времен гражданского правления в 1960-1969 годах и военной диктатуры Сиада Барре, когда у власти находилась одна клановая элита, которой для удержания власти приходилось искать союзников или запугивать конкурентов, теперь в Сомали образовалось несколько независимых клановых центров силы. Идеологическая составляющая всех повстанческих движений утратила свое значение. Клан стал главным рычагом в борьбе за власть.