После бегства Мохаммеда Сиада Барре из столицы в центре и на юге Сомали сложилась следующая ситуация. Две фракции Объединенного сомалийского конгресса (хавийя) контролировали Могадишо и часть территорий в центре страны, где развернули репрессии против кланов дарод. Сомалийское патриотическое движение (СПД) (огаден/дарод) и Сомалийский национальный фронт (СНФ) (марехан/дарод), созданный сторонниками Барре, сражались за контроль над югом страны.
29 января 1991 г. исполнительный комитет ОСК/Махди, состоящий исключительно из представителей клана абгал, объявил о формировании переходного правительства. На пост временного президента страны был назначен Али Махди Мохаммед до новых президентских выборов, время проведения которых назначит общесомалийская конференция. Али Махди, по профессии учитель, работал в правительстве Сомали до переворота 1969 г. Несколько лет он провел в тюрьме, после освобождения преуспел в бизнесе и стал хозяином отеля. Одно время в 1980 гг. он был одновременно директором представительства ООН в Могадишо. В это время Али Махди стал членом межклановой группы «Манифест». Когда начались аресты членов этой группы, Али Махди бежал из страны и присоединился к ОСК. На его деньги был создан главный офис ОСК в Риме. В конце 1990 года Али Махди в качестве члена политического крыла ОСК вернулся в Сомали, когда повстанцы уже вели бои в Могадишо.
Его главный политический оппонент генерал Мохаммед Фарах Айдид всегда следовал карьере военного. На церемонии объявления независимости и объединения Севера и Юга 1 июля 1960 года капитан Айдид командовал поднятие флага нового государства. В 1960— 1963 годах учился в СССР в бронетанковом училище. Айдид был противником переворота генерала Барре и попытался предупредить гражданские власти, за что был арестован и провел в заключении шесть лет без суда и следствия. Во время перед Огаденской войной был освобожден и восстановлен в звании полковника. Произведенный в бригадные генералы, он был отправлен в Индию послом. Сразу же после создания Объединенного сомалийского конгресса его лидер Исмаил Джумале связался с Айдидом и предложил ему возглавить вооруженные отряды движения. Вскоре доктор Джумале и его заместитель были убиты. Полевые командиры ОСК выбрали Мохаммеда Фараха Айдида своим лидером.
Али Махди Мохаммед обратился с просьбой к бывшему министру иностранных дел Сомали Омару Артеху Талибу занять пост премьер-министра и сформировать правительство национального единства. Однако сторонники генерала Айдида бойкотировали новое правительство. Также сотрудничать с фракцией Махди в формировании правительства отказалось руководство Сомалийского патриотического движения. В ответ сторонники Али Махди распустили в Могадишо слух, что СПД заключило союз с Сиадом Барре. Айдид немедленно приказал своим отрядам атаковать позиции недавних союзников, но они были отброшены.
Таким образом, СПД неожиданно стало союзником сформированного в марте 1991 г. сторонниками Сиада Барре из клана марехан Сомалийского национального фронта под председательством генерала Омара Хаджи Мохаммеда Сайда Херси «Моргана». Но единство СПД было недолговечным, так как в движение входили хоть и родственные кланы, однако исторически всегда враждовавшие между собой. С одной стороны — огаден, с другой — харти (общее самоназвание для долбаханте, маджертин и варсангели). Это быстро привело к расколу движения. СПД/огаден под руководством полковника Омара Джесса осталось союзником Фараха Айдида, а СПД/харти под руководством генерала Габьо — сторонником Барре.
Основные бои снова развернулись вокруг порта Кисмайо. Отряды СНФ-СПД в апреле 1991 г. попытались отбить Могадишо. В сентябре они повторили попытку и вновь безуспешно. Каждый раз войска генерала Айдида отбрасывали их.
Во второй половине 1991 г. в войну включилось Сомалийское демократическое движение (СДД) кланов племени раханвейн. Созданное в 1989 г., СДД не участвовало в войне против войск Сиада Барре, ограничиваясь политической борьбой. В целях самозащиты была сформирована милиция. Движение возглавил полковник Мохаммед Hyp Альо. СДД стало союзником ОСК/Айдид. Летом войска Сиада Барре захватили столицу раханвейн город Байдоа. Отношение к раханвейн как к «неблагородному» племени земледельцев со стороны других «благородных кочевых» кланов дарод и хавийя в ходе гражданской войны переросло в крайнее ожесточение (об историческом противостоянии «кочевых» и «земледельческих» кланов сказано во вступлении). 5 января 1992 г. на совещании «Комитета 21», куда входили все союзные Барре группировки, было принято решение уничтожить раханвейн, как главную проблему, препятствующую возвращению Сиада Барре к власти. В течение первой половины 1992 года войска Барре и Айдида постоянно вели бои на территории раханвейн, что привело к ее полной экономической деградации. Вскоре СДД, как и большинство сомалийских движений, раскололось на две фракции — полковника Hyp Альо, оставшегося союзником Айдида, и Абди Мусе Майо, ставшего на сторону Али Махди.
Правительство Джибути организовало в июне 1991 г. в своей столице конференцию по мирному урегулированию в Сомали. В ней приняли участие представители всех основных группировок, движений, территориальных образований за исключением Сомалиленда. Фарах Айдид отказался прибыть в Джибути, до тех пор, пока Али Махди будет признаваться временным президентом. Однако вопрос о статусе президента на конференциях не рассматривался, и Махди формально остался на этом посту. По остальным пунктам было достигнуто согласие: прекращение огня, формирование правительства из представителей всех кланов, сохранение единства страны, формирование парламента, возобновление действия конституции 1960 года в течение двух лет после создания правительства. С этого момента станет «доброй традицией» принимать подобные резолюции и затем не выполнять их.
В августе 1991 года Али Махди Мохаммед был приведен к присяге как полноправный президент страны. 6 августа враждующие группировки пришли к соглашению, по которому Айдид признал решения, принятые в Джибути, тем самым признав и президентство Махди. Но взамен он получил право решающего голоса в назначении министров и губернаторов, участие в контроле за распределением поступающей в страну финансовой и гуманитарной помощи, а также полную самостоятельность в формировании новой сомалийской армии.
Был сформирован новый совет министров, который состоял из 80 представителей всех кланов. Многие члены кабинета узнали о своем назначении впервые только по радио и поэтому тут же подали в отставку. Ключевые посты в правительстве получили политические и военные противники Айдида: премьер-министр Омар Артех Галиб (исаак), министр обороны — Муса Эслан (маджертин), министр МВД — Мохаммед Каньяре Афрах (муросад/хавийя) — заместитель Али Махди.
Столицу страны поделили главные противники Али Махди и Фарах Айдид. Северную часть взял под контроль Махди, и южную — Айдид. Начиная с марта 1991 года, в городе периодически вспыхивали столкновения враждующих группировок. Общая численность вооруженных бойцов достигала 30 тысяч. Численный перевес был на стороне Али Махди, так как отряды генерала Айдида вели боевые действия на юге страны и к северу от Могадишо. Однако части Айдида в Могадишо имели значительно больше тяжелого вооружения. В его отрядах насчитывалось не менее 200 профессиональных артиллеристов.
Автобронепарк обеих сторон состоял из нескольких сотен «техничек». «Техничка» (technical) — порождение многочисленных африканских войн — джип, небольшой грузовик или автобус со срезанными стойками и крышей с установленным в кузов крупнокалиберным пулеметом, противотанковой ракетной установкой или безоткатным орудием. Чаще всего следующие типы оружия: советские зенитные установки 23-мм ЗУ-23 и 37 мм (тип 63), французский 89 мм противотанковый ракетный комплекс LRAC, 106-мм американское безоткатное орудие М-40А1. Наиболее примечательными были установленные на джипы неуправляемые ракетные снаряды советских истребителей МиГ-17. Поскольку значительную часть боевиков во всех группировках составляли малограмотные подростки, применение ими столь сложного оружия приводило к постоянным жертвам среди мирного населения.
Помимо личного соперничества Али Махди и Фараха Айдида, основной причиной постоянно вспыхивающих жестоких столкновений стал контроль над распределением международной помощи, который находился в руках бизнесменов из клана абгал, сотрудничающих с Али Махди. Ситуация значительно ухудшилась, когда в сентябре 1991 года Фарах Айдид создал свое альтернативное правительство. Это вызвало боевые столкновения по всей линии соприкосновения враждующих группировок. Бои с 6 по 9 сентября 1991 г. назвали «четырехдневной войной». Не менее 400 человек было убито и полторы тысячи ранено. Инфраструктура города пострадала очень значительно. Войска генерала Айдида выбили подразделения Али Махди из большинства ключевых районов города. В итоге под контролем Махди остался лишь родовой анклав клана абгал на севере столицы.
9-13 октября 1991 г. в Могадишо находилась с визитом совместная эфиопо-эритрейская делегация. В тот момент в еще единой Эфиопии сложилась непростая ситуация. В мае 1991 года повстанцы Национального фронта освобождения тиграй (НФОТ) при поддержке Национального фронта освобождения Эритреи (НФОЭ) и более мелких группировок взяли власть в Эфиопии. Менгисту Хайле Мариам покинул страну. После победы руководство НФОЭ, чьей целью всегда была независимость Эритреи, самоустранились от общеэфиопских дел, давая понять, что Эритрея де-факто уже независима. Однако США настояли на том, чтобы лидер НФОЭ Исайяс Афеворк не торопился слишком быстро проводить референдум по вопросу независимости. Очевидно, что поскольку США начали все больше участвовать в делах Эфиопии, им было невыгодно торопить события, чтобы не раздражать будущего возможного стратегического союзника на Африканском Роге. Таким образом, руководства Эфиопии и будущей Эритреи действовали на дипломатическом фронте совместно, хотя в ближайшем будущем Сомали станет для них полем боя для войны чужими руками.
Цели эфиопо-эритрейской делегации в Могадишо отражали, прежде всего, интересы Аддис-Абебы. Консультации ее представителей с лидерами клановых группировок имели цель организовать новую конференцию по национальному примирению, где главную роль играли бы клановые лидеры и полевые командиры, а не политики, живущие за границей. Новое руководство Эфиопии, таким образом, надеялось успокоить страсти в эфиопском Огадене, где активизировались сомалийские повстанцы.
Особенно яростные бои развернулись в Могадишо 17 ноября 1991 г. Несколько недель сражения шли буквально за каждый дом. По меньшей мере 14 тысяч человек погибли и 27 тысяч были ранены в ходе этих столкновений к 29 февраля 1992 г. Страну поразила засуха. Гуманитарные поставки конфисковывались клановыми группировками. Ни Махди, ни Айдид не желали пропускать гуманитарные конвои на территории, которые они не контролировали.
Противостояние Али Махди и Фараха Айдида — период наиболее ожесточенных боев сомалийского внутреннего конфликта в последнем десятилетии XX века. Их постоянное личное соперничество и упорное нежелание идти на компромисс свидетельствуют о том, что оба этих лидера всегда стремились к личной диктатуре с опорой на свои кланы. Проблемы власти, господства и подчинения в африканском обществе имеют давние традиции, основой которых является авторитаризм. В традиционном мышлении авторитаризм воспринимается как уважение к власти и лидеру, да и сама африканская система ценностей имеет авторитаристский характер.
В данной ситуации оба лидера фактически пытались вернуть страну к управленческой формуле Мохаммеда Сиада Барре — авторитарное правление военного диктатора с опорой на свой клан. Выбор такого пути достаточно логичен — именно диктатура очень часто в истории останавливала всеобщий хаос и становилась опорой для восстановления государственности. Показательно, что сражались между собой родственные кланы, которые были союзниками, что весьма характерно для сомалийцев. Однако в сложившихся обстоятельствах, когда ни одна группировка не обладала достаточной силой для разгрома противника, когда все вели войну всех против всех, установление власти одного лидера в Сомали было невозможным. В итоге стремление руководителей двух сильнейших группировок подчинить обстоятельства своей воле привело к катастрофическим последствиям.