Относительное затишье сохранялось довольно долго. Однако 10 февраля 1986 года партизаны Уэддея совместно с ливийскими войсками возобновили атаки южнее 16-й параллели, под угрозой оказалась столица страны. Реакция Парижа не заставила себя ждать. Несомненно, что, помимо всего прочего, на решение французского руководства повлияло желание отплатить за предыдущий обман полковника Каддафи. В ночь с 13 на 14 февраля началась операция Epervier. 16 февраля восемь Jaguar под прикрытием четырех Mirage F1 ВВС Франции разрушили (было сброшено 40 бомб) стратегическую авиабазу в Уади-Дум, откуда ливийские самолеты могли атаковать Нджамену. В ответ на следующий день ливийский дальний бомбардировщик Ту-22Б атаковал аэропорт Нджамены, но на обратном пути он потерпел катастрофу (по американским данным, сбит зенитной ракетой).

18 февраля двести бойцов 21-го полка морской пехоты заняли лагерь Дубу, где раньше была штаб-квартира операции Manta. Там разместились шесть Mirage F1, четыре Jaguar и батарея французских зенитно-ракетных комплексов (ЗРК) малой дальности Crotal. 3 марта прибыла батарея американских ЗРК средней дальности MIM-23 Hawk 403-го полка противовоздушной обороны. В Муссоро разместили радар под защитой 150 солдат. После прибытия подразделений 8-го парашютного полка морской пехоты и двух рот 2-го парашютного полка Иностранного легиона общее число французских военнослужащих в Чаде достигло девятисот человек.

После этого на фронте вновь наступило затишье. Ливийская группировка в Чаде продолжала накапливать силы, и к октябрю 1986 года ее численность достигла 8 тысяч бойцов, в их рядах были военные инструкторы из социалистических стран. Но в рядах ППНЕ произошел раскол — в конце лета отряды Уэддея сцепились с отрядами араба Ашейка ибн Умара — лидера Революционного демократического совета, которого поддержал Каддафи. Войска НВС были разбиты, затем начались репрессии против неарабского населения Севера, традиционно поддерживающего Уэддея. Число бойцов в его отрядах резко возросло, они нанесли противнику несколько чувствительных контрударов, и бои приняли затяжной характер. Ливийцы арестовали Уэддея, и это еще более ожесточило повстанцев.

Воспользовавшись моментом, в игру вступили французы. В ночь с 16 на 17 сентября два их транспортника Transall сбросили партизанам НВС на парашютах шесть тонн бензина, оружие, в том числе противотанковые ракетные комплексы (ПТРК) и ПЗРК, боеприпасы и продовольствие. В декабре в горах Тибести высадился сформированный внешней разведкой DGSE отряд французских военнослужащих численностью в 60 человек. Они занимались переброской и сборкой сложных систем вооружений и обучением местных партизан.

11 декабря ливийское командование начало тремя бронеколоннами наступление на горный массив Тибести. Они успешно атаковали оазисы Зуар и Вур, заставив подразделения НВС отступить в горы, однако в Бардаи — главном городе региона — получили жестокий отпор.

К этому моменту закончилось формирование принципиально новой чадской армии. Ее командование с помощью инструкторов из Франции провело глубокие реформы, толчком для которых послужили поражения 1983 года. Ставку сделали на мобильные подразделения численностью не больше роты на вооруженных джипах-«техничках» и тактику пустынного блицкрига. Парк боевых машин составили почти 400 джипов с установленными на них ПТРК Milan и 106,7-мм безоткатными орудиями, а также несколько десятков французских бронетранспортеров Panhard и американских бронемашин Cadillac V-150. Численность Чадских национальных вооруженных сил (ЧНВС) выросла с 10 до 28 тысяч, не считая Президентской гвардии. Основной костяк составили северяне (примерно 10 тысяч), значительная часть из даза — этнической группы Хиссена Хабре.

Чадская армия, воспользовавшись удобным моментом, начала наступление. Этот этап чадско-ливийского конфликта получил название «война на “тойотах”». 2 января 1987 года пал оазис Фада. Он были защищены мощным ливийским гарнизоном с большим количеством бронетехники. Чадские части провели атаку по схеме, далее с успехом применявшуюся в ходе этой войны — скоростной прорыв на «тойотах» в обход магистралей, которые стережет противник, с последующим ударом во фланг. Ливийские танки просто не успевали целиться в бешено несущиеся джипы, а их экипажи расстреливали танки на полном ходу из ПТРК.

В ответ на взятие Фады 4 января ливийские бомбардировщики атаковали Араду и Ум Шалубу близ Калэ, где находились 250 французских военнослужащих. 7 января последовала акция возмездия ВВС Франции. Десяток истребителей-бомбардировщиков Jaguar нанесли удар по ливийским РЛС в районе авиабазы Уади-Дум, противорадиолокационными ракетами Martel. 11 января ливийские ВВС впервые в этом конфликте нанесли удар непосредственно по французским войскам, безуспешно атаковав базу в Калэ.

Февраль и большую часть марта французы и ливийцы потратили на увеличение своих контингентов. Французская авиагруппировка была доведена до двух эскадрилий, куда вошли 30 Jaguar и Mirage F-1C. Париж довел численность своих войск в Чаде до 2,2 тысяч, при этом были созданы две новые базы в Бинтлине и Абеше, Триполи увеличил свой контингент до 14 тысяч.

В конце марта две мощные ливийские танковые колонны вышли из оазиса Уади-Дум, чтобы отбить Фаду. 20 марта они были перехвачены в районе Бир Корба подразделениями ЧНВС и после недолгого боя стали отступать. Чадские джипы, неотступно преследуя противника, подошли к Уади-Дум и, не останавливаясь, прямо через минные поля 22 марта ворвались в городок. Ливийский гарнизон был разгромлен. Главный гарнизон в оазисе Файа- Ларжо ливийцы оставили 27 марта сами, боясь полного окружения.

8 августа легкие эскадроны армии Чада взяли оазис Аузу. Они совершили ложный маневр, создав впечатление у противника, что намерены атаковать с юга по единственной дороге в Аузу с гор Тибести. Однако чадцы, пройдя по руслам высохших горных речек, указанных местными партизанами, незамеченными вышли на равнину и атаковали Аузу с неожиданных направлений — с севера и с востока.

В этом сражении, как и в битве за Уади- Дум, участвовали и французские военнослужащие — 90 десантников 11-го парашютного батальона. Разминированием в освобожденных районах занималась рота 17-го парашютного инженерного полка (135 человек). Известно, что когда 25 августа ливийцы бомбили оазис Файя-Ларжо, там находились французские парашютисты. Вся подобная деятельность военных контролировалась разведкой DGSE.

В итоге ливийцы через три недели отбили Аузу, использовав тактику противника. Их джипы и бронемашины на скорости прорвали вражеские позиции вокруг оазиса и разгромили чадские части. Но чадцы нанесли совершенно неожиданный удар уже в глубь ливийской территории по авиабазе Маатан-эс-Сарра в ста километрах от границы в начале сентября 1987 г. На этот раз ливийцы были настолько не готовы к отражению атаки, что даже ни один самолет не взлетел с взлетной полосы, было уничтожено 22 самолета и вертолета, включая вертолеты Ми- 25, три истребителя МиГ-23 и четыре Mirage.

В ответ Ливия решилась испытать на прочность французскую ПВО. Дальний бомбардировщику Ту-22 попытался атаковать Нджамену. Один был сбит ракетой ЗРК MIM-23 Hawk батареи 403-го полка еще до того, как сбросил бомбы. Одновременно другой Ту-22 нанес бомбовый удар по Абеше, но результаты его были ничтожны.

Стратегически от рейда на Маатан-эс-Сарра президент Хабре выиграл мало. Франция, боясь, что освободительный поход может превратиться теперь уже чадскую интервенцию против Ливии, стала оказывать давление на своего союзника, требуя, чтобы он заключил перемирие и решил проблему Аузу путем переговоров.

11 сентября 1987 г. Хабре и Каддафи подписали соглашение о прекращении огня при посредничестве ОАЕ. «Война на «тойотах» закончилась. Полоса Аузу осталась ливийской.

Французы занялись гуманитарными операциями, в том числе разминированием северного Чада, что взяла на себя рота 17-го инженерного полка. 4 января 1988 года французы потеряли первого бойца в ходе операции Epervier. Ливия потеряла в войне на «тойотах» 7,5 тысячи человек убитыми и тысячу пленными, а также военной техники и имущества на полтора миллиарда долларов. Потери чадцев — более тысячи человек.

После того как в октябре 1988 года Триполи и Нджамена восстановили дипломатические отношения, Франция начала сокращать свое присутствие. В 1989 году осталось тысяча военнослужащих Франции, большинство баз было ликвидировано.

В апреле 1989 года официальный победитель в войне на «тойотах» главнокомандующий ЧНВС Хассан Джамусс и министр обороны Идрис Дэби попытались свергнуть Хабре. Но заговор не удался. Джамусса казнили, Дэби бежал в Судан. Через год он вернулся с новой повстанческой армией. Франция к этому времени потеряла интерес к Хабре из-за его заигрываний с США и постоянных нарушений прав человека. К тому же «холодная война» закончилась, а с ней и борьба за континент между Западом и Востоком. Хабре пришлось просить политического убежища в Камеруне. Интересно, что во время марша Дэби на Нджамену его сопровождал офицер DGSE Поль Фонбонн. Когда повстанцы занимали столицу, французы оставались нейтральными, охраняли аэропорт, посольство и электростанцию и обеспечивали эвакуацию 1250 европейцев.

Новый президент Чада Идрис Дэби сохранил с Францией партнерские отношения, но в то же время объявил о своей проливийской ориентации. Париж закрыл на это глаза. Более того, чтобы не раздражать Каддафи, французская разведка при помощи ЦРУ тайно вывезла в Нигерию отряды Хафтар — ливийских дезертиров на службе армии Чада. Французская авиация в 1992 году активно помогала правительственным частям в подавлении двух военных мятежей, инспирированных Хиссеном Хабре.

В 1994 году Международный арбитражный суд вынес решение по поводу полосы Аузу в пользу Чада. Ливия признала это решение и вывела свои войска.

Очередное усиление французской группировки в Чаде произошло только через двадцать лет. В 2005 году гражданская война вспыхнула с новой силой. Повстанцев поддержало правительство Судана, Идрис Дэби, в свою очередь, оказывал значительную помощь антиправительственным группировкам суданского Дарфура. Таким образом, гражданская война в Чаде стала одновременно и «опосредованным» чадско-суданским вооруженным конфликтом. 13 апреля 2006 года повстанческие отряды Объединенного фронта за перемены в предрассветные часы атаковали Нджамену. Им удалось захватить здание Национальной ассамблеи, но закрепить успех они не смогли. Армейские части выбили повстанцев из столицы, 370 боевиков были убиты, более 270 взяты в плен. В этот раз вмешательство французской армии не потребовалось. Однако в апреле 2006 года Париж увеличил свою группировку в Чаде до 1,5 тысячи военнослужащих. С декабря 2007 года часть этих войск была включена в европейскую миротворческую миссию в Чаде и ЦАР под мандатом ООН EUFOR Tchad/RCA (мандат миссии истек 31 декабря 2010 года).

Но зимний рейд повстанцев на Нджамену в 2008 году едва не стоил Идрису Дэби президентства. 28 января более 300 пикапов с десантом пересекли чадско-суданскую границу, 1 февраля правительственные войска попытались остановить повстанцев у Массагета (50 км от столицы). В этом сражении повстанцы понесли тяжелые потери, но большая часть их колонн обошла армейские позиции и ворвалась 2 февраля в столицу с севера. Две тысячи боевиков захватили большую часть города и блокировали президентский дворец. Дэби отказался от предложенной французами эвакуации. После трех дней тяжелых уличных боев с применением танков и ударных вертолетов боевиков удалось выбить из Нджамены.

Шедшие им на помощь из Дарфура резервы (до 200 пикапов) были разгромлены. Важную роль в этом сыграла французская воздушная разведка. До и после битвы за Нджамену французские самолеты отслеживали передвижения противника. Авиагруппировка в том момент состояла из шести истребителей Mirage F1, трех тактических транспортников, двух разведчиков Breguet и трех вертолетов Puma. В ходе самого сражения за столицу французы (группировка в 1,2 тысячи человек) оказывали правительственным войскам логистическую поддержку, но в бои не ввязывались, если не считать перестрелки с повстанцами в районе аэропорта. Официально их главная задача заключалась в эвакуации иностранных граждан (1,3 тысячи человек). Однако по данным газеты La Croix, французские офицеры координировали действия чадских войск в сражении под Массагетом, а французский спецназ участвовал в уличных боях в столице. Последнее яростно отрицал министр иностранных дел Франции Бернар Кушнер. Тем не менее, минобороны Франции подтвердило, что 4 марта французский спецназовец был убит в перестрелке с суданскими войсками на границе, а также унтер-офицер 1-го полка морской пехоты погиб в засаде повстанцев. Всего же начиная с 1968 года в ходе различных операций в Чаде погибли 93 французских военнослужащих.

Несомненно, французские военные участвовали в разработке эшелонированной системы обороны на суданском направлении, которая доказала свою эффективность во время попытки прорыва боевиков Союза сил сопротивления к столице в мае 2009 года. В районе города Ам-Дам их колонны попали в засаду батальона президентской гвардии, и все попытки обойти позиции противника провалились — они натыкались на чадские резервы, усиленные бронетехникой.

Чадско-суданская «опосредованная» война, а с ней и внутренний чадский конфликт завершились в 2010 году, когда Хартум и Нджамена начали предпринимать дипломатические усилия по нормализации отношений.