Не только обстановка жизни в Дорнбурге, окруженном садами и виноградниками, активизировала интерес Гёте к естественнонаучным занятиям летом 1828 года. Уже 10 июля он сообщал, что «с некоторых пор вести, поступающие из-за границы, побуждают его обратиться вновь к естественным наукам» (Цельтеру). Он познакомился с новой книгой ботаника де Кандоля, поднимавшей принципиальные методические вопросы. Главным был вопрос об определенности и возможностях применения аналитического и синтетического метода. Во вступлении женевский ученый относил Гёте к числу тех исследователей, которые воспринимают природу априори, в то время как сам он считает более правильным начинать с наблюдения частностей. Гёте, который вместе с Фредериком Соре давно уже планировал французское издание «Метаморфозы растений», решил теперь предпринять немецко-французское издание с добавлением глав, где он мог бы осветить свою позицию, поскольку он не был приверженцем односторонних методов исследования. «Это все то же постоянно обновляющееся в борьбе и неосознанной взаимопомощи, необходимое в теории и практике аналитическое и синтетическое взаимодействие, полное равновесие в котором всегда будет целью стремлений и никогда не будет достигнуто» (письмо к Ф. Соре от 2 июля 1828 г.). Поэтому в Дорнбурге он работал над пространным автобиографическим сочинением «Автор рассказывает историю своих ботанических штудий», которое должно было разъяснить ситуацию. В 1831 году сочинение опубликовано как приложение к переводу Соре. (В сжатом виде «История моих ботанических штудий» вышла уже в 1817 году в «Морфологических тетрадях».) Естественнонаучные занятия, состоявшие в Дорнбурге из размышлений о методологии и непосредственных наблюдений отдельных явлений, в Веймаре отошли в тень, уступая место другим делам. Нужно было кончить «Годы странствий» и «Фауста». Лишь время от времени он возвращался к работе над материалами в дополнение к немецко-французскому изданию «Метаморфозы», стремясь оставить документальное свидетельство о воздействии этой работы и дальнейшем развитии изложенных в ней идей. Так или иначе в этих диспутах, которые вели ученые, рассматривались разные позиции и методы исследования, в том числе и значение идеи типа, дорогой сердцу Гёте. Борьба еще не закончена, писал он Иоганнесу Мюллеру 24 ноября 1829 года: «Тип должен быть признан, как закон, который в явлениях встречается лишь в виде отдельных исключений, этот таинственный, независимый образец, в котором заключено все движение жизни».

Летом 1830 года Гёте вновь оказался втянутым в принципиальные дискуссии. В Парижской академии наук разгорелся спор между Этьеном Джофруа де Сент-Илером и Жоржем Кювье о возникновении видов и получил широкий резонанс, тем более что Джофруа посредством публикации сделал его достоянием общественности. В основе диспута были принципиальные методические вопросы, а это больше всего интересовало Гёте. Уже имея соответствующую информацию из французских газет, он вскоре прочитал книгу Джофруа «Принципы философии зоологии». «Спор между двумя группами естествоиспытателей, анализирующими и синтезирующими… Продолжал читать упомянутую выше французскую книгу, и то, что много лет назад происходило в Германии, ожило в памяти» (Дневник, 22 июля 1830 г.). Его привлекала возможность изложить публично свои воззрения и включиться в спор. Он тотчас написал рецензию на книгу Джофруа, первая часть которой вышла в Берлинском «Ежегоднике научной критики» уже в сентябре. Гёте открыто присоединился к Джофруа, стороннику синтетического метода. Если эта глава обсуждения содержала характеристику «двух различных видов мышления», реферативный отчет о ходе дискуссии вместе с краткими жизнеописаниями ее участников, то вторая часть, помещенная в журнале в марте 1832 года, была автобиографической — как приложение к французскому изданию «Метаморфозы растений», — здесь рецензент исследовал главный вопрос в связи с историей своих собственных анатомических занятий. Статья Гёте не стала решительной, односторонней защитой Джофруа, который был ему гораздо ближе, чем Кювье, он стремился объединить позиции «наблюдающего детали» и того, кто «исходит от идеи», стремился сочетать оба метода, хотя принципиальное обоснование оставалось еще весьма проблематичным, как, например, в работе «Сомнения и результат». «Кювье работает неутомимо, стремится различить и подробно описать отдельные явления и создает широкую панораму. Джофруа де Сент-Илер, наоборот, скрупулезно ищет аналогии в отдельных существах, их тайные родственные связи; первый идет от отдельного к общему, которое хотя предполагается, но считается непознаваемым; второй своим внутренним взглядом видит целое и убежден, что единичное может постепенно развиться из него». Из этого фрагмента второй части ясно видна главная мысль рецензии — только взаимодействие обоих методов исследования может быть продуктивно: «Пусть каждый из нас в этом случае скажет, что разделение и соединение — нерасторжимые жизненные акты. Это можно выразить еще лучше: одно не существует без другого, хочешь не хочешь, приходится двигаться от единичного к общему и от общего к единичному, и чем интенсивнее осуществляются эти духовные функции, подобные вдоху и выдоху, тем лучше для науки и ее друзей».

То, что когда-то обсуждалось с Шиллером по поводу идеи и опыта, то, что в его размышлениях об истории науки отразилось в противопоставлении аналитического и синтетического начал, универсализма и индивидуализма как принципов, вновь оказалось в центре внимания, впоследний раз он сделал попытку показать два разных образа мышления в едином, нерасчленимом жизненном акте, в котором полярность не есть непримиримое противоречие, а представляет собой осмысленное взаимодействие. В подводящем итог, глубоком отрывке из письма, написанного за месяц до смерти, вновь говорится о том, почему для него так важна эта взаимосвязь. Он писал Сульпицу Буассере 25 февраля 1832 года: «Я всегда старался постичь все познаваемое, узнаваемое, применимое и достиг в этом смысле чего-то, что удовлетворяет меня и заслужило одобрение других. Так я дошел до своего предела, я начинаю верить там, где другие приходят в отчаяние, потому что слишком многого ждут от познания и, достигая того уровня, который вообще назначен человеку, готовы пренебречь прекраснейшими человеческими ценностями. Так человек вынужден двигаться от целого к единичному и от единичного к целому, хочет он этого или нет». Тот, кто думает, что «в основе целого лежит идея», которую имеют в виду сторонники синтеза, для того конкретное исследование «аналитиков» не может значить много, как бы важно оно ни было, оно всегда будет казаться им «напрасными усилиями Данаид, наблюдения всегда для них помеха, чем больше наблюдений, тем хуже» («Анализ и синтез»).