Болезни рыб в зависимости от причин, их вызывающих (этиологии), подразделяют на незаразные, инфекционные и инвазионные. Незаразными называют болезни, вызываемые механическими, физическими и химическими факторами внешней среды; инфекционными болезни, возбудителями которых являются паразиты растительного происхождения: бактерии (бактериозы), грибы (микозы), вирусы (вирусозы), риккетсии (риккетсиозы) и одноклеточные водоросли (альгеозы); инвазионными болезни, возбудителями которых являются паразиты животного происхождения: одноклеточные или простейшие организмы (протозойные), паразитические черви (гельминтозы), паразитические рачки типа членистоногих (крустапеозы) и моллюски (моллюскозы). Среди аквариумных рыб не встречаются или остаются неизученными такие болезни, как риккетсиозы, альгеозы и моллюскозы, которые не включены в классификацию болезней аквариумных рыб и не описаны в книге.

Инвазионные болезни рыб в книге названы в соответствии с принципами номенклатуры, предложенной академиком К.И.Скрябиным. Инвазии описаны под зоологическим наименованием рода возбудителя путем прибавления к корню слова, обозначающего родовое название возбудителя, суффиксов — оз- или — ез- (латинский — osis), например плистофороз, глюгеоз, костиоз, хилодонеллез и т. д.