Первоначально боевые «юнкерсы» Люфтваффе со всех сторон покрывались светло-серой (RLM 02) краской. Капоты моторов, мотогондолы, диски колес были черными. В черный цвет также красились широкие полосы по всей хорде крыла за мотогондолами (сверху и снизу) и передняя часть фюзеляжа (до пилотской кабины). На вертикальном оперении самолетов наносилась широкая горизонтальная красная полоса. В ее середине располагался белый круг со свастикой внутри. До 1935 г. все германские самолеты официально регистрировались как гражданские и несли пятибуквенный код типа D-AANA. При этом первая буква означала государственную принадлежность, а вторая — класс самолета (для Ju 52/3m — A).

После создания Люфтваффе на самолетах появились опознавательные знаки — черные кресты с белой окантовкой. Они наносились в шести местах: сверху и снизу на крыле и по бортам в хвостовой части фюзеляжа. На фюзеляже место изображения креста находилось на середине расстояния между задней кромкой крыла и передней кромкой стабилизатора. На фюзеляже также изображался код из четырех цифр и одной буквы. Они писались по схеме 53+F12. Первая цифра показывала номер авиационного округа, вторая — код эскадры (давался в каждом округе в хронологической последовательности). Буква за крестом обозначала определенный самолет в эскадрилье. За ней располагались номер группы и номер эскадрильи. Код повторялся также на крыле снизу (пополам на левом и правом крыле). И на фюзеляже, и на крыле знаки кода были черными. Кресты на крыле располагались на середине расстояния между осью бокового мотора и кончиком консоли.

В Люфтваффе «юнкерсы» стали красить со всех сторон черно-зеленой эмалью RLM 70. Черная окраска мотогондол, полос на крыле и прочего сохранялась. В начале 1938 г. ввели покрытие нижних поверхностей фюзеляжа, крыла и оперения светло-голубой краской RLM 65. Одновременно красную полосу и белый круг на ней на вертикальном оперении ликвидировали как демаскирующие. Черная свастика с белой окантовкой стала наноситься на киль без захода на руль направления. Прекратили также красить в черный цвет все элементы конструкции снаружи.

С октября того же года появился двухцветный камуфляж верхних и боковых поверхностей самолетов. Он складывался из полей черно-зеленого (RLM 70) и темно-зеленого (RLM 71) цветов. Они наносились большими угловатыми сегментами, разделявшимися по ломаным линиям. Граница цветов была резкой. Однотонная и двухцветная схемы окраски использовались параллельно, но однотонная на транспортных самолетах встречалась значительно чаще.

В 1940 г. изменили бортовые коды. Они стали состоять из одной цифры и трех букв по схеме 1Z+HU. Знаки слева от креста обозначали эскадру. Например, «1Z» соответствовало KGzbV 1. Первая буква справа от креста показывала самолет в эскадрилье. Она могла быть не черной или иметь цветную обводку (у каждой эскадрильи своего цвета). Вторая буква справа обозначала подразделение в эскадре. «А» — штаб эскадры, от «В» до «F» — штабы групп, далее — эскадрильи. Код, как и раньше, повторялся на нижней поверхности крыла. Иногда на самолетах присутствовали только две последние буквы, а код эскадры наносился на руле направления.

Машины, принадлежавшие летным школам, различным нестроевым подразделениям, а также еще не переданные в строевые части после выпуска с завода или капитального ремонта, обозначались сочетанием из четырех букв по типу BJ+YD.

Санитарные самолеты вместо традиционных черных крестов Люфтваффе несли изображение большого красного креста на белых кругах на тех же шести местах. Свастика на оперении при этом сохранялась.

Театр военных действий, где применялся самолет, мог обозначаться цветными полосами. Впервые такие полосы нанесли во время вторжения в Австрию. Это были две узких красных (RLM 23) полосы, нарисованные на фюзеляже за задней кромкой крыла. В Средиземноморье пользовались одной широкой белой (RLM21) полосой в хвостовой части. На Балканах такая же полоса была желтой.

На территории СССР тоже наносили желтую (RLM 04) полосу на фюзеляж, а иногда красили в желтый цвет капоты моторов и законцовки крыла и горизонтального оперения.

На Восточном фронте зимой транспортные машины получали временный камуфляж смываемой белой краской. Ею покрывались все верхние поверхности или только наносились большие пятна.

Внутри кабины самолета окрашивались в светло-серый цвет (RLM 02). Так же выглядели все внутренние объемы, куда имелся постоянный доступ. Приборные доски имели темно-серый цвет (RLM 66). Сами приборы отличались еще более темным колером, почти черным.

Бензобаки не красились, но снаружи обтягивались поверх протектора защитными кожаными или, позднее, матерчатыми чехлами. Топливопроводы и фильтры окрашивались в желтый цвет, агрегаты гидросистемы — в коричневый, пневмосистемы — в синий, системы пожаротушения — в красный.