Назначение Ю. Н. Дьячкова управляющим трестом совпало с начавшимся тяжелым периодом «перестройки» в стране.

Почти прекратилось финансирование энергетического строительства, многие стройки были законсервированы. Отделение республик от России определило и выход ряда строительных управлений из состава треста вместе с кадрами и оборудованием.

Как выражался М. С. Горбачев — «процесс пошел». Из 16 СУ, входивших в состав треста в 1987 г., к 1992 г. осталось только 7 СУ, но и они имели весьма небольшие заказы, в основном по добыче нерудных материалов.

Объем выполняемых работ к 2000 г. сократился от максимально достигнутого в 1986 уровня почти в 10 раз, аналогичное сокращение объема работ произошло и в подразделениях гидромеханизации других ведомств.

В 1991 г. в Московском СУ (начальник СУ Б. И. Комкин, главный инженер С. М. Штин) была освоена технология добычи озерных отложений — сапропеля, эффективного органического удобрения для сельского хозяйства, увеличивающего урожайность культур в несколько раз.

Но последующий развал сельского хозяйства прекратил добычу сапропеля, переговоры с зарубежными фирмами о поставке сапропеля не были завершены.

В 1998 г. Ю. Н. Дьячков скончался и его заменил на посту управляющего Игорь Викторович Липский, грамотный инженер, прошедший школу проектирования объектов гидромеханизации и сменивший ранее в 1993 г. умершего главного инженера треста Б. Г. Гурьева.

Главным инженером треста в 1999 г. был назначен С. М. Штин. С 1992 г. трест и его подразделения по существу перестали существовать из-за отсутствия работы. Сохранилось в небольшом объеме Чебоксарское СУ в Татарии.