В Горном Алтае за несколько десятилетий деятельности Алтайской миссии православие укоренилось настолько, что стало неотъемлемой частью жизни местного населения, в том числе и коренных национальностей. В этом несомненная и основная заслуга алтайских миссионеров как христианских благовестников.

Оценку деятельности миссионеров можно давать по различным признакам. Таковыми обычно являются статистические данные крещений и география распространения. Однако достаточно существенным критерием успешности деятельности миссии является структура миссионерских учреждений, которую удалось создать миссионерам, количество храмовых, образовательных, благотворительных построек. И если по количеству крещений в год Алтайская миссия не являлась рекордсменом, то в части организации разносторонней системы миссионерских учреждений она стала образцовой. Поэтому не случайно в 1910 г. на состоявшемся в Иркутске миссионерском съезде среди многочисленных миссий, действовавших внутри страны, Алтайская духовная миссия получила наибольшее признание, была названа «образцом и руководителем» для других миссий. В отчете начальника Алтайской духовной миссии за 1914 г. сказано, что миссия «завершила свое внешнее развитие… разрослась в многоветвленное дерево, под сенью которого ютится много учреждений». Сеть приходских и школьных учреждений распространилась практически на всю территорию Горного Алтая, а средняя плотность храмов и школ достигла среднероссийских показателей.

Система миссионерских учреждений охватывала все стороны жизни населения Алтая: религиозную, хозяйственно-бытовую, образовательную, благотворительную. Всесторонность работы миссионеров была заложена еще первым начальником Алтайской духовной миссии – преподобным Макарием (Глухаревым). Он в общении с алтайцами вникал во все проблемы их жизни, лично проявлял участие к их нуждам, пытаясь во всем помочь своей новообращенной пастве.

Анализ структур духовного просвещения Алтайской духовной миссии подтверждает мнение православных историков начала ХХ в. о том, что метод преподобного Макария (Глухарева), который строго следовал кирилло-мефодиевской традиции, дал выдающиеся результаты. Во-первых, христианство прочно укоренилось среди алтайских народов, сменив примитивные языческие и иные более низкие религиозные представления. Во-вторых, народы Алтая усвоили христианские основы нравственной, хозяйственно-экономической, бытовой, семейной культуры, тем самым вышли на принципиально новый уровень национального развития. В-третьих, созданная система школьного образования не только начала приучать коренных жителей к письменной и книжной культуре на родном языке, но и объединила несколько этнических групп в народ, называющий себя с конца XIX в. алтайским.

Благодаря тому, что была воспитана национальная интеллигенция, были вместе с тем и сохранены здравые основы национальной культуры, которая стала неотъемлемой частью духовного наследия нового христианского народа. Структура благотворительных учреждений выросла в разветвленную систему, которая не только эффективно оказывала помощь нуждающимся, но и воспитывала основы христианского милосердия. Возникшие на Алтае монастыри стали образцом высокодуховной культуры, а также центрами просвещения, благотворительности, хозяйственно-экономических основ оседлого образа жизни. В годы гонений на православие алтайцы остались в основном верными Церкви, христианской нравственности и вере. Искоренение веры и уничтожение храмов (к счастью, не везде) осуществлялось, как правило, отрядами воинствующих безбожников.

Огромный опыт Алтайской духовной миссии в сознании различных форм духовно-нравственного просвещения, несомненно, актуален сегодня и требует дальнейшего осмысления и изучения.