Согласно историческим хроникам, скандальное убийство банщицы Маркеты Пихлеровой в 1608 году потрясло европейские дворы. Рудольф II впал в глубочайшую меланхолию и прогнал всех советников и министров, поручив управление государственными делами своему камердинеру, Филиппу Лангу. В июне 1608 года брат Рудольфа Матьяш и его союзники выступили маршем на Прагу и принудили короля уступить королевства Моравии, Венгрии и Австрии. В 1611 году Матьяш захватил Богемию и оставил старшему брату только титул императора Священной Римской империи.
Остаток жизни Рудольф II провел в уединении, окруженный личной прислугой. Он превратился в затворника, тратившего все время на ботанический сад и свой ненаглядный Бельведер. Тяжелым ударом для Рудольфа стала смерть его любимца, льва Мухаммеда. Сам король умер двумя днями позже, 20 января 1612 года.
Последовавшая за этим Тридцатилетняя война между католиками и протестантами, вовлеченной в которую оказалась вся Европа, разорила и опустошила Богемию. В ходе битвы религий доктора Якоба Хорчицкого де Тепенека, пленника-католика, обменяли на пленника-протестанта, доктора Яна Есениуса. Позднее, в 1621 году, после битвы у Белой Горы, Есениус был казнен вместе с двадцатью шестью другими протестантами на Староместской площади в Праге.
Доктор Хорчицкий, принявший в войне сторону католиков, написал памфлет «Католическая исповедь». Он весьма преуспел на профессиональном поприще и создал лекарство на основе растительной вытяжки, aqua sinapii, оказавшееся весьма прибыльным. Хорчицкий носил титул королевского фармацевта как при Рудольфе II, так и при императоре Матьяше.
Через год после смерти дона Юлия в Рожмберкском замке обнаружили любопытную находку. Среди личных вещей нашелся и «Молот ведьм», двухтомный фолиант, объясняющий колдовство и черную магию. Вот что пишет по этому поводу Эрик Мидлфорт в книге «Безумные принцы Германии в эпоху Ренессанса»:
«Это, конечно, тот самый “Молот ведьм”, который, насколько мы можем судить, был куплен не для того, чтобы развлекать дона Юлия, но по подозрению, что он, как и его отец, околдован, и что для обнаружения ведьмы, возможно, должно предпринять некоторые дальнейшие шаги».
Книга Чудес, играющая столь важную роль в романе, известна как манускрипт Войнича и хранится в библиотеке редких книг и рукописей Йельского университета. Загадочный том с не расшифрованным и поныне текстом неким образом попал в руки личного врача короля Рудольфа и смотрителя его ботанического сада после смерти Габсбурга.
Имя Якоба Хорчицкого де Тепенека, ботаника и личного фармацевта Рудольфа II, написано на первой странице этой рукописи.