Художественная структура романа Потоцкого довольно сложна. Сюжетом служат приключения валлонского офицера, который торопится в свой полк, но все время оказывается вблизи заброшенного в горах Сьерра-Морены трактира и двух виселиц с телами двух бандитов. Все разъясняется лишь в конце романа, когда великий шейх Гомелесов рассказывает главному герою историю своего рода. Суть в том, что тайно оставшиеся в Испании после падения Гранады мавры готовят «революцию в исламе». Стремясь сохранить угасающую мужскую линию, они остановили свой выбор на Вордене, чья мать была родом из перешедших в христианство Гомелесов. Неожиданные препятствия и испытания должны были побудить молодого валлонца перейти в ислам. Необходимость в этом в конце романа исчезла, и честолюбивые замыслы Гомелесов потеряли всякий смысл. Но остался дневник Альфонса ван Вордена, в котором он описал первые шестьдесят шесть дней своего пребывания в Испании.
По своему построению «Рукопись, найденная в Сарагосе» на первый взгляд может напомнить арабские сказки «Тысяча и одной ночи» или «Декамерон» Боккаччо. На самом же деле в композиции своего романа Потоцкий вполне самостоятелен, даже оригинален. Это как бы некая изящная шкатулка с «секретами», позволяющими вкладывать в нее множество других шкатулок. У Потоцкого получил новое решение прием механической повторяемости сюжетов. Населяющие ро ман рассказчики столь различны по манере поведения и складу мышления, так независимы в своих поступках, что автору приходится с ними нелегко. В романе возникает множество параллельных линий, словно пересекающихся между собой, из-за чего порой даже затруднительно разобраться в событиях. В реплике одного из героев, уставшего от этих сюжетных хитросплетений, слышна словно легкая ирония самого автора: «Я попросту не знаю, кто говорит, а кто слушает. Маркиз де Вальфлорида рассказывает дочери свои приключения, а та рассказывает их вожаку цыган, а тот снова рассказывает их нам. Настоящий лабиринт!» Избранная Потоцким форма романа позволила ему с большой свободой развивать старые и вводить новые сюжетные линии, не стесняя себя театральной бутафорией «заговора Гомелесов».
Необъятен географический диапазон романа. С живописного Иберийского полуострова действие переносится в Феррару, Равенну, Рим и другие итальянские города, на Корсику, Сардинию, Мальту, к берберийским берегам Северной Африки, в Тунис и Марокко — словом, охвачено все Средиземноморье. Вместе с героями романа читатель отправляется к Нилу, в татарские степи, в старинные рыцарские замки, в Лион, Париж, Вену и даже в экзотическую Мексику. Но это не предел. Неутомимая фантазия Потоцкого уводит нас даже в Древнюю Грецию, Египет и Иудею.
Это не просто историческая беллетристика книжника-вольнодумца из школы Ж.-Ж. Бартелеми или П.-С. Марешаля. Эрудиция Потоцкого обогащена опытом наблюдательного путешественника, изъездившего большинство из описанных мест, чуткого к новым впечатлениям, обычаям, традициям. Разноплеменная, разноязычная жизнь Средиземноморья шумно врывается на страницы романа, достоверная, зримая, почти осязаемая. Сицилийские бандиты, корсары, контрабандисты, монахи, рыцари, ученые, купцы, нищие, арабские шейхи, дипломаты, солдаты, египетские жрецы и мексиканские касики, а также каббалисты, подвластные им духи, загадочные призраки, оборотни, сам дьявол становятся героями многочисленных новелл, заметно окрашенных эротикой в духе галантного XVIII века.
В поисках сюжетов Потоцкий обращается к своим дорожным записям, к устным рассказам, поверьям и легендам, заимствует мотивы из средневековых хроник, сборников притч, охотно пользуется традиционными образами авантюрного плутовского романа, проявляет широкое знакомство с просветительской литературой. Калейдоскопически пестрая панорама романа не распадается на случайные отрывки: это некая амальгама, чудесный сплав, в котором каждая из новелл сохраняет, однако, свое неповторимое своеобразие. Единство же создается не сюжетом, достаточно условным и декоративным, а «общей философской настроенностью», которой Потоцкий придавал особое значение.
«Рукопись, найденная в Сарагосе» может быть названа романом приключений или фантастических происшествий, но прежде всего это исторический и философский роман. Разносторонний историк, сведущий в запутанных конфликтах прошлого, Потоцкий, как сын своего времени, глубоко обеспокоен судьбой человека в современную ему эпоху больших социально-политических потрясений. За увлекательными похождениями героев романа неожиданно открываются широкие идеологические перспективы, намечается выход в философскую полемику эпохи.