Если приложение состоит из нескольких процессов, то некоторую помощь вам могут оказать такие защищенные ОС, как SE Linux, Trusted Solaris, или надстройки над ОС типа Argus PitBull (работает для Linux, Solaris и AIX). Обычно вы можете пометить данные на уровне файла, и система будет отслеживать их передачу между процессами.
Несколько более практичная рекомендация заключается в том, чтобы хранить все данные в зашифрованном виде, пока не возникнет необходимость показать их. Большинство операционных систем имеют средства для защиты данных на носителях. Так, Windows может автоматически шифровать файлы, размещенные в файловой системе EFS (Encrypted File System).
Можно также выполнять «контроль на выходе», то есть проверять корректность выводимых данных. Так, если некоторая часть приложения может выводить только числа, проверьте, что, кроме цифр, в выходном потоке ничего нет. О проверке входных данных мы слышим постоянно, но иногда имеет смысл проверять и выходные.