В 1839 году в Риме Гоголь схватил сильнейшую болотную лихорадку (малярию). Ему чудом удалось избежать смерти, но тяжелая болезнь привела к прогрессирующему душевному и физическому расстройству здоровья. Как пишут некоторые исследователи жизни Гоголя, болезнь поразила мозг  писателя. У него начали случаться припадки и обмороки, что характерно для малярийного энцефалита. Но самым страшным для Гоголя были видения, посещавшие его во время болезни.

Многое свершилось во мне в немногое время», – пишет он М. П. Погодину.

В письме С. Т. Аксакову: «Я слышу и знаю дивные минуты. Создание чудное творится и совершается в душе моей, и благодарными слезами не раз теперь полны глаза мои». Молитва живет в душе его, душа живет богомыслием. Гоголь пишет: «Я же теперь больше гожусь для монастыря, чем для жизни светской».

В начале 1842 года: «Я не рожден для треволнений и чувствую с каждым днем и часом, что нет выше удела на свете, как звание монаха».

Как писала сестра Гоголя Анна Васильевна, за границей писатель надеялся получить от кого – нибудь «благословение», и когда проповедник Иннокентий подарил ему образ Спасителя, то писатель воспринял его как знак свыше ехать в Иерусалим, к Гробу Господню.

Однако пребывание в Иерусалиме не принесло ожидаемого результата. «Ещё никогда не был я так мало доволен состоянием сердца своего, как в Иерусалиме и после Иерусалима, – говорил Гоголь. – У Гроба Господня я был как будто затем, чтобы там на месте почувствовать, как много во мне холода сердечного, как много себялюбия и самолюбия».

В 1842 году в Москве вышел первый том поэмы Гоголя «Мертвые души», в котором – художественное отражение душевных пороков людей. Гоголь говорит о нравственности, он приглашает каждого человека вглядеться честно в душу свою: нет ли в нем недостатков, подобных тем, над которыми он только что смеялся.

Охарактеризовав Чичикова, он вопрошает: «А кто из вас, полный христианского смирения… в минуту уединенных бесед с самим собою, углубит во внутрь собственной души сей тяжелый вопрос: «А нет ли и во мне какой – нибудь части Чичикова?»

Главное у Гоголя в том, что служение Истине есть религиозный подвиг и дело нравственное. И чтобы использовать достойно свои таланты, писатель должен очистить душу свою покаянием. То есть, чтобы закончить «Мертвые души», писатель должен стать праведником. И этому благому стремлению Гоголь отдал все свои силы, всю свою земную жизнь.

Написанием первого тома «Мертвых душ» Гоголь сделал попытку разбудить мертвые души читателей, дабы отвратились они от греха и пороков, ведущих к прижизненной смерти.

«Жил внутренно, как в монастыре, – писал он Языкову, – и в прибавку к тому, не пропустил почти ни одной обедни в нашей церкви».

Лишь ненадолго болезнь отступила. Осенью 1850 года, оказавшись в Одессе, Гоголь почувствовал себя лучше, он вновь стал бодрым и веселым, как и прежде.

В Москве он прочитал отдельные главы второго тома «Мертвых душ» своим друзьям, и, видя всеобщее одобрение и восторг, начал работать с удвоенной энергией.

Однако, как только второй том «Мертвых душ» был дописан, Гоголь ощутил опустошенность. Все больше им стал овладевать «страх смерти», которым когда – то мучился его отец.

Тяжелое состояние усугубляли беседы с фанатичным священником – Матвеем Константиновским, который укорял Гоголя в его мнимой греховности, демонстрировал ужасы Страшного суда, мысли о которых мучили писателя с раннего детства.

Духовник Гоголя потребовал отречься от Пушкина, перед талантом которого Николай Васильевич преклонялся.