После событий в Кромах в столице царило всеобщее смятение. Народ в открытую говорил о скором пришествии «природного» царя, каковым для него не являлся Федор – самозванец и сын Ирода. Агрессивную толпу можно было удержать только жестокостью. Но что мог поделать шестнадцатилетний царь, не имея никакой поддержки? Он предпринимал отчаянные усилия, чтобы удержать контроль над положением в столице. Из казны были розданы огромные суммы на помин души царя Бориса. Конечно, главная цель этих мероприятий была успокоение народа. Но и щедрая милостыня не помогла Федору. Грозный мятеж сопровождался паникой среди столичных жителей. Прошел слух, что атаман Корела уже стоит под стенами Москвы. Знатные люди лихорадочно прятали свои сокровища, ибо они одинаково боялись и казаков и черни. Правительство все же как-то пыталось организовать оборону, вооружая стрельцов, устанавливая батареи по стенам. Но все было бесполезно: приказания исполнялись из рук вон плохо, а толпа смеялась над ними.

10 июня 1605 года два гонца самозванца Лжедмитрия I, Наум Плещеев и Гаврила Пушкин, появились на подступах к столице – в Красном Селе, где жили извечные враги Годуновых – купцы и ремесленники. Гонцов тут же препроводили в город. Стрелецкий отряд попытался было загородить им путь, но сделать этого не смог и быстро рассеялся. Оба гонца таким образом без проблем добрались до Лобного места. Их тотчас же окружил народ. Все столичные жители собрались, чтобы послушать письмо самозванца к боярам. Этим все и закончилось: судьба Годуновых была решена. Патриарх слезно молил бояр вступиться и помочь, но Василий Иванович Шуйский отрекся от своих слов и объявил, что царевич Дмитрий жив. Последующие события указывают только на быстро установившееся соглашение между мятежниками и теми, кому поручали их усмирить. Народ понесся в Кремль; захваченные народными толпами бояре явились туда же, и даже руководили арестом Федора. Царевича вместе с матерью и сестрой заключили в доме Бориса, где они жили до его восшествия на престол.

Лжедмитрий под именем Дмитрия Ивановича был провозглашен царем. Годуновы – и царское семейство, и другие представители рода, а также их родственники Сабуровы и Вельяминовы были арестованы. Столицу в это время фактически контролировал Богдан Бельский, двоюродный брат Марии Годуновой. Бельский поклялся при всем московском народе, что именно он спас царевича Дмитрия в Угличе. Правда, самозванец решил для себя, что доверять Богдану не может, ведь тот родня Годунову, и Богдана сменил присланный из Тулы Василий Васильевич Голицын.

Но разгоряченную толпу этим было не удовлетворить. Людей обуревала страсть к насилию. Мужики разграбили и разорили дома заключенных, а после накинулись на иностранцев, в частности на немецких врачей царя. У лекарей были довольно богатые погреба. Народ опустошил их и загорелся жаждой новых бесчинств. Бояре могли проявить свою власть только тем, что отправили посольство в Серпухов, в стан Лжедмитрия. В состав посольства вошли представители высшей московской знати – князь Федор Иванович Мстиславский, князь – Иван Михайлович Воротынский, князь – Василий Иванович Шуйский с братьями Дмитрием и Иваном.

Находясь еще в Туле, Лжедмитрий узнал о том, что Москва полностью в его власти, подчинена ему, признала его царем. Он выслал часть своих людей под начальством Басманова, чтобы они заняли стольный град. Заведование делами он поручил князю Голицыну с князем Василием Рубцом-Мосальским и дьяком Сутуповым, которые в свое время выслужились тем, что сдали ему Путивль. Отправляясь в Москву раньше своего предводителя, они, вне всякого сомнения, уже получили указания, что и как нужно сделать с Годуновыми.

Сначала Голицын с командой схватили патриарха Иова – единственного, кто оставался верен царю Федору. Иова забрали прямо во время службы в Успенском соборе и простым монахом отправили в монастырь города Старицы. Представителей рода Годуновых отправили в ссылки по самым разным городам. А самого предприимчивого из Годуновых, Семена Никитича, «правое ухо царя» Бориса, задушили в Переславле-Залесском.

По поводу того, что на самом деле произошло в доме, где находился низложенный царь, существует несколько различных версий. Но смысл ясен – там была осуществлена жестокая расправа над невинными людьми. 10 июня 1605 года в дом, когда-то принадлежавший Малюте Скуратову, ворвались князья Голицын и Мосальский с подручными стрельцами. Царицу Марию Григорьевну задушили сразу, она от ужаса не смогла оказать никакого сопротивления. Юный Федор, наделенный поистине богатырской силой, еще поборолся с четырьмя убийцами, и едва они смогли бы одолеть его, если бы не дьяк Шерефетдинов, который размозжил царевичу голову. Потом Федора додушили. Несчастнее всех оказалась дочь Бориса Годунова Ксения, поскольку ее оставили в живых.

Столичным жителям объявили, что Федор и Мария отравились, сами приняли яд, чтобы уйти из жизни. Однако их выставленные напоказ тела с наличием явных следов борьбы говорили о том, что царевич и его мать погибли не своей смертью. Тела имели без сомнения все признаки насильственной смерти. Люди хмуро толпились у простеньких гробов, в которых лежали царские особы, и смотрели на тела. Многие смотрели не только с любопытством, но и с сожалением. Жалели Марию, но еще больше жалели юного Федора, совершенно безвинную жертву, который подавал большие надежды для народа и будущего страны. И, конечно, жалели бедную Ксению, которую, как все понимали, ждала незавидная доля.

Обезумевшие мятежники не успокоились и на этом. Выкопав останки тела Бориса, они и его положили в дешевый гроб и вместе с телами его жены и сына, без отпевания и прочих обрядов похоронили в Девичьем монастыре Святого Варсонофия на Сретенке. Народ посмертно осквернил «худородного» царя Бориса Годунова.

В 1606 году останки Годуновых, наконец, обрели покой. По распоряжению царя Василия Шуйского останки царского семейства были торжественно перенесены в Троице-Сергиев монастырь, где в усыпальнице, специально возведенной в 1783 году, они покоятся и по сей день.

Известный историк Э. Радзинский заметил: «В 1918 году великий князь Николай Михайлович Романов сделал горькую запись в своем дневнике о том, как в течении сорока восьми часов буквально все предали Государя всея Руси – вельможи, военачальники и даже двор, еще вчера угодничавший и льстивший… В 1605 году некому было сделать такую запись, но изменили и предали так же – все и сразу».

Так бесславно завершилась династия Годуновых.

Борис Годунов был ненавистен русскому народу: хоть и избранный, но не «природный» он был царь. И Федор просто стал жертвой всеобщей ненависти к своему отцу. Из судьбы царевича можно сделать вывод о том, насколько не любили в России Бориса. Ведь царевича Дмитрия Ивановича, погибшего в Угличе, причислили к лику святых, как невинного мученика, а о канонизации царевича Федора, тоже незаслуженно принявшего мученическую смерть, вопрос даже не возникал. А между тем процедура канонизации на Руси была довольно простой. Для того, чтобы причислить кого-то к лику святых, не нужно было проводить никаких масштабных исследований относительно жизни и смерти человека, достаточно было подтверждения компетентными властями чудесной силы, которой наделены его останки. А сами останки должны были быть нетленными. Правда, и это условие не соблюдалось, достаточно было просто наличие костей с частицей тела. Дмитрия канонизировали еще при Василии Ивановиче Шуйском, хотя это был по большому счету политический ход: ведь нужно было всеми мыслимыми и немыслимыми способами предотвратить появление новых самозванцев. Правда, они все равно появлялись. Но суть в том, что царевич Дмитрий стал святым. Семья последнего русского царя канонизирована полностью, хотя личности и самого Николая II, и его супруги вызывают большие споры. Семья же Бориса Годунова, по всей видимости, разговоров о своей мученической смерти не заслужила.