Родился в городке близ Альби в департаменте Тарн (южная Франция). В 1756 году поступил на службу в морской флот. Во время войны с Англией Лаперуз был направлен в Канаду, где в битве под Белл-Айл 20 ноября 1759 года был ранен и взят в плен. В плену он был не долго; после освобождения снова поступил на военную службу и воевал с англичанами, вплоть до окончания войны.

Король Людовик XVI поручил Лаперузу в 1785 году организовать исследовательское путешествие вокруг света. 1 августа этого же года из порта Брест вышли два фрегата: «Буссоль» и «Астролябия» под командованием Лаперуза. Корабли дошли до берегов Бразилии, обошли американский континент вокруг мыса Горн и оказались на Тихом океане. Направившись на север и идя вдоль американского побережья, экспедиция достигла мыса св. Ильи в южной Аляске. Потом взяв курс на Гавайские острова и Макао, экспедиция дошла до Филиппинских островов, откуда направилась в Японию и Корею. В 1786 году Лаперуз открыл между островами Хоккайдо, и Сахалином, пролив, который получил его имя. Длительное время экспедиция стояла в Петропавловске на Камчатке.

Из Петропавловска Лаперуз взял снова курс на юг и, миновав острова Самоа и Тонга, дошел до Австралии. 7 февраля 1788 года он послал известие о себе из Сиднея, оказавшееся последним.

Во Франции, которая в то время переживала значительные политические потрясения, длительное время не интересовались судьбой экспедиции, пропавшей без вести. После провозглашения республики, Национальное Собрание решило в 1791 году организовать экспедицию на поиски Лаперуза. Командование экспедицией было поручено Б. Д’Антркасто. Однако экспедиция не дала никаких результатов. И только лишь в 1826 году вторая французская экспедиция под командованием Жюля Дюмон-Дюрвиля открыла следы Лаперуза на острове Ваникоро (к северу от Ново-Гебридских островов). Вероятно на этом острове, погибли в стычке с туземцами.