Вполне вероятно, что в царском дворце знали, что многие русские люди предали государя и дали присягу либо Лжедмитрию, либо Владиславу. Но изменить ситуацию никто не мог. Самого Василия Ивановича многие ненавидели, про его наследника Дмитрия Ивановича говорили так: «Он сердца не храброго, обложен женствующими вещами, любит красоту и пищу, а не луков натягивание».

В Москве и по всей стране известие о Клушинском разгроме стало сигналом для массовых выступлений против царя Василия. Рязанский воевода П.П. Ляпунов даже стал рассылать по городам грамоты с призывом к местным жителям отомстить царю за убийство М.В. Скопина-Шуйского. Прокопий был уверен, что В.И. Шуйский расправился с прославленным полководцем из-за зависти к его победам. В столице Ляпунова поддержал боярин князь В.В. Голицын, который сам метил на царский престол.

В Новом летописце писалось, что «царь Василий бысть в великом страховании и скорби и посла по городом, повеле ратным людем идти к Москве. Они же не поидоша к Москве, а Резанцы отказаша по умышлению Прокофья Ляпунова. Прокофей же нача со князем Васильем Голицыным умышляти, как бы царя Василья ссадити». (ПСРЛ. Т. 14. Указ. изд. С. 98.)

Активную деятельность предприняли и сторонники Лжедмитрия. Они стали засылать гонцов к московским боярам и предлагать им свести с престола царя Василия. При этом обещали, что покинут своего лжецаря, объединяться с москвичами и вместе выберут нового достойного государя. Об этих переговорах, видимо, стало известно П.П. Ляпунову. Он решил, что нельзя отдавать инициативу бывшим тушинцам. 17 июля 1610 г. он отправил своего гонца А. Пешкова к брату Захарию, который находился в Москве, который передал ему грамоту. В ней писалось о том, что следует как можно скорее скинуть В.И. Шуйского с престола и затем всем вместе избрать нового царя. Захарий с грамотой брата отправился на Лобное место и стал призывать москвичей совершить государственный переворот. Многие горожане его поддержали и направились в Кремль. Там они принудили бояр и патриарха Гермогена отправиться с ними к Серпуховским воротам на совет. Узнав об их намерении, патриарх отказался их поддержать и стал уверять москвичей, что царя Василия нельзя свергать – он законный монарх, защитник православной веры, борец с ворами и интервентами. Но бояре оказались менее стойкими. Никто не выступил в защиту Шуйского, а его свояк (оба женаты на сестрах) боярин князь И.М. Воротынский даже вызвался убедить царя добровольно оставить престол.В итоге все приняли решение свести Василия Ивановича с престола и отправить жить на старый боярский двор. Воодушевленный 3. Ляпунов с Ф. Хомутовым бросились в царские покои. В них они нашли испуганного В.И. Шуйского и заявили ему следующее: «Долго ли за тебя будет литься христианская кровь? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление. Сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе сами как-нибудь промыслим».Дерзкие слова рязанского дворянина не понравились Шуйскому, который всегда отличался смелостью. Он выхватил нож и грозно крикнул: «Как ты посмел мне такое говорить? Даже старшие бояре мне такое не говорят!» Но и Захарий был не робкого десятка. Он крикнул царю: «Только тронь меня, схвачу и раздавлю голыми руками».Эта угроза не была пустым бахвальством. Рязанский воевода отличался могучим телосложением, а царь Василий был низеньким старичком. Сложную ситуацию разрядил И.М. Воротынский, который стал убеждать Шуйского добровольно покинуть дворец и получить в качестве компенсации значительные земельные владения в бывшем Суздальско-Нижегородском княжестве. В противном случае ему с женой и братьями грозила тюрьма.После некоторого размышления В.И. Шуйский решил сам снять с себя «шапку Мономаха» и переехать с супругой в свой старый боярский двор в Белом городе.