Приход Федора Ивановича к власти после смерти отца 18 марта 1584 г. был абсолютно законен и правомерен. Правда, он не был старшим в семье, и долгие годы наследником престола считался его брат Иван Иванович, родившийся в 1554 г. (Федор родился в 1557 г.). Но 19 ноября 1581 г. царевич Иван скончался от горячки, спровоцированной ссорой с отцом – тот ударил его по голове тяжелым посохом. После этого Иван Грозный написал новое завещание – духовную грамоту, в которой объявил наследником уже Федора Ивановича. Об этом были извещены не только русские люди, но и правители иностранных держав, в частности английская королева Елизавета.

Позднее, 19 октября 1582 г., у Ивана IV родился еще один сын – царевич Дмитрий. Но он был от шестой жены Марии Нагой, которая согласно правилам Православной церкви уже не считалась законной. Соответственно незаконным был и ее сын. В будущем он мог рассчитывать лишь на небольшой удел, выделенный ему по воле отца. Это обстоятельство некоторые исследователи почему-то не учитывают и полагают, что царевич Дмитрий имел шанс занять царский престол наравне с Федором Ивановичем.

Перед смертью Иван IV, видимо, обновил духовную грамоту, вписав в нее свое распоряжение относительно младшего сына Дмитрия – ему вместе с матерью и ее родственниками выделялся в удел город Углич с пригородами. Эту волю отца Федор Иванович сразу же выполнил и отправил царевича Дмитрия вместе с матерью Марией Федоровной Нагой и некоторыми ее родственниками в Углич в апреле 1584 г. до своего венчания на царство.

В некоторых сочинениях о Смуте, созданных через много лет после этих событий («Сказание о Гришке Отрепьеве», «Иное Сказание»), появилась версия о том, что Дмитрий был отправлен в Углич из-за происков Б.Ф. Годунова, шурина царя Федора. В «Новом летописце» даже утверждалось, что Нагие были подвергнуты репрессиям, поскольку были обвинены в измене. Их якобы отправили в темницы разных городов. Однако в Разрядных книгах, фиксировавших служебные назначения представителей знати и опалы на них, таких данных нет. По их данным С.Ф. Нагой с сыном Иваном в 1584–1590 гг. служили воеводами Васильсурска; М.А. Нагой был одним из воевод Казани; А.Ф. Нагой являлся воеводой Новосили. В Углич поехали Михаил Федорович, брат царицы, Григорий Федорович, Андрей Александрович и Александр Афанасьевич Нагие.

Можно предположить, что вдова Ивана Грозного Мария Федоровна и окружавшие ее лица не слишком были рады переменам в своей жизни, поскольку переселялись из столицы в небольшой волжский городок. К тому же царь Федор Иванович сразу же объявил, что не считает Дмитрия своим родственником, как незаконнорожденного, и запрещает упоминать его имя в церквах во время молитв за здравие царского семейства. Поэтому некоторые представители знати, связанные с Нагими, попытались выступить в их защиту и склонить на свою сторону москвичей. Зачинщиком волнений стал бывший любимец Ивана Грозного Богдан Вельский. Он был назначен дядькой, воспитателем, царевича Дмитрия и в будущем рассчитывал вновь оказаться у трона, поскольку полагал, что у Федора Ивановича, скорее всего, не будет детей и его наследником вполне может стать последний сын Ивана Грозного.