За свою жизнь Иван Федоров основал четыре типографии: в Москве, в Заблудове, во Львове и в Остроге. История трех из них (кроме Заблудовской) имела продолжение: в них работали ученики и преемники первопечатника, продолжавшие и расширявшие его дело.

После отъезда Ивана Федорова и Петра Мстиславца из Москвы двое учеников первопечатника — Никифор Тарасиев и Андроник Тимофеев Невежа в 1568 году отпечатали на Московском печатном дворе Псалтырь. Следуя традиции Ивана Федорова, они сопроводили издание послесловием, в котором снова рассказали о начале печатного дела на Руси, о том, что Иван Грозный «повеле составите в пресловущем своем граде Москве штанбу, сиречь дело печатных книг», но не осмелились упомянуть имя своего учителя.

После выхода Псалтыри работа типографии замирает на несколько лет.

Около 1577 года Иван Грозный переводит московскую типографию в Александрову слободу. Там на протяжении 1577–1580 годов были выпущены три книги: Псалтырь, Часовник и Евангелие. Известно, что в Александровой слободе работал Андроник Тимофеев Невежа.

В середине 1580-х годов, то есть после смерти Ивана Грозного, типография вернулась в Москву.

Андроник Тимофеев Невежа трудился на Печатном дворе до 1602 года — до самой своей смерти, напечатав не менее шести книг. Затем дело продолжил его сын Иван Андроников Невежин, работавший вместе с другим учеником Ивана Федорова — Анисимом Михайловым Радишевским.

Анисим Радишевский был уроженцем Великого княжества Литовского, образование получил в Острожской академии и выучился печатному делу в Острожской типографии у Ивана Федорова. В 1585–1586 годах он переехал в Москву и поступил работать на Московский печатный двор. Кстати, именно он впервые употребил в применении к московской типографии термин «Печатный двор». В челобитной, поданной царю Федору Иоанновичу, Радишевский жалуется на отсутствие собственного жилья и пишет: «дворишка, государь, у меня нет, маюся на Печатном дворе».

Радишевский прожил долгую жизнь, пережил правление Бориса Годунова, Смутное время, воцарение династии Романовых и скончался в 1631 году. Как и Иван Федоров, он был человеком разнообразных дарований. Кроме печатного дела Радишевский отливал пушки и колокола, был известен как строитель крепостей и гидротехнических сооружений в разных городах Московского царства (в частности, в Калуге он соорудил колодец глубиной в 75 метров), написал «Устав ратных, пушечных и других дел, касающихся до воинской науки» — первую русскую научно-техническую книгу, охватывающую вопросы не только военного дела, но и математики, физики, химии, металлургии. Ему приписывается также «Подлинник о книжном переплете» — руководство по переплетному делу.

Во время Смуты Печатный двор сгорел. «Печатный дом и вся штанба того печатного дела от тех врагов и супостат разорися и огнем пожжена бысть и погибе до конца и не остася ничего же такового орудия», — говорится в «Сказании о изобретении книг печатного дела», написанном в XVII веке. Это сказание — свидетельство того, что Ивана Федорова в Москве не забыли, что, несмотря на долгое замалчивание его имени, всем было известно, что именно он был основоположником печатного дела на Руси. Рассказывая о создании Печатного двора, неизвестный автор «Сказания» пишет, что по повелению царя и митрополита «начаху изыскивати мастеров к тому печатному делу, кто бы смыслен и разумен обрелся к таковому деянию; и обретеся некто хитр, разумен и смышлен к таковому орудию, у Николы Чудотворца Гостунского (иже и ныне зрится тот храм близ двора царева внутри самого града Кремля) диакон званием, Иван Федоров сын, да клеврет его Петр Тимофеев сын Мстиславец, оба искусны таковому хитрому делу».

Восстановленный Печатный двор вновь заработал при Михаиле Романове. В это время издательская и типографская деятельность приобретает широкий размах, Печатный двор превращается в предприятие мануфактурного типа, на котором работает большое количество разнообразных специалистов печатного дела.

По повелению царя Михаила Федоровича на территории Печатного двора начали строить большие и великолепные каменные палаты. На гравюре того времени Печатный двор высок и наряден, украшен островерхими башенками, солнечными часами, а над полукруглой аркой ворот установлены барельефы с изображениями льва и единорога. Впоследствии появление этих животных, часто встречающихся в английской геральдике, связывали с тем, что на Никольской улице жили иностранные послы, в том числе и английские. В действительности же их символика была хорошо известна и на Руси. По средневековым представлениям лев издавна был олицетворением силы, единорог — чести. Кроме того, лев мог означать государственное могущество, единорог — единодержавную власть. Изображение единорога встречается на печати Ивана Грозного.

При Петре I на Московском печатном дворе были напечатаны первая русская газета — «Ведомости», положившая начало нашей периодической печати, и первая книга, набранная гражданским шрифтом — «Геометрия славенски землемерие».

В конце царствования Петра Московский печатный двор был передан Святейшему синоду — организации, управляющей церковными делами — и стал называться Московской синодальной типографией. До 1917 года здесь издавалась богослужебная литература.

При Московском печатном дворе (а затем при Московской синодальной типографии) существовало большое книжное собрание — «книгохранительная палата», в которой находились старинные рукописи и книги, использовавшиеся для редактирования, в том числе и издания Ивана Федорова.

Здание XVII века постепенно ветшало, и в 1810 году его разобрали.

Новое здание было построено в 1814 году по проекту архитектора И. Л. Мироновского. Архитектору удалось создать интересное и необычное сооружение по мотивам предыдущего — с башенками, солнечными часами, львом и единорогом над главным входом.

С 1932 года здесь располагается Историко-архивный институт, который заканчивали многие выдающиеся современные историки, в том числе и те, кто впоследствии занимался исследованиями истории печатного дела в России.

На стене здания, выходящей на Никольскую улицу, установлена мемориальная доска с надписью: «На этом месте находился Печатный двор, где в 1564 году Иван Федоров напечатал первую русскую книгу».

Типография в Остроге после переезда Ивана Федорова во Львов стала работать под руководством члена Острожского научно-просветительского кружка писателя-публициста Василия Сурожского. В послефедоровский период здесь были напечатаны Букварь, Часослов, теоретические труды византийских богословов, ряд сочинений, представляющих собой антикатолическую публицистику.

Интересно, что «Книга о постничестве» Василия Великого, выпущенная в 1594 году, была отпечатана шрифтом, который в Вильне использовал Петр Мстиславец. Можно предположить, что давний друг Ивана Федорова на какое-то время приезжал в Острог или присылал в помощь острожским типографам кого-то из своих учеников.

После принятия унии в 1596 году из Острожской типографии выходят издания, направленные против униатской пропаганды. Авторами этих сочинений были Василий Сурожский, Герасим Смотрицкий, Демьян Наливайко — брат знаменитого Северина Наливайко, возглавившего крестьянско-казацкое восстание на Украине. Понимая, каким мощным оружием в борьбе с навязыванием католицизма было печатное слово, один католический автор писал: «Казак Наливайко убивал тела, <…> поп Наливайко убивал души».

В то время князь Острожский был уже стар и, как он сам полагал, жить ему оставалось недолго. После смерти старого князя Острог должен был перейти к его сыну Янушу — воспитаннику иезуитов и ревностному католику. Желая сохранить типографию, Острожский в 1602 году перевел ее из Острога в Дерманский монастырь. Однако в силу ряда причин организационного характера наладить работу должным образом оказалось затруднительно, и около 1605 года типография была возвращена в Острог.

Князь Константин Острожский умер в 1608 году. Как он и опасался, его сын Януш начал насаждать в своих имениях церковную унию, и типография прекратила свое существование. Однако ее издания получили широкое распространение на обширных территориях и еще долгое время считались образцовыми, не раз переиздаваясь в Московском царстве, на Украине и в Белоруссии.

Типография во Львове в отличие от всех остальных была собственностью самого Ивана Федорова. Прямым наследником первопечатника являлся его сын — Иван Друкаревич. Имеется упоминание и о других детях Ивана Федорова, ко времени его смерти несовершеннолетних (поскольку львовский магистрат официально назначал им опекуна, можно предположить, что они были рождены в законном браке, то есть после отъезда из Москвы Иван Федоров женился вторично), но о них никаких дальнейших сведений нет.

Иван Друкаревич знал и любил книжное дело, но получить отцовское наследство он не смог. Дело в том, что ввиду постоянной нехватки денег Иван Федоров не раз закладывал и типографское оборудование, и часть выпущенных книг. К моменту смерти первопечатника значительная часть типографского имущества находилась в закладе у нескольких ростовщиков.

Типографию решило выкупить Львовское Успенское братство — национально-религиозная общественная организация, в которую входили львовские горожане православного вероисповедания. Вероятно, членом Успенского братства был и Иван Друкаревич. Деятельность братства была направлена на противостояние католической (а затем и униатской) пропаганде и защите православных от притеснений со стороны властей. Братчики основали во Львове православную школу, содержали больницу и хотели иметь собственную типографию. Братчиков поддержал львовский епископ Гедеон Балабан. Он обратился с посланием «ко всему православному христианству», призывая жертвовать деньги на выкуп типографии Ивана Федорова «со всеми належачими штуками».

Деньги были собраны, и типография стала собственностью братства.

Однако вскоре произошел конфликт между братством и Гедеоном Балабаном. Епископ притязал на принадлежавшие братству Онуфриевский и Уневский монастыри. Кроме того, он пытался руководить деятельностью братчиков, тогда как они считали себя подчиненными не епископу, а непосредственно митрополиту. Обе стороны апеллировали к польскому королю, конфликт был решен в пользу братства. Однако в ходе конфликта некоторые особенно активные члены братства пострадали от произвола епископа, в том числе и Иван Друкаревич. Балабан засадил сына первопечатника в яму и, как писали в своей жалобе братчики, «на смерть уморил». Произошло это в конце 1584-го или в начале 1585 года, то есть через год с небольшим после смерти Ивана Федорова.

Братская типография не только использовала типографское оборудование Ивана Федорова, но и опиралось на его опыт. Братство намеревалось издавать книги самого разного содержания, и прежде всего книги, необходимые для школьного обучения. «Купили друкарню той же школе потребную», — говорится в одном из документов. У церковных властей братство просило разрешения «друковати невозбранно священные книги церковные <…>, но и училищу потребные и нужные, сиречь грамматику, пиитику, риторику и философию». Вместе с типографией братство приобрело и книги, напечатанные Иваном Федоровым. К ним относились как к особой ценности. В 1625 году братство, продавая известному культурно-религиозному деятелю Петру Могиле «Апостол», особо оговорило, что эта книга «друку старого Ивана Москвитина».

Ученик Ивана Федорова Гринь после смерти учителя отошел от типографского дела. В одном документе есть упоминание о жившем во Львове художнике Грицко, который был призван к ответу за нарушенное обещание жениться, данное им поповской дочке Химке. Некоторые исследователи предполагают, что упомянутый Грицко и есть непутевый ученик первопечатника.

Типографские материалы Ивана Федорова использовались Львовской братской типографией, а затем и другими украинскими типографиями вплоть до первой четверти XIX века.

В настоящее время многие предприятия и учреждения, связанные с книгоизданием, носят имя Ивана Федорова. Именем первопечатника названа одна из старейших и лучших типографий в России (ныне Издательско-полиграфический холдинг «Иван Федоров») в Санкт-Петербурге, издательско-полиграфический техникум (ныне колледж) носит его же имя, в 2010 году в связи с 80-летием со дня основания имя Ивана Федорова получил Московский государственный университет печати (бывший Полиграфический институт) — крупнейший в стране вуз, готовящий специалистов в области полиграфии и издательского дела. И еще одно свидетельство уважения к памяти первопечатника: в 2009 году Русской православной старообрядческой церковью Иван Федоров был причислен к лику святых, как «Святой праведный диакон Иоанн, словенским книгам печатник». День его памяти 5 декабря по старому стилю.