Наступивший застой не смогло преодолеть даже заключение Парламентской ассамблеи Совета Европы № 193, принятое в начале 1996 г. Вступление России в «советскую Европу» сопровождалось целым списком рекомендаций, в частности, «в кратчайшие сроки возвратить собственность религиозных организаций», независимо от того, у кого на данный момент находилось имущество. Рекомендации ПАСЕ № 1556, принятые весной 2002 г., вновь предлагали странам-участницам гарантировать религиозным организациям реституцию ранее национализированного имущества или выплату справедливой компенсации в определенные сроки.
26 мая 1996 г. Президент подписал федеральный Закон № 54-ФЗ «О музейном фонде Российской Федерации и музеях в Российской Федерации». В понятие «культурные ценности» были включены «предметы религиозного и светского характера», что в законодательстве о культуре было отмечено впервые. Очевидно, это было сделано в качестве определенной уступки церковному сообществу, настаивавшему на возможности передачи предметов культа из музейных коллекций в ведение религиозных организаций. Признавая специфику памятников религиозной культуры, Закон провозгласил статьей 15 неотчуждаемость предметов и коллекций, включенных в состав государственной части музейного фонда, а сами музейные коллекции признал неделимыми. Мера, направленная на сохранение музейного дела и культурных ценностей в России, не была безукоризненной. Понятие неделимости коллекции оказывалось неисторичным. Закон защищал сложившийся status quo, который возник, в частности, в результате расформирования уникальных собраний в церковных и монастырских ризницах и епархиальных древлехранилищах, которые отражали естественный ход сложения русской культуры. Возможность воссоздания таких уникальных комплексов духом Закона не исключалась, но требовала принятия экстраординарных мер. Такие попытки, произошедшие позднее и связанные с Троице-Сергиевой лаврой и Ипатьевским монастырем, сопровождались драматическими ситуациями, разрушением музейных структур и общественной нестабильностью.
6—8 июня 1996 г. в Москве состоялась конференция «Проблемы современной церковной живописи», которая, помимо всего прочего, вновь предложила патриархии создать отдел по вопросам православной культуры с научно-методическим советом в его составе. Новый орган должен был осуществлять надзор за церковным искусством, наблюдение за реставрацией и хранением культурного наследия Церкви и разработку программ преподавания и исследования церковной археологии. Одновременно было принято обращение к Президенту и Госдуме по поводу нового закона о музеях. Это было сделано по инициативе участвовавшего в обсуждении законопроекта протоиерея Александра Салтыкова. Было заявлено, что его текст игнорирует религиозное значение художественных ценностей, что является оскорблением святыни и противоречит закону о свободе совести. Обращение предлагало учитывать насильственный характер формирования фондов после 1918 г. при определении дальнейшей судьбы музейных коллекций. При этом государство должно декларировать право собственности Русской Церкви на все хранящиеся в музеях реликвии. Обращение предлагало дополнить статью 3 нового Закона понятием «религиозные святыни», которые могут быть отчуждены из музейных фондов. Статью 15 также предлагалось существенно изменить: религиозные святыни, изъятые у Церкви, возвращаются в ее собственность, а наиболее ценные из них находятся под наблюдением и охраной государства, которое оказывает Церкви необходимую финансовую поддержку.
Впрочем, закон был уже принят. Сложнее обстояло дело с законом об охране культурного наследия. До 2002 г. в стране оставался в силе Закон РСФСР от 15 декабря 1978 г. «Об охране и использовании памятников истории и культуры» и документы Совмина СССР «Положение об охране и использовании памятников истории и культуры», утвержденное постановлением от 16 сентября 1982 г., и «Инструкция о порядке учета, обеспечения сохранности, содержания, использования и реставрации недвижимых памятников истории и культуры» от 13 мая 1986 г. Новый закон с апреля 1996 г. готовился рабочей комиссией Госдумы под руководством Тамары Гудима и Алексея Комеча. Однако к октябрю вновь дала себя знать практика блокировки закона с помощью альтернативного варианта, предложенного на сей раз петербургскими депутатами. Закон был снова снят с рассмотрения, а в декабре 1996 г. была создан новый коллектив для составления консолидированного проекта.
26 декабря 1997 г. проект федерального Закона «Об объектах культурного наследия (памятниках истории и культуры) народов Российской Федерации» был принят Думой в первом чтении. На представлении закона Т. Гудима отмечала, что депутатам известны крайне тревожные факты о варварской «реставрации» переданных патриархии памятников. На вопрос депутата фракции «Наш дом — Россия» Г. Волкова, не ужесточит ли закон возможность передачи храмов церкви, она отметила, что ограничения в этой области должны существовать, особенно в связи со зданиями, где располагаются учреждения культуры. Дума рекомендовала не стимулировать искусственно уже начавшийся процесс. Ее поддержал и депутат от КПРФ бывший министр культуры СССР Н. Губенко, сославшийся на заверения патриарха Алексия (Ридигера) о том, что у церкви недостаточно средств для возвращения всех полуразрушенных культовых объектов.
Второе чтение состоялось 20 мая 1999 г. Т. Гудима отметила активность представителей патриархии в рабочей группе, при этом в проект было включено до 80 % предложенных ими поправок. Этот вариант предполагал активное участие религиозных организаций в составлении федеральных целевых программ, а также содержал положение о передаче культовых объектов в пользование или собственность только религиозным организациям. Было подробно прописано участие религиозных организаций в охране духовного наследия. Однако законопроект был по требованию правительства снят из-за проблем процедурного характера и возвращен в стадию первого чтения в сентябре 1999 г. Принятие закона в 2002 г. было заслугой уже третьей Думы.
Тем временем архиерейский собор 1997 г., вопреки обыкновению, уделил значительно меньше внимания проблеме возвращения культурных ценностей, сделав акцент на их охране и учете. Это предполагалось осуществить за счет тесных контактов с МВД, Управлением вневедомственной охраны и Главным управлением уголовного розыска, которые никак не могли получить от патриархии опись всех церковных ценностей на случай похищения. Тема отсутствия среди духовенства подлинной церковной культуры, меры и вкуса в вопросах реставрации, что оказывает негативное влияние на внутренний духовный мир верующих и вызывает нарекания специалистов, прозвучала из уст патриарха Алексия (Ридигера) на епархиальном собрании в 1996 г. Впоследствии он к этой теме не возвращался. Очевидно, она считалась исчерпанной.
15 апреля 1997 г. министр культуры Е. Сидоров издал приказ № 253 «Об утверждении и введении в действие типовых форм документов, обеспечивающих сохранность памятников религиозного назначения». Сами формы были разработаны в соответствии с решением правительственной Комиссии по вопросам религиозных объединений 24 апреля 1996 г. и соответствовали пожеланиям архиерейского собора Русской церкви 1994 г. Нормы, содержащие требования к охране памятников, существенно не изменились, однако тексты договоров были приведены в соответствие с существующим разнообразием форм использования культовых памятников. Появились договор и обязательство о сохранности и использовании недвижимого памятника истории и культуры религиозного назначения, а также соглашение о совместном использовании памятника истории и культуры религиозного назначения. К документам прилагались акт технического состояния и перечень ремонтно-реставрационных работ, согласованный обеими сторонами. Пользователь был обязан содержать памятник в надлежащем состоянии и нести соответствующие расходы, не допускать пристроек и не возводить зданий на его территории без согласования с госорганом, не производить переделок здания, его конструктивных и декоративных элементов как в экстерьере, так и в интерьере, допускать в здание памятника и на его территорию, при соблюдении конфессиональных правил, представителей госоргана для проверки и исследований. Госорган был обязан осуществлять финансовую поддержку по реставрации памятника, принимать на себя функции государственного заказчика на выполнение ремонтно-реставрационных работ, выдавать задание на проектирование и техническую документацию. Специально отмечалось, что религиозное объединение не несет ответственности за ущерб, причиненный памятнику в процессе ремонтно-реставрационных работ при соблюдении с его стороны условий договора. Если договор заключался общиной, являвшейся пользователем памятника, то обязательство предназначалось для собственника храмового здания. При идентичности прочих условий, в данном случае госорган не выступал в роли государственного заказчика при производстве работ. Совместное использование предусматривало распределение обязанностей по содержанию памятника, а двустороннее соглашение рассматривалось как необходимое приложение к договору. Как договор, так и обязательство содержали предписание, заключающееся в необходимости восстановления прежнего вида памятника в случае причинения ему вреда.
Несмотря на установившееся в целом затишье в области возвращения памятников православной культуры религиозным организациям, в этот период произошло несколько достаточно острых конфликтов. На VII Рождественских образовательных чтениях 1999 г. вновь обсуждалась проблема возвращения Церкви культурных ценностей. В рамках этого мероприятия 27 января проходила конференция «Христианство и культура». Священник Борис Михайлов говорил о хранящихся в запасниках музеев 60 000 икон, среди которых есть и чудотворные образа. В условиях нехватки икон во вновь открывающихся храмах такая ситуация представлялась ему недопустимой, тем более что передаваемые Церкви иконы оказываются у нее в пользовании, а не в собственности. Досталось и бывшим коллегам по цеху: «Непонимание значения иконы как святыни есть культурная поврежденность деятелей культуры». Чуть позже, выступая 1 апреля 1999 г. на «Радио Свобода», директор Эрмитажа Михаил Пиотровский говорил о том, что церковные ценности, находящиеся в фондах музея, принадлежат государству на 99 %, поскольку искусство есть достояние народа, а не конфессии. Касаясь, в частности, вопроса передачи петербургской епархии серебряной раки св. князя Александра Невского, изготовленной в XVIII в., он говорил о возможности изготовления за государственный счет соответствующей копии и установки ее в Троицком соборе.
Новые проблемы возникли во Владимире. Требования Церкви, по мнению директора музея Алисы Аксеновой, поставили под угрозу целостность заповедника. Музей уже демонтировал в храмах экспозиции, не имеющие отношения к церковной культуре, в частности, Музей хрусталя в Троицкой церкви. Всего заповедник передал приходам 16 храмовых зданий. Была передана и часть фондов, в том числе 300 икон для богослужебных целей. Для музея ситуация осложнялась тем, что во Владимирской области, кроме патриархии, действовала Российская Православная автономная церковь. С каждой из двух ветвей Российского Православия нужно было найти свою линию взаимоотношений. Однако общины, по мнению директора, пока не пришли к пониманию того, что памятники надо уметь хранить. Так, имела место попытка несанкционированно возвести алтарную преграду в храме Покрова на Нерли (XII в.). В Покровский монастырь был передан иконостас XVII в., и, несмотря на просьбы музея позволить продолжить наблюдение за его состоянием, монахини не допускали профессионалов к осмотру.
Особое внимание привлек вопрос о реструктуризации Сергиево-Посадского музея-заповедника и вывода его с территории Троицкой лавры. События, ожидаемые со времени президентского распоряжения в октябре 1992 г., стали активно развиваться с лета 1997 г. Основным решением проблемы стала идея создания Музея православной культуры на основе части коллекций заповедника. В феврале 1998 г. президиум Российского комитета Международного совета музеев обратился к Президенту с протестом против планов расчленения российской культуры на светскую и церковную. 23 августа 1998 г., выступая на праздновании 600-летия Саввино-Сторожевского монастыря, патриарх Алексий (Ридигер) утверждал, что в России «нет двух культур, у нас единая культура неразделимая — духовная и светская». Именно в это время, в качестве акции, рассчитанной на общественный резонанс, были внесены изменения в структуру епархиального совета Москвы. В июне 1998 г. здесь была создана Искусствоведческая и архитектурная комиссия во главе с протоиереем Владимиром Силовьевым. В ее задачи входили контроль над привлечением к реставрации и строительству храмов квалифицированных работников, знакомых с канонами церковной живописи, рецензия предлагаемых иконографических программ, а также выработка предложений относительно мест строительства новых храмов.
После активных переговоров летом 1998 г. о судьбе лаврской ризницы в прессе появилась информация о том, что вице-премьер Валентина Матвиенко поручила Минкультуры подготовить проект передачи 27 000 единиц хранения Сергиево-Посадского музея в фонды нового государственного Музея православной культуры. В «Известиях» со статьей, получившей редакционное название «Музей принадлежит народу, а не патриархии», выступили Герольд Вздорнов и Валентин Янин. Первый и являлся автором текста. Основной претензией к проекту была планируемая передача патриархии в бессрочное и безвозмездное пользование наиболее ценной части коллекции государственного музея. Предложение передать ризницу в ведение церкви расценивалось как «разбазаривание» золотого запаса страны в пользу общественной неподконтрольной государству организации. К тому же предстоящий акт рассматривался как стремление заполнить идеологический вакуум и средство клерикализации общества, которое тянут «в православие», в то время как «в цивилизованных странах вера и религия теряют свою прежнюю привлекательность». Проблему предлагалось решить, объединив усилия государственных музеев и церковных организаций в восстановлении целостности русской культуры. В этих условиях экспозиция государственного музея стала бы осмысленной составляющей православного монастыря. Письмо заканчивалось призывом к синоду и патриарху не разрушать сложившиеся музейные структуры, предпочесть общенациональные потребности конфессиональным интересам и создать Музей православной культуры при храме Христа-Спасителя. Одновременно в прессе прозвучала критическая оценка опыта домового храма Третьяковской галереи. По мнению автора статьи, искусственность этого новообразования, стремящегося оградить музей от притязаний клерикалов, не избавила общество от потенциальных конфликтов, поскольку стремление патриархии заполучить образ в безраздельное пользование сохраняется, а посетителю музея навязывается клерикальное восприятие церковного искусства.
В результате подготовленные документы для создания государственного учреждения культуры Музей «Троице-Сергиева лавра», директором которого действительно должен был стать лаврский наместник, так и не были утверждены. В 2000 г. ввиду правовой и организационной невозможности создания подобного церковно-государственного музея, был найден новый компромисс, выделивший лаврскую ризницу и коллекцию древнерусской иконописи в самостоятельный отдел — филиал государственного музея-заповедника во главе с наместником. Прочие экспозиции и помещения музея оттуда были выведены.
Параллельно разворачивался и нарастал конфликт между некоторыми представителями московского духовенства и Центральным музеем древнерусской культуры прп. Андрея Рублева, где часть церковной интеллигенции планировала создать свой альтернативный Музей православной культуры. Очередной виток противостояния был связан с возвращения коллекции икон Сергею Григорьянцу, который был осужден в советское время как диссидент. В результате у него был конфискован ряд храмовых икон, переданных в 1977 г. в музей. 25 февраля 1997 г. Бабушкинский межмуниципальный суд Москвы вынес решение вернуть иконы их бывшему владельцу. Директор музея исполнил решение суда, что вызвало возмущение околоцерковной общественности, обратившейся в прокуратуру.
Именно в это время в свет вышло уникальное издание «Сохранение памятников церковной старины в России XVIII—начала XX в.» Сборник документов был подготовлен в ГосНИИ реставрации коллективом, в который входили В. Дедюхина, С. Масленицина, Л. Шестопалова, Л. Лифшиц и Н. Потапова. Книга предоставляла читателю возможность ознакомиться с 218 документами 1720—1918 гг. Собранный материал был призван убедить православные общины бережно, в соответствии с предшествующей традицией, относиться к памятникам старины, оказавшимся у них в литургическом обиходе, и дать в руки реставраторам и искусствоведам аргументы для церковно-общественного диалога. Авторы сопроводительной статьи писали, что сегодня обществу и Церкви надлежит вновь начать трудный путь, который однажды уже был пройден в России, и постараться избежать на нем новых потерь.
В августе 1999 г., перед совместной поездкой с патриархом Алексием (Ридигером) на Валаам, новый министр культуры Владимир Егоров в одном из интерьвю назвал себя сторонником деликатного подхода к проблемам церковно-музейных отношений. Он отметил особенность нынешнего противостояния: стороны обязательно хотят выиграть, но это поле культуры, а не футбольное поле. В. Егоров подчеркнул неоднородность культурного поля патриархии: если в Москве есть понимание того, что ежедневная эксплуатация храмов Московского Кремля ведет к их разрушению, то во Владимире настаивают на каждодневном богослужении в полном объеме. К сожалению, говорил он, даже образованное духовенство считает, что обрядовые предметы могут использоваться только для богослужения и музеефикации не подлежат. Он положительно оценил инициативу Вологодского музея по созданию иконных копий и передаче их церкви, поскольку после освящения «новоделов» их литургическая ценность равнозначна подлинникам. Министр пообещал, что, насколько хватит сил, он будет поддерживать взаимоприемлемые решения, учитывающие права и интересы каждой из сторон. Вскоре он был смещен. Другие знали, чьи интересы и права должны учитываться в первую очередь... В феврале 2000 г. и. о. Президента РФ Владимир Путин назначил министром культуры председателя ВГТРК Михаила Швыдкого.