Судьба русского государства в те годы решалась на крутых поворотах, как и собственная судьба Филарета. Он понимал это и был готов к любому исходу событий. Но размах смуты был непредсказуем и грозен.

Филарета успокаивало то, что старания царя Василия — погасить смуту — приводили к противоположным результатам. Ни царские грамоты, ни посольство митрополита Пафнутия в очаг бунта — Северскую землю, ни письма царицы Марфы о смерти её сына не имели успеха. Кровопролитие стало неизбежным. Царские войска осадили Елец и Кромы. Но победа была на стороне Болотникова. Разбив царское войско, он шёл впереди мятежников, восстанавливая державу для нового самозванца, сведения о котором были самыми туманными.

Ближайшие к Москве города — Тула, Калуга, Кашира, а затем и Рязань — присоединились к бунту. Осуждая москвитян за убийство «Димитрия», это новое войско со своими предводителями — Истомой Пашковым, Прокопием Ляпуновым и Григорием Сунбуловым — жестоко расправлялось со сторонниками царя Василия, не желавшими нарушать присягу. На Северной Украине мятежники опустошали сёла и деревни, грабили церкви. С неимоверной быстротой пламя восстания охватывало всё новые земли; Вязьма и Смоленск, Дорогобуж и Старица, чтобы спастись от ярости бунтовщиков, вынуждены были встать на сторону «Димитрия».

Положение Василия было тяжёлым: у него не было ни казны, разграбленной первым самозванцем, ни искусных военачальников.

Царь делал всё, что мог. Он выслал против мятежников новое войско и одновременно приказал перенести тела Бориса Годунова, его жены и сына в Троице-Сергиеву лавру. Этим он хотел вызвать жалость к убиенным и ненависть к их убийцам. Мало кто знал, что убийцы Годуновых изменили царю Василию и перешли на сторону мятежников.

Неудачи преследовали Василия. Болотников, соединившись с Ляпуновым и Пашковым, вновь разбил царское войско и в начале октября стал под Москвой в селе Коломенском. В столице появились грамоты Болотникова с воззваниями к беднейшему люду.

Царь Василий с присущей ему твёрдостью духа приказал строить укрепления и готовиться к защите города. Его неустрашимость передалась народу.

Среди мятежников началось брожение. Ляпунов, Сунбулов, стыдясь быть сторонниками бродяг, первыми явились к царю с повинной. Василий, стараясь избегнуть нового кровопролития, торжественно предлагал милость и остальным участникам мятежа. Болотников отвечал: «Я клялся Димитрию умереть за него и сдержу слово: буду в Москве не изменником, а победителем», — однако был разбит двадцатилетним князем Скопиным-Шуйским и бежал в Калугу. Неудачная осада этого города царскими войсками продолжалась четыре месяца.

Духовенство предало анафеме Болотникова и других мятежников. Раньше Василий не хотел этого, он жил ожиданием их раскаяния, но бунтовщики не раскаялись, и 21 мая 1607 года Василий сам повёл войско. Он целовал крест и объявил, что вернётся в Москву лишь победителем. Он одержал победу.

Между тем среди мятежников усиливался ропот возмущения: «Где же тот, за кого умираем? Где Димитрий?» И Шаховской, и Болотников клялись, что «царь» в Литве, и писали друзьям Мнишека, требуя от них какого-нибудь Димитрия или войско.

Призыв Болотникова и Шаховского «прислать какого-нибудь Димитрия» вызвал ответную волну. На Руси за удивительно короткий срок появилось невиданное количество лжецаревичей. Особенно много объявилось никогда не существовавших «сыновей царя Фёдора»: Фёдор, Клементий, Савелий, Брошка — и это далеко не всё! В конце концов в Польше нашли бродягу — то ли поповича, то ли сына служилого человека, вошедшего в историю как Тушинский вор, или просто Вор.

Подобно первому «Димитрию», второй свободно говорил по-польски, знал Священное Писание, но наружностью и характером отличался от первого самозванца. Надо ли, однако, удивляться, что сторонники смуты, знавшие первого самозванца, приветствовали второго «Димитрия», хотя и видели его несходство с первым. С большим усердием они славили его как царя истинного. Одних побуждала к этому склонность к мятежу и желание получить свои выгоды, других — ненависть к царю Василию.

К счастью, бунт не обрёл той силы, на которую рассчитывали мятежники. Удача отвернулась от них. Угроза голода и затопления, а также надежда на помилование вынудили главных бунтовщиков — Шаховского, Болотникова и Телятевского — сдать Тулу царю Василию. Москва встречала победителей торжественно, как некогда Грозного после завоевания Казани. Огорчённый славой царя Василия и его успехами, Филарет не стал дожидаться его возвращения в Москву и выехал в Ростов.

Тем временем новый «Димитрий» вынашивал планы осады Москвы. Зиму 1608 года он провёл в Орле, где значительно укрепил своё войско за счёт поляков, беглых холопов и казаков. 1 июня 1608 года он был уже в двенадцати километрах от Москвы, в Тушине, начал строить укрепления: окружил Тушино валом и глубоким рвом.

Зима и весна наступившего года были тяжёлыми для царя Василия — это было время заговоров и предательства со стороны знатнейших вельмож. Измена зрела и в самих царских войсках, и в столице. Царь не хотел сражений, кровопролития, он надеялся на возможность переговоров как с тушинцами, так и с поляками.

Марина Мнишек с отцом получила позволение выехать в Польшу, обязуясь впредь, «не именоваться и не писаться московскою царицей». Также и её отец должен был, в свою очередь, «не называть нового обманщика своим зятем и не выдавать за него своей дочери».

Царь Василий свято верил в нерушимость крестного целования и силу договоров, повторив ошибку Бориса Годунова. Ныне никто не верил договорам и не соблюдал их.

Пан Мнишек нарушил данное русскому царю слово, и его дочь Марина с небывалой торжественностью въехала в тушинский лагерь. Марина при виде «спасённого супруга» проявила столько чувства, столько нежности, так искусна была игра этой честолюбивой и властолюбивой женщины, что у многих, присутствующих при их встрече, выступили слёзы умиления. Если же кто-то и догадывался, что это была лишь игра, что из того? Корыстолюбие Юрия Мнишека было удовлетворено записью, по которой «Димитрий» после восшествия на престол обещал ему 300 тысяч рублей и владение 14 городами Северского княжества.

Приезд Марины существенно укрепил позиции нового самозванца. Начался массовый побег в Тушино московских изменников, людей знатнейших фамилий, среди которых были и родственники Филарета — Черкасский, Алексей Сицкий.

В те дни появилось и расхожее слово «перелёт». Так называли тех, кто, целовав крест царю Василию, уходил в Тушино и целовал крест новому самозванцу — Тушинскому вору. Взяв у него жалованье, они возвращались в Москву, однако, получив награду, снова бежали в Тушино за жалованьем.

Всё это свидетельствовало о падении нравов. Мошенничество набирало силу и становилось бытовым явлением. Тех, кто пытался осудить жуликов-перелётов, называли доносчиками. Создавались целые сообщества мошенников, а на сообщество как найти управу? Измена родине возводилась в ранг добродетели.

Царь Василий видел, что за этими процессами в русском государстве внимательно следили поляки, и враги отечества всегда найдут у них поддержку. В Москве один за другим составлялись заговоры против царя. Это воодушевляло поляков. Литовский магнат Ян-Пётр Сапега, двоюродный брат Льва Сапеги, вместе с польским полковником Лисовским осаждали Троицкий монастырь, но безуспешно. Царь Василий добивался, чтобы поляки добровольно покинули Тушинского вора. Он стремился раздробить силы противника, но в конечном итоге вынужден был прибегнуть к помощи шведов, Он заключил договор с Карлом IX, который обещал помочь наёмным войском.

Времени для ожидания не было: неприятельские дружины уже подъезжали к московским стенам.

...В те дни Филарета не покидала тревога за жену и детей. Поэтому, когда вошедший служка доложил о приезде его супруги Марфы, он изменился в лице, не сомневаясь, что случилась какая-то беда, и успокоился, только когда увидел безмятежное лицо жены, важной поступью вошедшей к нему. На ней был обычный монашеский наряд, но на плечи была наброшена дорогая соболья накидка.

Сидевший перед Филаретом архимандрит поднялся и удалился из митрополичьей палаты.

   — Садись, Марфа, — потеплевшим голосом произнёс Филарет. — Как дети? Здоровы ли?

   — Здоровы, владыка. Скучают по тебе, батюшка.

   — Как Мишатка? Не велел ли мне чего передать? Может, поклон?

Филарет не ожидал ответа, ибо Мишатка был не по летам тих и смирен.

   — Как же! И поклон, и наказ тебе передавал, — ласково усмехаясь, ответила мать. — Говорил, передай-де батюшке, чтобы шашку прислал: пойду войной на царя Василия.

Филарет смятенно оглянулся, словно бы их подслушивали.

   — Ты гляди, Марфа, как бы Мишатка на людях не сказал ничего лишнего.

Помолчав, он спросил:

   — Как родичи наши, князь Черкасский, князь Сицкий?

   — Али не догадываешься? Родичи наши там...

Марфа что-то рассказывала, но Филарет сумрачно молчал. Он был далёк от осуждения крамольных князей, но их отъезд в Тушино был грозным предостережением ему самому.

Устроив Марфу на ночлег в одном из монастырей, Филарет не мог уснуть всю ночь. Он думал о судьбе, которая грозила неведомо чем ему и его семье. Всё казалось непредсказуемым и пугающе опасным. Тревожила и сама Марфа. В ней постепенно проявлялось что-то чуждое ему, что-то не по-женски решительное. И черты лица её огрубели, и тяжелее стал нрав. Филарету было неловко оттого, что, войдя в митрополичью палату, она не поклонилась архимандриту, чем смутила старика. Как всё это отзовётся на их дальнейшей жизни?

Все последующие дни Филарета не покидала тревога. Вскоре после отъезда Марфы ему приснился знаменательный сон. Увидел он скачущего рыжего коня и на нём всадника, услышал голос: «Иди и смотри!» Филарет подумал, что эти слова сказаны в «Откровении святого Иоанна Богослова», и дрожь не то страха, не то восторга охватила его. Голос снова повелел: «Иди и смотри!»

Он понял, что голос повелевал именно ему, Филарету: «Иди и смотри!» Позже он много размышлял об этом сне, стараясь понять его пророческий смысл.

Проснувшись, Филарет узнал о том, что тушинцы движутся к Ростову.