С момента нашествия тушинцев на Ростов началась новая страница в судьбе Филарета.

Не сумев одним ударом взять Москву и начав безуспешную осаду Троице-Сергиевой лавры, Лжедимитрий решил действовать против городов, находящихся недалеко от Москвы. Первым изменил законному царю, став на сторону самозванца, Суздаль, жители же Переславля даже вышли навстречу мятежникам с хлебом-солью и приняли их как дорогих гостей. Переславцы соединились с тушинцами и поляками и под предводительством Яна-Петра Сапеги пошли к Ростову.

Осень 1608 года выдалась в Ростове на удивление тихая, сухая и тёплая. Золотые купола церквей и монастырей, отражающиеся в голубой воде озера Неро, синее небо. Спокойная, привычная красота великого и богатого города. В былые времена он, как сказочная птица Феникс, не раз поднимался из пепла. Удивительно ли, что племянник татарского царя Берке, приехав в Ростов и попав в церковь, «украшенну златом и жемчугом, и драгим камением, аки невесту украшенну», был так потрясён этим великолепием, что тут же принял православие и был наречён Петром!

Но как изменился город за последнее время! Казалось бы, жизнь идёт по-прежнему, но ростовчане жили в тягостном ожидании чего-то, и этот отпечаток надвигающейся и неизбежной беды как бы лежал на их лицах. Тревожный звон колоколов не раз собирал жителей на площадях. Никто толком ничего не знал, но слухи пугали, и страх постепенно наполнял души.

В этот роковой октябрьский день звонили колокола всех ростовских церквей. Вести оказались действительно пугающими. Тушинцы подходили к Ростову. Что делать? Как защитить город? Люди бросились к митрополичьему двору. Раздавались голоса:

   — И Суздаль, и Переславль сдали!

   — И нам надо за ними!

   — Да и чем воевать-то? И как с этой силищей совладать?

   — Путь на Ярославль свободен, бежать бы туда!

Вперёд вышел воевода Третьяк Сеитов.

   — У них сила, и у нас есть сила! Стрельцы да ратные люди — это же немало! Коли и вы встанете на защиту родного города — одолеем и тушинцев, и переславцев!

Сеитов хотел воодушевить народ. Он понимал, что с такими воинами, как у него, не выстоять против казаков, с детства привыкших к оружию. У Ростова не было крепких стен, и встретиться с тушинцами придётся в открытом поле. Как ему выдержать?

Видя всеобщее смущение, Филарет сказал:

   — Православные! Неужто всё, что дорого вам, вы унесёте с собой — и храмы, и иконы, и мощи святых мучеников? Вспомните тех, кто погиб за отечество своё, за город свой. Или, как переславцы, хотите выйти навстречу ворогам как дорогим гостям и попросить: разоряйте добро наше да только пощадите нас, робких да смиренных?

Оглядев притихшую толпу суровым взглядом, Филарет гневно продолжал:

   — Помните, что смерть за отечество лучше жизни срамной. Бегите, но нет вам на то моего благословения! Я не пойду за вами. На всё есть воля Господа!

Спокойный уверенный голос митрополита произвёл сильное впечатление на толпу. Снова заговорил воевода:

   — Хотите бежать — ступайте, путь свободен. А я, как и отец митрополит, здесь останусь, где жил. Здесь, коли Бог повелит, и голову сложу. Кто же хочет остаться верным присяге и царю Василию и с нами быть — выходи, записывайся да крест целуй, что не выдашь нашего дела. Оружия, копий, бердышей на всех хватит, и сабли, и мечи найдутся.

Воинственный настрой охватил горожан. Были образованы два отряда числом до трёх тысяч человек. Они мужественно сражались с мятежниками, но были разбиты. Силы были неравными. Лишь небольшой части ростовчан, измученной и изнурённой, во главе с воеводой Сеитовым удалось вернуться в Ростов, где они продолжали упорно обороняться, но были буквально сметены численностью врага. Только одолев этих стойких защитников, тушинцы начали грабить город. Они врывались в церкви, которые были на их пути.

Филарет в полном митрополичьем облачении, с крестом в руках, окружённый клиром, стоял в Успенском соборе. Здесь же находились горожане, подавленные предстоящей бедой. Все исповедались, причастились и ждали...

Филарет передал посох протопопу Савватию, приблизился к мощам святого Леонтия, облобызал их и коленопреклонённо им поклонился. Народ благоговейно следил за ним, и Филарету почудилось, что в соборной тишине раздался подобный шёпоту голос:

   — Иди и смотри!

Прошептав слова молитвы, Филарет вместе с клиром двинулся к потайному выходу. Но тут случилась досадная неожиданность. К Филарету приблизился безумный старец и, указывая не него перстом, произнёс:

   — Сей ложный духовный пастырь задумал впустить в святой храм волков губительных.

Протопоп строго остановил его:

   — Пошто хулу глаголешь на владыку?

Но безумный старик продолжал что-то кричать. Слова его будто толкали Филарета в спину, и он невольно прибавлял шаг. Когда Филарет вышел к соборной площади, мятежники готовились к приступу Успенского собора.

Филарет подумал в эту минуту, что три с половиной века тому назад Батый пощадил Ростов. Что же ждать от христианина-католика Сапеги и своих же православных? Филарет неоднократно слышал, как свирепствовали тушинцы, как они пытали пленников, как не гнушались ни осквернением святых церквей, ни поруганием священного сана. Теперь злодеи перед ним, обрызганные кровью, готовые ворваться в главный ростовский собор.

   — Остановитесь, или Божий гнев падёт на вашу голову! Вы призвали три казни, возвещённые от Бога: голод, мор и войну. Пошто предаёте смерти людей без вины? Своим мятежным приходом вы делаете Богу досаду. Или вы не христиане, что чините тесноту и обиду многим православным людям?

К Филарету приблизился Ян-Пётр Сапега, которого митрополит видел впервые. Он не был похож на своего двоюродного брата, но Филарет слышал, что отряд мятежников привёл он. Лицо у него опухло от постоянного пьянства, о нём говорили: «Вечно пьяный Сапега». Не надо было особенно вглядываться в этого человека, чтобы понять, что для него нет ничего святого.

   — Тебе, Филарет, мы тесноту чинить не станем. Нам ведомо, что ваш государь Димитрий изволит пожаловать тебя новым духовным чином. Мы возьмём в заложники чернецов твоих!

Взглянув на протопопа Савватия, Сапега добавил:

   — И бельца этого. Мы представим их в Сергиевой лавре, дабы обменять на наших храбрых воинов, попавших в плен к чёрным вранам. А ты, митрополит, вели открыть нам двери собора.

Неожиданно послышался громовой голос протопопа Савватия:

   — Изыдите, окаянные! Устыдитесь, дабы не бесчестить Божий храм, где положены мощи святого Леонтия! Бог поругаем не бывает!

Это были его последние слова. Убив Савватия, мятежники сбили запоры и ворвались в собор.

Меньше чем через час всё было кончено. Горы трупов наполнили святое место. Тех, кого могли увести, угнали в Тушино. Храм был разграблен. Богатые, шитые золотом облачения, золотые ризы, кадила, митрополичий крест — всё было унесено и разделено между мятежниками.

С Филарета сорвали святительские ризы и как узника, босого, в татарской шапке, повезли в Тушино.