С польским пленом для Филарета начались годы тяжких испытаний. Одиночество и неизвестность по поводу сына Михаила — тревога о нём была более острой и мучительной, чем в годы монастырского заточения на севере под Холмогорами. Сугубая опасность для сына была в том, что патриарх Гермоген счёл его достойным русского престола.

Страх Филарета усилился, когда он узнал, что после победного вступления в Москву ополченцев Минина и Пожарского было принято соборное решение об избрании на царство его сына Михаила. Всё ли было правдой в тех слухах — Филарет не ведал.

Поляки обвиняли его в том, что им нарушена клятва. Он-де целовал крест на верность королевичу Владиславу, а сам всеми силами способствовал утверждению сына на царстве; из-под Смоленска, где обещал провести обряд крещения польского королевича, он-де писал смутные грамоты в разные города против Сигизмунда. Во всём ростовский митрополит королевичу Владиславу «неправду и измену учинил».

На эти упрёки поляков в «измене» Филарета бояре отвечали: «Если бы митрополит Филарет государство сыну своему подыскивал, то в то время, как мы, бояре, с гетманом Жолкевским договаривались, он бы дело портил и на то не производил, потому что он был тогда в Москве самою большою властью под патриархом, а братья его и племянники — бояре большие же, и в послах к государю вашему он бы не пошёл, и сына своего в Москве с вашими людьми не оставил».

Филарет справедливо опасался, что поляки посадят его в тюрьму. Этого боялись и бояре: «У вас наши не пленники, но послы, митрополит Филарет и князь Голицын, разлучены, по разным местам сидят в темницах; а у нас пленники ваши, Струсь с товарищами, живут в Москве, дворы им даны добрые, пищу и питьё получают достаточно, людям их вольно ходить по делам господским, скудости и тесноты нет никакой».

Вскоре в Польшу прибыл посол Желябужский. В беседе с ним в присутствии Сапеги Филарет был осторожен. Он спросил посла:

   — Как Бог милует сына моего?

   — Государь в добром здоровье.

   — Не гораздо вы сделали, что послали меня от всего Московского Российского государства с наказом к Жигимонту-королю просить сына его, Владислава-королевича, на наше государство государем; я до сих пор делаю во всём правду, а после меня выбрали на Московское государство государем сына моего, Михаила Фёдоровича; и вы в том передо мною неправы: ежели вы хотели выбирать государя, то можно было не только моего сына, а вы это теперь сделали без моего ведома.

Тревожась за будущее, Филарет радовался счастливой звезде сына, которая хранила от смертельной опасности и в период опалы на Романовых, когда погибли многие и старшие, и сильные представители этой семьи, и в смутное время разгрома Ростова Тушинским вором, и во время страшного пожара в Москве 19-20 марта 1611 года, когда Михаил с матерью находились в Кремле, и в ту пору, когда считавший себя московским царём королевич Владислав стоял под стенами Москвы и бои шли уже в самой столице.

Сам Господь оберегал от опасностей его сына, который не искал трона, не был к нему подготовлен и не приложил никаких усилий, чтобы его занять. Всё в его жизни решалось за него Небесными силами.

Избрание первого из Романовых — Михаила Фёдоровича — это своеобразный прецедент в мировой истории. Где, в какие века, в какой стране случалось такое, что из двух представителей одной семьи, соединённых самыми близкими, кровными узами, младший, сын, зван на царство, а отец — пленник в чужой стране, пленник короля, сына которого он обязан был крестить в православную веру и привезти государем в собственную страну, и оба, и отец и сын, крест на том целовали.

Можно неоднократно задавать один и тот же вопрос, почему избрали именно Михаила Романова, пусть связанного родственными узами с предыдущей династией, но в свои семнадцать лет ничем не примечательного? Почему он, тихий, покорный чужой воле — особенно материнской, начисто лишённый честолюбия, удержался на троне в тяжелейшую для Руси эпоху (польская интервенция, шведская оккупация, восстание Заруцкого на юге)? Ведь в подобных условиях зашатался трон и Годунова, и Василия Шуйского.

Филарет-отец не без оснований опасался за сына. Для семнадцатилетнего юноши сам факт избрания был полной неожиданностью. Боязнь, испуг, страх переполняли его робкую душу. Позлее Филарет с гордостью узнал о достойном и твёрдом слове своего сына. С «великим гневом и плачем» ответил он послам Земского собора: «Отец мой, митрополит Филарет, теперь у короля в Литве в большом утеснении, и как сведает король, что на Московском государстве учинился сын митрополита, то сейчас же велит сделать над ним какое-нибудь зло. Без благословения отца моего мне на Московском государстве быть нельзя».

В Варшаве Филарет жил у Сапеги, непримиримого врага русского государства, и именно в его доме проходили все встречи митрополита с посланцами сына-царя. Прочитав послание Михаила, Филарет спросил:

   — Вы подлинно говорите, что сын мой учинился у вас государем не по своему хотению, а изволением Божиим да вашим принуждением?

Посол вежливо ответил на это:

   — Сделалось то волей Божией, а не хотением сына твоего.

Филарет помолчал немного, затем, обратившись к Сапеге и присутствующим в комнате полякам, сказал:

   — Как было то сделать сыну моему? Остался сын от меня молодым, всего шестнадцати лет, и без семьи: нас только и осталось — я здесь да один брат мой в Москве, Иван Никитич.

Сапега вытерпел всю эту сцену, но под конец, не выдержав, ответил грубо, хотя в его словах всё же была доля правды:

   — Посадили сына твоего на Московское государство одни казаки-донцы.

Слушать такое не пристало московскому послу, особенно в присутствии отца русского государя:

   — Что ты, пан канцлер, такое слово говоришь! То сделалось волей и хотением Бога нашего. Бог послал своего святого духа в сердца всех людей.

Но Лев Сапега не был бы Львом Сапегой, если бы язвительно не добавил:

   — Ещё где-то у вас ненастоящий государь! Два у вас государя — один на Москве, а другой здесь — Владислав-королевич: ему вы все крест целовали.

Последовало тягостное молчание. Его прервал пан Олешинский:

   — Весной пойдёт к Москве королевич Владислав, а с ним мы все пойдём Речью Посполитой. Королевич сделает вашего митрополита патриархом, а сына его — боярином.

Это было сказано как бы между прочим, будто речь шла не о Филарете и его сыне-царе.

Сдерживая возмущение, по возможности твёрдо Филарет ответил:

   — Я в патриархи не хочу.

Когда король Сигизмунд приказал Филарету написать сыну грамоты, нужные для Польши, Филарет столь же решительно отказался. Вообще поведение Филарета после избрания сына резко изменилось. Об этом свидетельствует и поляк Гридич: «Как сведал Филарет, что сын его учинился Государем, то стал на сына своего надёжен, стал упрям и сердит, к себе не пустит и грамот не пишет».

Тем не менее начало было положено, и последовали долгие и тяжкие переговоры о мире. Они шли с переменным успехом. А пока в феврале 1617 года был подписан вечный мир со Швецией.

Вернув Новгород и заставив шведских королей навсегда отказаться от трона Рюриковичей, русское государство уступило Швеции ряд городов (Ивангород, Копорье, Орешек), что лишало его выхода к Балтийскому морю. Но этот мир был тогда необходим ввиду враждебных действий со стороны Польши.

Два месяца спустя, в апреле 1617 года, королевич Владислав предпринял первую попытку похода на Русь. Благословляя его, архиепископ-примас Варшавы сказал:

   — Мы не только станем молить Господа Бога, чтобы он благословил ваше королевское высочество в этом деле, но также, если окажется нужда в дальнейших пособиях, будем стараться, чтоб республика наша помогала вам; только, ваше высочество, старайтесь направлять дела к её благу.

На что Владислав ответил:

   — Я иду с тем намерением, чтобы прежде всего иметь в виду славу Господа Бога моего и святую католическую веру, в какой воспитан и утверждён. Славной республике, которая питала меня доселе и теперь отправляет для приобретения ещё большей славы, расширения границ своих и завоевания северного государства, буду воздавать должную благодарность.

Позднее королевич вынужден был рассылать по всем русским городам грамоты, где говорил, что советники Михаила Романова утверждают, что он-де идёт «на истребление православной веры», а у него этого «и на уме нет».

Несмотря на всё благолепие, первая попытка окончилась неудачей. Вторая попытка, предпринятая в сентябре того же года, была более успешной. Владиславу как царю Московскому сдались Дорогобуж и Вязьма. Королевич шёл к Москве. Снова в столице появились подмётные грамоты от «истинного царя» Московского — Владислава Жигимонтовича.

Но времена были не те. Прежние грамоты — и первого, и второго Лжедимитрия — как-то волновали, возмущали москвичей, эти же не произвели никакого впечатления. Вражеское кольцо вокруг Москвы сжималось. Весь 1618 год прошёл в безрезультатных переговорах и тяжёлых сражениях. Вновь поляки принесли русскому народу великую беду, сжигали деревни, грабили города. На помощь Владиславу с двадцатью тысячами казаков шёл гетман Сагайдачный.

9 сентября 1618 года Михаил собрал Собор. Он объявил:

   — Прося у Бога милости, за православную веру против недруга своего Владислава обещаюсь стоять на Москве, в осаде сидеть, с королевичем и с польскими и литовскими людьми биться, сколько милосердный Бог помощ подаст, и вы бы, митрополиты, бояре и всяких чинов люди, за православную веру, за меня, государя, и за себя с государем в осаде сидели, а на королевичеву и ни на какую прелесть не покушались.

Ответ был единодушный. Все дали обет Богу стоять за православную веру, за государя стоять и поклялись биться с врагом до смерти, не щадя жизней своих.

К концу сентября положение усложнилось. 20 сентября королевич был уже в Тушине (казалось, возобновляются прежние времена Тушинского вора!), а Сагайдачный — у Донского монастыря. Бояре с войском вышли было из Москвы, но их вдруг охватил такой страх, что они не смогли помешать вражескому объединению и без боя пропустили гетмана. Ужас москвичей усиливала комета, которая буквально висела над столицей. Начавшиеся переговоры снова ник чему не привели. Бои возобновились и шли уже у Арбатских ворот, но все приступы были отбиты.

Королевич был вынужден отступить к Калуге. Жестокие морозы пришли на помощь русскому войску.

Вновь начались переговоры. Надо было думать о размене пленных, но неожиданно трагические обстоятельства помешали переговорам, которые и без того зашли в тупик.