Согласно мифологии город был построен Персеем (тем самым, который умертвил Медузу Горгону), сыном всемогущего Зевса и Данаи, дочери аргосского царя. Стены акрополя, защищавшие город, были сложены из огромных камней. По мнению греков позднейших периодов только одноглазые великаны — киклопы (циклопы) были в состоянии возвести стены из многотонных валунов. Именно поэтому возник термин «циклопические», который применяется к любой кладке из громадных каменных глыб.

Потомки мифического Персея правили Микенами в течение многих поколений, пока их не сменила могущественная династия Атрея, с которой связано много героических и трагических событий. Сын Атрея, легендарный Агамемнон, возглавивший поход на Трою, по совету оракула принёс в жертву богам собственную родную дочь Ифигению. После триумфального возвращения с троянской войны Агамемнон был убит в ванной своей женой Клитемнестрой, не простившей мужу смерть дочери. Клитемнестру в свою очередь убивает обезумевший от ярости сын Орест, подстрекаемый сестрой Электрой. Что тут сказать? Жестокие времена, жестокие нравы. Но по истечении тысячелетий имя Клитеменестра стало в Греции нарицательным для жен — мужеубийц.

Эти легенды и предположения нашли историческое подтверждение, когда немецкий археолог-любитель Генрих Шлиман в поисках Трои случайно наткнулся на один из шахтных могильников. Рядом обнаружились ещё несколько захоронений того же типа, и тут-то стало ясно, почему Гомер называл Микены златообильными. В процессе раскопок было найдено невероятное количество золотых и удивительно красивых вещей (около 30 кг!): украшений, кубков, пуговиц, военного снаряжения и бронзового оружия, отделанного золотом. Пораженный Шлиман писал: «Все музеи мира не обладают и пятой частью этих богатств». Но самой значимой находкой стала золотая посмертная маска, которая по версии Шлимана принадлежала самому Агамемнону. Но возраст могильников не подтвердил эту версию, захоронения были сделаны намного раньше, до царствия Агамемнона. Интересным фактом, подтверждающим могущество и богатство древних Микен, является то, что не было найдено предметов из железа. Основные материалы, из которых изготовлены обнаруженные предметы, — серебро, бронза и золото. Найденные в шахтных могильниках артефакты, хранятся в Археологическом музее Афин и в Археологическом музее Микен.

Древний город занимал стратегически удобное положение на вершине холма, защищенный массивными стенами акрополя. Кладка оборонительных стен проводилась без использования какого-либо связующего раствора. Камни подгонялись так плотно, что стены производят впечатление монолитных. В акрополь вели знаменитые «Львиные ворота» — циклопическое сооружение из камней, украшенные барельефом с двумя львицами — символом могущества царской династии. Ворота — самая знаменитая постройка Микен, а барельеф считается одним из самых значимых геральдических памятников мира.

В цитадели находились жилые дома знати и бытовые постройки, причем многие здания были двух и трёхэтажными. Недалеко от входа сохранились остатки погребального круга А, где располагаются шахтовые гробницы датируемые 1600 г. до н.э. Найденные в них предметы указывают на то, что здесь находились захоронения царских семей.

Со внутреннего двора у «Львиных ворот» начиналась большая лестница, ведущая в царский дворец. Центром дворца был Мегарон — большое помещение с очагом на полу. Царский Мегарон был центральным строением, своеобразным административным центром. Здесь проводились заседания, вершились суды. От королевских покоев остался только фундамент. Можно различить и фрагменты фундамента красной ванной комнаты, в которой был убит Агамемнон.

На небольшом расстоянии от стен акрополя был обнаружен погребальный круг В, включающий в себя купольные гробницы (толосы) — ещё один образец микенской архитектуры. Самая впечатляющая и хорошо сохранившаяся из них, так называемая «Сокровищница Атрея» или «Гробница Агамемнона». Когда захоронение было найдено Шлиманом, оно оказалось разграбленным. Поэтому не удалось установить, кому принадлежала гробница, но размеры и архитектурные особенности позволяют предположить, что внутри находилась царская усыпальница. Круглые подземные сооружения пришли на смену шахтовым захоронениям. К высокому узкому входу ведёт выложенный камнями наклонный коридор. Внутри гробница представляет собой внушительный купол высотой 13,5 м и диаметром 14,5 м, выложенный горизонтальными рядами камней. Каждый ряд немного выступает над предыдущим. До постройки Римского Пантеона гробница являлась самым высоким сооружением такого типа.

На территории с внешней стороны акрополя были обнаружены несколько строений: «Дом виноторговца», «Дом Сфинкса», " Дом щитов" и «Дом торговца маслом».