Последний, более чем 30-летний период своей жизни Гумбольдт находился в Берлине, иногда навещая Париж и другие города Европы. В этот период он закончил обработку и издание результатов американского путешествия, совершил поездку по России и опубликовал ее научные результаты, но главной научной задачей этого периода жизни он считал создание «Космоса».

Прусская столица была в то время маленьким провинциальным городом. Она не являлась центром духовной и научной жизни немецкой нации. Одной из причин этого была политическая раздробленность Германии на ряд мелких государств, княжеств, земель и т. п. Гумбольдт решил осуществить план национального объединения ученых Германии. Несмотря на противодействие директора полиции, осенью 1828 года в Берлине по инициативе Гумбольдта был созван съезд немецких естествоиспытателей и врачей, на который съехалось 600 человек. На съезде присутствовали также ученые скандинавских стран.

Чтобы придать съезду деловой характер и дать выступить всем желающим, Гумбольдт предложил проводить заседания по секциям. Впоследствии это предложение вошло в статут всех научных съездов мира. Кроме научного значения, съезд сыграл большую политическую роль, будучи, по словам Гумбольдта, «благородной манифестацией научного единства Германии».

Гумбольдт вынужден был часто посещать королевский двор, так как у него не было других средств к жизни, кроме жалования камергера; на эти же средства он производил и, свои научные исследования. Материальная зависимость принуждала его исполнять придворные обязанности, которые его тяготили. Однако, находясь при дворе, он побуждал короля открывать в Германии новые научные учреждения, организовывать научные экспедиции и оказывать материальную помощь талантливым немецким ученым.

Придворные ханжи и крепостники ненавидели его за свободный образ мыслей; они называли Гумбольдта якобинцем, который носит в кармане трехцветное французское знамя. Любезный и уступчивый в мелочах, он не мог, однако, проходить молча мимо того, что его возмущало. Так, например, когда в 1837 году из Геттингенского университета были исключены шесть профессоров, выступивших в защиту свободы слова, Гумбольдт встал на их защиту, чем вызвал сильную тревогу короля. Гумбольдт неоднократно выступал в защиту политических изгнанников (например, Генриха Гейне), против закона о преследовании евреев, боролся за свободу негров и национальную независимость угнетенных наций.

До глубокой старости Гумбольдт был верен идеям, воспринятым в молодости под влиянием французской революции. И этот человек, проникнутый «идеями 1789 года», приверженец демократических преобразований общества, сторонник свободомыслия, значительную часть своей жизни должен был провести при одном из самых консервативных, проникнутых ханжеством и клерикализмом дворов Европы.

В 1847 году Гумбольдт последний раз посетил Париж и пробыл там до февральской революции 1848 года. В этом году революция охватила и Германию. В марте 1848 года у королевского дворца в Берлине собирались тысячные толпы народа, требовавшие объединения Германии и демократических свобод. Перед февральской революцией в Лондоне появился «Манифест Коммунистической партии» и в марте 1848 года в Берлине уже раздавался призыв: «Пролетарии всех стран, соединяйтесь!».

18 марта король отдал приказ стрелять в толпу; начались уличные баррикадные бои, в окна королевского дворца полетели кирпичи и булыжники. Сохранился рассказ, что рабочие в Берлине, разыскивая спрятанное оружие, вошли и в дом Гумбольдта, но, узнав его имя, извинились и поставили охрану, чтобы оградить дом ученого. Гумбольдт был популярен среди рабочих за свой гуманизм и демократические убеждения.

22 марта 1848 года во время похорон жертв революции Гумбольдт через весь Берлин шел в первых рядах демонстрантов. Король и его приближенные с балкона дворца с ненавистью наблюдали за этим «придворным революционером» Вся деятельность Гумбольдта убеждала рабочих, что в революционном движении его симпатии на их стороне.

Материальное положение Гумбольдта было очень затруднительным. Он был должен значительную сумму денег банкиру Мендельсону; его библиотека и мебель были заложены. Под конец жизни Гумбольдт не знал, владеет он своими вещами или нет.

В 1858 году в день 89-й годовщины Гумбольдт был буквально завален поздравительными письмами. Из Соединенных Штатов ему прислали альбом с картами гор, рек, заливов и других географических объектов, носивших его имя. В последние годы он получал до 3 тысяч писем в год, на которые немедленно отвечал: он вынужден был иногда писать десятки писем в день, так как из-за отсутствия средств не мог нанять секретаря.

За два месяца до смерти Гумбольдт в берлинских газетах вынужден был напечатать объявление, в котором просил не присылать ему рукописей, и писем, на которые он не в силах отвечать: огромная переписка сильно замедляла работу над «Космосом».

В конце апреля 1859 года Гумбольдт простудился и слег в постель. В берлинских газетах печатались бюллетени о его болезни. 6 мая 1859 года в 14 часов 30 минут Александр Гумбольдт скончался, не дожив четырех месяцев до 90-летней годовщины.

10 мая состоялись торжественные похороны за счет государства. На улицах, по которым шла траурная процессия, фронтоны домов были задрапированы черной материей. Трудно было сосчитать, сколько человек провожало гроб Гумбольдта. Среди траурной процессии было много рабочих, которые шли с обнаженными головами. Похоронили Гумбольдта в семейном склепе в парке Тегеля.

Имя Гумбольдта увековечено на географических картах, в руководствах по зоологии, ботанике и географии. На всех материках земного шара имеются географические объекты, носящие имя Гумбольдта; в Калифорнии целая местность носит название страны Гумбольдта с городком Гумбольдт, стоящим у Гумбольдтова залива. Даже на Луне есть кратер Гумбольдта. Многие растения носят его имя и даже целый пояс растительности в Андах называется «Гумбольдтовым царством». Есть минерал гумбольдтит, журнал «Гумбольдт» и пр.

Гумбольдт не был женат и не имел семьи. Его единственной любовью была наука, ей в дар он принес свою жизнь и состояние.

Многие научные общества и почти все академии наук мира избрали Гумбольдта своим членом. Во многих городах Европы поставлены памятники Гумбольдту, но самый долговечный он воздвиг себе сам неутомимой научной деятельностью.

В этом году 100-летний юбилей со дня смерти Гумбольдта отмечается прогрессивным человечеством во всех странах.