29 апреля 1939 года отец Севастиан был освобожден и перешел жить к своим послушницам в крошечный домик, где на кухне за ширмой ему была приготовлена постель на большом сундуке. Члены его монашеской общины вставали рано утром, читали положенное правило, затем сестры шли на работу, а отец Севастиан оставался дома: носил воду, варил обед, чинил одежду и обувь. Ежедневно он вычитывал суточный богослужебный круг.

В Караганде, как и везде в России, был голод, особенно было плохо с хлебом в военные и послевоенные годы. Отец Севастиан, одетый в скромный серый костюм, сам ходил в магазин получать хлеб по карточкам. Шел и занимал очередь. Очередь подходила, его отталкивали, он снова становился в конец очереди, и так несколько раз. Люди это заметили и вскоре его стали без очереди пропускать за хлебом.

В 1944 году отец Севастиан с сестрами купили на Западной улице дом побольше. Старец оглядел его и указал, что нужно переделать.

– Да зачем же, батюшка! – возразили сестры. – Не век же нам в Казахстане вековать! Вот кончится война, и поедем с вами на родину.

– Нет, – ответил отец Севастиан, – мы здесь будем жить. Люди здесь горя хлебнули… Тут мы больше пользы принесем.

В словах его было много правды: сюда, в степи Казахстана, в товарных вагонах свозили раскулаченных крестьян. Зимой люди жили в землянках и шалашах, тысячами умирали от холода, болезней и недоедания… Осмотрев местное кладбище, отец Севастиан сказал: “На этих общих могилах день и ночь горят свечи мучеников от земли до неба”.

В 1944 году в доме на Западной улице была устроена небольшая церковь, и отец Севастиан стал регулярно служить в ней литургию. Жители Михайловки, узнав о священнике, стали приглашать его в свои дома. Разрешения властей на совершение треб у отца Севастиана не было, но он ходил безотказно. Люди в поселке были верные – не выдадут. Не только в Михайловке, но и в других поселках поверили в силу его молитв. В Караганду стали съезжаться духовные дети старца – монашествующие и миряне. Дома в Караганде в то время продавались недорого: они принадлежали спецпереселенцам. Со временем те строили себе новые дома и продавали свои старые саманные хибарки. Караганда строилась, а церковь в ней была всего одна – молитвенный дом на втором руднике.

В ноябре 1946 года православные жители Большой Михайловки подали… заявление о регистрации религиозной общины. Не добившись положительного результата, верующие обратились с ходатайством в Алма-Ату, к уполномоченному по делам религии в Казахстане. В ответ на ходатайство пришло распоряжение: “Запретить священнику Севастиану Фомину службы в самовольно открытом храме”. Повторные заявления верующие отправляли теперь каждый год. Ездили в Москву, обращались за поддержкой в Алма-Атинское епархиальное управление.

В результате в 1951 году молитвенный дом в Большой Михайловке, где некоторое время все же совершались требы, был закрыт. Только два года спустя верующие отстояли свое право на совершение церковных таинств и обрядов – крещения, отпевания, венчания, исповеди. Однако литургию отец Севастиан мог совершать только тайно на частных квартирах. Тем временем борьба за храм продолжалась: вновь и вновь отец Севастиан посылал ходоков в Москву. Наконец в 1955 году разрешение зарегистрировать религиозную общину в Большой Михайловке было получено.

Теперь нужно было превратить жилой дом в храмовое здание. Отец Севастиан сам руководил всеми работами. Были сняты перегородки внутри дома, на крыше сооружен голубой купол-луковка, но местная власть категорически запретила поднимать крышу храма хотя бы на сантиметр. Тогда старец благословил людей тайно собраться и ночью углубить пол на один метр. За ночь было вывезено пятьдесят кубометров земли, пол накрыли досками, и утром в церкви Рождества Пресвятой Богородицы уже совершался молебен.

Во дворе храма построили дом – сторожку. Постепенно к нему пристроили комнаты: трапезную с кухней, комнату для монахинь и келью для отца Севастиана. Во дворе устроили открытую часовню для служения Пасхальной заутрени и Крещенского водосвятия. Жители Михайловки приносили сохранившиеся у них иконы, спасенные из старой церкви, закрытой в 1928 году.

Начался новый подвиг отца Севастиана – одиннадцатилетнего старческого служения на приходе.