Самолёт «130», первый опытный образец Ла-9, построенный на заводе № 21 в начале 1946 г., имел одноцветную окраску всех поверхностей, появившуюся на советских истребителях в 1945 г. Скорее всего, это был серо-голубой матовый аэролак АМТ-11. На фотоснимках выделяются только блестящие неокрашенные металлические полосы, стягивавшие капот, и опознавательные знаки. Последние, по нормам того времени, наносились на шести позициях: по бокам фюзеляжа, на киле и на плоскостях снизу. Знаки, введённые 3 сентября 1943 г., представляли собой пятилучевые красные звёзды с белой окантовкой шириной 50 мм и 10-мм красной каймой. По размеру они были немного меньше знаков на серийных истребителях Ла-7.

В июле 1946 г. командование ВВС потребовало от промышленности окрашивать металлические самолёты матовыми эмалями по новым эталонам светло-серо-голубого цвета. Машины должны были служить без перекраски не менее двух лет «без выцветания, омеления, трещин и шелушения». Подобную однотонную окраску матовой эмалью АМТ-11 использовали на первых сериях Ла-9. На некоторых фотографиях того времени встречаются также машины со светло-голубыми нижними поверхностями, но трудно сказать, заводская это окраска или самодеятельность при перекраске в воинских частях. Отклонения от стандарта присутствуют и в расположении опознавательных знаков; звёзды иногда изображены и на крыле сверху.

Эмаль АМТ-11 наносилась в два слоя поверх грунта. При этом последний слой появлялся на истребителе уже после пробного облёта, перед сдачей военной приёмке. Все внутренние объёмы самолёта, включая кабину, покрывали серо-стальной эмалью А-14 в два слоя. В этот же цвет красили стойки шасси и колёса. Лопасти винтов грунтовали и покрывали двумя слоями чёрной матовой эмали АМТ-6. В полках потом иногда красили их кончики в жёлтый цвет.

На капотах моторов истребителей, выпущенных заводом № 21, имелись эмблемы в виде стилизованного силуэта самолёта и надпись «Ла-9». Тактические номера по правилам того времени наносились на заводе перед сдачей заказчику. Они были двузначными и включали две последние цифры заводского номера. Их рисовали на хвостовой части фюзеляжа белой краской.

Для демонстрационных целей (например, парадов) иногда применялась яркая окраска — самолёты были целиком красными или сочетали красный и серый цвета.

Матовая окраска Ла-9 продержалась недолго — менее года. Эмаль АМТ-11 оказалась нестойкой. В эксплуатации она быстро выцветала. Такая окраска не могла продержаться даже год. Потребовались новые эмали для истребителей, создание которых заняло более года. В мае 1947 г. выпустили опытные производственные партии эмалей для войсковых испытаний, и представители ВВС утвердили их эталоны. Во второй половине того же года разработали технические условия на нитроэмали АГТ-16, АМТ-16, масляную эмаль А-36г и пентафталевые эмали ПФ-36м и ПФ-36г. В их обозначениях буква «м» везде означала «матовый», а «г» — «глянцевый». Хотя военные отдавали предпочтение матовым как более выгодным с точки зрения маскировки (они не давали бликов), представители промышленности стремились красить самолёты глянцевыми эмалями — более стойкими к воздействию осадков и обеспечивавшими более гладкую поверхность планера, что улучшало аэродинамику. О двух годах эксплуатации матовых покрытий тогда и речи не могло идти. Правда, и с глянцевыми эмалями не всё было ладно. Их новые разновидности, как и все другие светлые краски, по-прежнему остались подвержены омелению. При этом на поверхности покрытия появлялся белый налёт, легко стиравшийся тряпкой, а само оно светлело. В результате самолёты с глянцевой окраской тоже довольно быстро теряли первоначальный вид, особенно при нередком тогда безангарном хранении.

11 августа 1947 г. МАП выпустило приказ, согласно которому директорам заводов № 21, № 31, № 99 и № 153 предписывалось, не дожидаясь результатов эксплуатационных испытаний новых лакокрасочных покрытий, окрашивать все истребители, включая и Ла-9, светло-серо-голубой глянцевой масляной эмалью А-36г по металлу и нитроэмалью того же цвета АГТ-16 по полотняной обшивке рулей и элеронов. Под АГТ-16 наносили слой грунта AII серебристого цвета (с алюминиевой пудрой). Сдача самолётов в этой окраске должна была начаться уже с 10 сентября. ВВС пришлось согласиться на глянцевый вариант. И, действительно, по отчётам МАП, из облётанных в сентябре 134 Ла-9 около 40 истребителей уже имели новую окраску. В это время горьковский завод № 21 сдавал истребители 12-й и 13-й серий. МАП гарантировало сохранность покрытий в течение 12 месяцев, но при условии «создания нормальных условий хранения и ухода за самолётами».

Одновременно разрабатывались более устойчивые матовые эмали светло-серо-голубого цвета. К 1 октября 1947 г. на заводе № 21 четыре Ла-9 покрасили перхлорвиниловыми эмалями, созданными в ВИАМ. Но эксплуатационные испытания этих самолётов в течение шести месяцев показали, что опытная перхлорвиниловая эмаль оказалась непригодной.

В 1948 г. на заводе № 21 истребители стали красить матовой пентафталевой эмалью ПФ-36м серого цвета. Однако уже в конце года министр авиационной промышленности М. В. Хруничев был вынужден признать, что, несмотря на все проведённые исследования, «необходимых результатов по стойкости лакокрасочных покрытий не получено», что «существующие лаки и краски не могут выдерживать длительного воздействия на них атмосферных изменений (солнце, дождь, снег, обледенение и т. п.) и по имеющемуся опыту в этих условиях могут служить надёжно не более 6–8 месяцев». До внедрения новых лакокрасочных материалов, которые разрабатывали в Министерстве химической промышленности, Хруничев предлагал «временно заменить применяемые в настоящее время лаки и краски светлых расцветок на лаки и краски, изготовленные на основе алюминиевой пудры, или на краски зелёных расцветок». В то же время от ВВС министр требовал «улучшить уход за лакокрасочными покрытиями в войсковых частях и систематически проводить профилактический ремонт этих покрытий, своевременно обновляя повреждённые участки».

В результате через три года после окончания войны вновь ввели окраску самолётов глянцевыми эмалями по довоенной схеме: зелёный верх и светло-голубой низ. В такой расцветке выпускались, например, учебно-тренировочные самолёты УТИЛа-9.

В воинских частях окраску истребителей дополняли элементами быстрого опознавания, показывавшими принадлежность к эскадрилье, полку или дивизии. В яркие цвета (чаще всего белый, жёлтый или красный) красили коки винтов, передние кольца капотов, рисовали «шапочки» на вертикальном оперении.

Бывший китайский Ла-9, восстановленный до лётного состояния, несёт странную смесь советских и китайских обозначений.

В некоторых училищах поршневые истребители дожили до 1955 г., когда ввели новое «Положение об опознавательных знаках самолётов Военно-Воздушных Сил». Звёзды по введённой им схеме размещались на шести позициях: на крыльях снизу и сверху и с двух сторон на вертикальное оперение. Места расположения звёзд и их размеры строго регламентировались. Бортовой номер должен был быть двухзначным и наноситься в авиачастях.

Дожившие до этого времени Ла-9 перекрасили согласно «Положению», но не все. Двухместные УТИЛа-9 Борисоглебского лётного училища представляли собой настоящий образец соблюдения всех требований этого документа. В то же время известны фотографии истребителей с грубейшими нарушениями схемы нанесения опознавательных знаков. Очень часто Ла-9 несли звёзды не на киле, а на боках фюзеляжа. Отсутствие бортовых номеров на таких истребителях можно оправдать предположением, что их сфотографировали ещё на заводском аэродроме или во время перегонки в авиачасти.

Истребители Ла-9 китайских и северокорейских ВВС окрашивали так же, как советские. Отличия заключались только в опознавательных знаках. На китайских машинах присутствовала красная звезда с жёлтой окантовкой, наложенная на красную же ленту. И лента, и звезда имели жёлтую окантовку, в центр звезды вписывался иероглиф «середина», означавший Китай — ведь китайцы издавна именовали своё государство «Серединной империей». Любопытно, что расположение знаков соответствовало не советским, а американским нормам: они наносились на фюзеляж с обеих сторон, на левое крыло сверху и на правое — снизу. Иногда эмблематику дополняли белые и красные полосы на руле направления. Номера могли располагаться и на фюзеляже, и на киле. Советские авиационные части, дислоцированные в Китае, летали с местными опознавательными знаками.

Опознавательные знаки авиации КНДР — красные звёзды, вписанные в белый круг с красно-бело-синей окантовкой. Размещались они там же, где китайские. У корейцев встречались истребители, нёсшие номер, написанный крупными цифрами на вертикальном оперении.