Доходы и расходы бюджетных учреждений определяются сметой учреждения на очередной финансовый год, утверждаемой в порядке, установленном действующим законодательством. Согласно п. 2 ст. 161 БК РФ в смете доходов и расходов должны быть отражены все доходы бюджетного учреждения, получаемые как из бюджета и государственных внебюджетных фондов, так и от осуществления предпринимательской деятельности: от оказания платных услуг, использования государственной или муниципальной собственности, закрепленной за бюджетным учреждением на праве оперативного управления, иной деятельности. Доходы, получаемые бюджетными учреждениями от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности, включаются в состав доходов бюджетов соответствующего уровня.

Бюджетное учреждение, подведомственное федеральным органам исполнительной власти, использует бюджетные средства исключительно через лицевые счета бюджетных учреждений, которые ведутся Федеральным казначейством.

Бюджетные учреждения вправе расходовать бюджетные средства исключительно на:

1) оплату труда в соответствии с заключенными трудовыми договорами и правовыми актами, регулирующими размер заработной платы соответствующих категорий работников;

2) перечисление страховых взносов в государственные внебюджетные фонды;

3) трансферты населению, выплачиваемые в соответствии с федеральными законами, законами субъектов РФ и правовыми актами органов местного самоуправления;

4) командировочные и иные компенсационные выплаты работникам в соответствии с законодательством РФ;

5) оплату товаров, работ и услуг по заключенным государственным или муниципальным контрактам;

6) оплату товаров, работ и услуг в соответствии с утвержденными сметами без заключения государственных или муниципальных контрактов.

Расходование бюджетных средств бюджетными учреждениями на иные цели не допускается.

Все закупки товаров, работ и услуг на сумму свыше 2000 минимальных размеров оплаты труда осуществляются бюджетными учреждениями исключительно на основе государственных или муниципальных контрактов. При этом в случае уменьшения уполномоченными органами государственной власти в установленном порядке средств соответствующего бюджета, выделенных целевым назначением для финансирования договоров, заключаемых бюджетным учреждением, бюджетное учреждение и другая сторона подобного договора должны согласовать новые сроки, а если необходимо, и другие условия договора. Сторона договора вправе потребовать от бюджетного учреждения только возмещения реального ущерба, причиненного изменением условий договора.