В июле 1913 года Унгерн вдруг выходит из дрейфа. Он подаёт в отставку – тогда барон был в чине сотника в 1-м Амурском полку Забайкальского казачьего войска – и уезжает в монгольский город Кобдо. Формальная цель Унгерна – присоединиться к монгольским повстанцам в их борьбе против Китая. Подобная импульсивность для человека, исповедующего буддийскую систему читтаматра, весьма удивительна. Вероятно, в основе этого поступка лежала куда более весомая причина, нежели желание помочь монголам. Вряд ли Роман Фёдорович так легко пожертвовал военной карьерой в Российской империи ради того, чтобы поступить на монгольскую службу. Причём в полной мере поучаствовать в освободительной войне монголов ему так и не удалось – там воцарился мир.

Согласно скудным сведениям об этом периоде жизни барона, он проводил время в изучении монгольского языка и конных ночных прогулках по степи, где любил погонять волков. Правда, другие свидетельства говорят, что фон Унгерн-Штернберг совершил паломничество в несколько буддийских монастырей и даже посетил Тибет.

Есть даже легенда, что Унгерн подал в отставку, чтобы отправиться на поиски легендарной подземной страны Агарти, которая, по преданию, находится где-то под Монголией и Тибетом. Согласно рассказам буддийских лам, там находится престол «царя мира», управляющего судьбами всего человечества.

Уже позднее писатель Оссендовский напишет, что на встрече с Унгерном он обсуждал Агарти, и тот якобы в 1921 году отправлял на поиски легендарной страны две экспедиции. Однако, чем закончились поиски «правителя судеб мира», так и осталось неизвестно.