Предположим, что нам не повезло и ошибки есть. Что ж, будем исправлять.
1. Ошибки из-за файлов, созданных BookDesigner-ом
Обычно в таких файлах в конце сгенерированный программой текст — «This file was created with BookDesigner program…» И зачастую ссылки в таких файлах невалидные, тексты ссылок расположены в конце текстов, а не в специальной секции, как должно быть.
Для примера рассказ Краули «Пропали».
()
Если такой файл (файлы) есть среди склеиваемых, то после склейки, при открытии output файла в FBE, вы получите сообщение об ошибке, вроде такого:
Что делать? 
Закрыть FBE с таким испорченным output файлом и открыв в FBE файл рассказа, сделать правильную сноску (или сноски, если несколько).
Жмем на панели инструментов кнопку «Найти» и ищем в тексте левую или правую квадратную скобку.
Находя эти «букдизайнерские» сноски, удаляем обе квадратные скобки и номер между ними.
Не меняя позиции курсора, добавляем правильную сноску — Скрипты — Добавление примечания — Добавление сноски.
В панели «Структура документа» появилась секция «notes» (Примечания), а в ней секция «1», пока еще пустая. Вырезаем текст сноски, расположенный в конце текста рассказа и вставляем в эту секцию. Правильная сноска готова:
Повторяем, если надо сделать несколько сносок.
После исправления надо снова запустить склеивание.
2. Нет содержания
Программа mergeFB2 создает содержание в области, предназначенной для аннотации — список всех произведений в данной сборке. Если вам этот список-содержание не нужен, не стоит и беспокоиться.
Если же список нужен, а его нет, то придется поискать файл/файлы, из-за которого/которых не создается этот список.
Обычно это литресовские файлы. Найдите их и удалите в этих файлах адреса из Source URLs.
а) С помощью FBE.
Откройте файл, перейдите на страницу информации о книге (синяя кнопка), выделите адрес и Delete.
б) Или с помощью любого текст-редактора.
FB2 файл можно открыть любым текст-редактором, например Akelpad-ом (но виндовый Блокнот все же лучше не использовать 
).
Выделите строчку и Delete.
После исправления надо снова запустить склеивание.
3. Некоторые тексты не «вклеились»
Откроем output файл, созданный из 15 рассказов.
Содержание есть — отлично.
Смотрим body в левой панели «Структура документа».
Две секции без названия. И вообще нет текстов этих рассказов. Почему?
Из-за ссылок на какие-то сайты (внешних ссылок) и из-за почтовых адресов.
(Ошибки созданы для примера, но файлов с такими ссылками предостаточно).
а) Почтовый адрес.
Иногда некты пишут в истории файла что-то вроде:
Мысленно поблагодарив Васю, просто удалите почтовый адрес.
Вряд ли адрес почты встретится в тексте произведения, но если уж вам так «повезет», то можно сделать адрес неактивным.
Откройте страницу кода (зеленая кнопка), выделяйте то, что обведено красным на картинке — теги адреса со всей их начинкой, и Delete.
Символ @ замените текстом.
б) Внешние ссылки.
Такие ссылки могут быть в аннотации, в сносках и даже в тексте произведения.
Например, в аннотации:
На странице кода:
Такие ссылки надо или удалить или деактивировать также, как и почтовые адреса.
После исправления надо снова запустить склеивание.
4. Ошибки в сносках
После склеивания сноски могут быть:
а) все без ошибок;
б) все с ошибками;
в) часть с ошибками, часть без ошибок.
Для проверки используйте тест сносок:
Скрипты — Добавления примечания — Тест сносок.
В нашем тест-сборнике «15 рассказов» всего 2 сноски и обе с ошибкой.
Что это за ошибки и как их исправить?
Тест сносок зачем-то показывает нам секции сносок. Нам это не надо.
Переходим в начало сборника — щелкаем по body в панели «Структура документа».
Открываем страницу кода (зеленая кнопка на панели).
Используем «Заменить»: Правка — Заменить.
Найти следующие символы: ">[
На картинке мы видим причину невалидности сносок — mergeFB2 почему-то не добавляет тип ссылки note.
Добавим сами.
Заменить: " type="note">[
Кликаем — Заменить, Искать далее, Заменить, Искать далее, и т. д.
Ни в коем случае не кликайте кнопку «Заменить все» — FBE зависнет и придется выключать его принудительно, без сохранения результатов вашей работы.
Так поступаем, если невалидных сносок немного, или когда часть валидны, а часть нет — пропуская при замене исправные ссылки (с note).
А если сносок несколько десятков, а то и полсотни или больше, и все невалидные? Менять все вручную?
Нет, мы все же можем победить FBE.
Открываем страницу кода.
Опять же используем «Заменить»: Правка — Заменить.
Найти следующие символы: ">[
Но замена иная: " type="note">*[
Звездочка не даст FBE зациклиться, поэтому смело жмем «Заменить все».
Затем убираем звездочку. Тоже «Заменить все».
Переходим на страницу текста (оранжевая кнопка).
Запускаем тест сносок.
Ура, ошибок нет.
Последний штрих — унификация сносок.
Скрипты — Добавление примечания — Унификация сносок
