Составитель «Памятной записки» соловецких епископов ранее помогал Святейшему патриарху Тихону. Так, по поручению последнего, им составлен ответ Константинопольскому патриарху Григорию VII, признавшему обновленцев и предложившему патриарху Тихону удалиться от дел управления Церковью (1924 г.).

В связи с этой помощью патриарху и произошел арест профессора и заключение в Соловки, где он пробыл с 1925 по 1927 г. В ноябре 1927 г. Иван Васильевич был переведен с острова на материк, в Кемский лагерь, но освобождения не получил и в апреле 1928 г. был отправлен в ссылку на р. Обь. Там он жил между Березовым и Обдорском.

Первое время квартирные условия были плохие, и он не имел возможности заниматься своими учеными трудами, а собирал и сушил грибы, которые посылал своим друзьям в центр России, откуда получал посылки. Через несколько месяцев он был переведен в другое место, и там ему было лучше жить. С ним жил ссыльный епископ Онуфрий, относившийся к нему с особенной любовью. Здесь Иван Васильевич трудился над сочинением о св. Григории Нисском. То обстоятельство, что Иван Васильевич находился так далеко на севере по Оби, имело ту полезную сторону, что через него из центра России посылались теперь деньги и продукты местоблюстителю патриаршего престола митрополиту Петру Крутицкому, находившемуся еще севернее.

В1931 г. Ивана Васильевича перевели в очень пустынную местность на север от Тобольска, а в 1932 г. — вдруг неожиданно в Москву и на свободу, так как не нашлось ни одного профессора для перевода с латыни какого-то сочинения. А книга готовилась для академического издания. Необходимо кстати отметить, что по закрытии Московской духовной академии Иван Васильевич был одно время профессором Московского университета и читал психологию, так как с этого предмета он начинал свою профессорскую службу в академии и потом уже перешел на кафедру святоотеческой литературы (патрологии).

Иван Васильевич жил под Москвой. В 1936 г. был арестован епископ Варфоломей (Ремов) и через два дня после этого Иван Васильевич. В июне 1936 г. епископ Варфоломей был расстрелян, а об Иване Васильевич никто не мог что-либо узнать. Известно только, что Иван Васильевич помогал епископу Варфоломею в ведении занятий в духовной академии, которая существовала в Москве без разрешения властей, но не без их ведома. С этого времени Иван Васильевич пропал без вести.

Говоря об Иване Васильевиче, нельзя не вспомнить его «душеприказчика», прекрасного юношу Антония Тьевара, с которым они вместе прибыли на Соловки. Так иногда в шутливой форме назывались молодые кандидаты на профессорскую должность, которых старики профессора готовили на свои кафедры, передавая им по возможности все свое ученое достояние, свои познания. А. Тьевар (предки его — французы) был учеником и другом профессора. Вместе они жили, занимали кровати рядом, вместе кушали, гуляли.

Ученик работал над учением о Христе (христологией) св. Афанасия Великого и писал и читал в свободные от работы минуты. Иван Васильевич был учителем школы грамотности при Соловецком лагере и объяснял азбуку уголовникам. Тьевар работал в какой-то соловецкой канцелярии. Вместе они были только до января 1928 г., когда юноша Антоний получил освобождение и уехал домой. На страстной неделе в 1928 г. Антоний был пострижен архиепископом Арсением Серпуховским (в Арзамасе) с именем Серафим. Потом был возведен в сан иеродиакона и иеромонаха. Жил он в Москве и совершал литургию келейно. Прислуживала ему его мать, в тайном постриге мать Пантелеймона. В 1930 г. отец Серафим был арестован и сослан в Вишерский лагерь, где и скончался 23 ноября 1931 г., отойдя ко Господу за несколько лет раньше своего учителя.

Говорить об учено-богословской работе И.В. Попова — особая, отдельная задача. Во всяком случае, в России патрология как наука впервые создана им. Последний его труд (1-й т. в 900 стр. напечатан перед революцией, 2-й, в рукописи, остался в сейфе советского банка) о блаженном Августине исчерпывает всю мировую литературу о последнем и разрешает самые трудные вопросы его понимания, потому что Иван Васильевич полностью владел образованностью всего древнего доавгустиновского времени. Характеризуя его ученость, архиепископ Иларион говорил: «Если бы, отцы и братия, все наши с вами знания сложить вместе, то это будет ничто пред знаниями Ивана Васильевича». Владыка Иларион окидывал взглядом всех собравшихся соловецких заключенных, как епископов, так и духовенство, среди которых было немало и весьма ученых людей.

В светском звании Иван Васильевич был истинным монахом, безбрачным и девственником, смиренным тружеником, воздержником в пище и питии, благоговейным молитвенником к Богу. Сему все знавшие его — свидетели. Имея дар благодати Божией («слово знания» — 1 Кор XII, 8), он трудами удесятерил талант, послужил им Церкви с великой пользой и прославил ее своей мученической кончиной.