Отделение Церкви от государства, своеобразно трактуемое большевиками, сделалось предлогом для запрещения проповеди гонимой религии, и мученическая смерть епископа Никодима Белгородского представляет яркое тому доказательство.

Епископ не вмешивался в политическую жизнь, но в своих проповедях, браня насилия, грабежи и убийства, призывал свою паству к учению Христа, утверждая, что законы Божии выше законов человеческих. Такие проповеди возбудили злобу против епископа в местном коммунистическом управлении. В первые дни Рождества 1918 г. известный своей жестокостью комендант Саенко, собственноручно убивший тысячи людей, арестовал епископа и увез в Чрезвычайку.

Но возникшие среди народа волнения по поводу ареста любимого пастыря заставили Саенко отпустить епископа обратно в монастырь. Однако в тот же день епископ Никодим вновь произнес проповедь, осуждавшую насилия, после чего он был вновь арестован тем же Саенко, который говорил при этом, что через попов и монахов вся революция пропала. Обратившаяся к Саенко с просьбой об освобождении жена священника Каенская была арестована Саенко, который в тот же вечер собственноручно ее расстрелял, а епископа приказал отвести в тюрьму, где ночью в углу тюремного двора он и был казнен. Желая скрыть от народа эту казнь и боясь отказа красноармейцев казнить уважаемого пастыря, его повели на казнь в военной шинели. Труп его был отвезен за город и брошен в общую могилу. Но слух о его казни все же дошел до народа и ежедневно у братской могилы служили панихиды по христианскому мученику.