На рубеже веков, с выходом на сцену нового поколения беллетристов — Горького, Куприна, Бунина, Андреева — Потапенко начал терять читателя, хотя писал по-прежнему много вплоть до 1907 года. Попытка издавать журнал (1903—1904) привела к банкротству и судебному делу. В дальнейшем он был старейшиной театрального клуба Петербурга.
События революции и Гражданской войны Потапенко переждал в своём имении под Вологдой, затем жил в Витебской губернии, Таганроге, Житомире, Киеве.
В 1922 году вернулся в Петроград. В последние годы переиздавал дореволюционные сочинения, писал по старому шаблону рассказы и романы из советской жизни, последний роман — «Мёртвое море» — вышел в год кончины Потапенко. Похоронен на Литераторских мостках Волкова кладбища.