18 февраля 1405 года Тимур скончался. Как только об этом узнали в Египте, Ахмада Гийас ад-дина и Кара-Йусуфа немедленно освободили из тюрьмы. Оба начали созывать своих вассалов. Но если к Ахмаду присоединились немногие, то Кара-Йусуфу удалось собрать огромную армию. Осенью 1406 года Кара-Йусуф разбил войско тимуридского полководца Абу Бакра. Затем 21 апреля 1408 года, в битве при Сардруде, войска Кара-Коюнлу разгромили тимуридскую армию. В этом сражении погиб Мираншах. Кара-Йусуф занял Тебриз и Южный Азербайджан.
Джалаиридский султан Ахмад в 1410 году, когда Кара-Йусуф был занят войной с Ак-Коюнлу, попытался овладеть Тебризом. Узнав об этом, Кара-Йусуф двинул войска Кара-Коюнлу в Азербайджан. 29 августа в сражении у Шанб-и Газана джалаиридское войско было разбито и рассеяно. Ахмад попытался спастись бегством. Но какой-то воин, не узнав султана, ранил его, свалил с коня, ограбил и раздел. Бывший повелитель, босой и в одной рубашке, спрятался в пригородном саду. Хозяин сада, башмачник из Тебриза, быстро обнаружил его. Ахмад умолял башмачника не выдавать его, но тот доложил обо всем Кара-Йусуфу. Последний заставил своего бывшего союзника подписать фирман о переходе власти к династии Кара-Йусуфа. После чего, 31 августа 1410 года султан Ахмад Гийас ад-дин и его сын Ала ад-даула были задушены.
После гибели Ахмада власть в Багдаде захватил его племянник Шах-Валад. Через полгода его жена Танду убила мужа, и провозгласила султаном их малолетнего сына Махмуда. В апреле 1411 года после осады пал Багдад. Танду с сыновьями Шах-Валада уехала в Шуштер. Владения Джалаиридов постепенно переходили к Кара-Коюнлу. В 1415 году Танду умерла. Султаном в Шуштере после ее смерти стал другой сын Шах-Валада, Увайс II. Он несколько расширил владения Джалаиридов, а в 1417 году взял Басру.
В 1418 году Кара-Йусуф в битве при Калат ар-Руме нанес поражение правителю Ак-Коюнлу Кара-Юлюку Усману. Но против Кара-Коюнлу выступил султан Шах-Рух. В 1420 году Кара-Йусуф умер, и его сменил сын Искандар. Он продолжал войну с Ак-Коюнлу. В это время войска Шах-руха без боя заняли Тебриз. В мае 1421 года Искандар победил Ак-Коюнлу и обратился против Тимуридов. Уже в августе 1421 года произошло решительное сражение в Алашкертской долине. Шах-Рух одержал полную победу, но осенью того же года оставил Азербайджан. Искандар вернулся в Тебриз, а его брат Джихан-шах правил в Султании.
В том же 1421 году в войне с Тимуридами погиб султан Увайс II. Сначала ему наследовал брат Мухаммад, но в следующем году престол вторично занял Махмуд. В 1427 году и он был свергнут, и на трон воссел сын Ала-ад-даулы Хусайн II.
В этом же году Искандар напал на владения Шах-Руха и захватил города Зенджан и Казвин. Воспользовавшись начавшейся войной, на Кара-Коюнлу напал Хусайн II и занял Мосул и Эрбиль. В 1429 году Шах-Рух вторгся в Азербайджан и нанес поражение армии Искандара в битве при Салмасе. Шах-Рух овладел крепостью Алинджа и зимовал в Карабахе. Он сохранил государство Кара-Коюнлу, но посадил на престол брата Искандара Абу Саида, признавшего себя вассалом Шах-Руха.
В мае 1430 года тимуридские войска покинули Азербайджан. Там немедленно появился Искандар, и началась междоусобная война. В ее результате Абу Саид был побежден и убит, а страна подверглась опустошению. В 1431 году Искандар вновь сел на трон. Он нанес поражение Хусайну II и осадил его в Хилле. После семимесячной осады город был взят в октябре 1431 года. Последний джалаиридский султан Хусайн II был взят в плен и казнен, а все земли Джалаиридов перешли к Кара-Коюнлу.
В 1434 году войска Искандара вторглись в Ширван и подвергли его опустошению. В ноябре того же года на помощь ширваншаху пришел Шах-Рух. Летом 1435 года войско Искандара было в третий раз разбито армией Шах-Руха. Падишах бежал к Эрзеруму, собрал там новое войско и напал с ним на союзника Шах-Руха, Кара-Юлюка. Ак-Коюнлу потерпело поражение, а Кара-Юлюк Усман вместе с одним из сыновей пал в сражении. После его смерти сыновья Али и Хамза поделили земли Ак-Коюнлу. Однако на ход войны эта победа влияния не оказала.
Осенью 1435 года Шах-рух снова занял Тебриз и посадил на престол Кара-Коюнлу другого брата Искандара, Джихан-шаха. Последний признал себя вассалом Тимуридов. Весной 1436 года Шах-Рух ушел из Азербайджана. Искандар еще раз попытался силой вернуть власть, но теперь был разбит Джихан-шахом и осажден в крепости Алинджа. Там в 1437 году сын Искандара, ШахКубад тайно вступил в связь с наложницей отца. А затем, по ее предложению, ночью зарезал пьяного падишаха в спальне, и голову Искандара преподнес Джихан-шаху.
Ак-Коюнлу в 1440-е годы было ослаблено междоусобицами, а по отношению к Шах-Руху Джихан-шах был лоялен. Все изменилось после кончины султана Шах-Руха в 1447 году. На престоле Тимуридов воссел сын Шах-Руха Улугбек. Но против него выступили племянники – сыновья его брата Байсонкура. Один из них – Бабур – стал править Хорасаном, а другой – Султан-Мухаммад завладел Мазендераном и Горганом. Самарканд захватил внук Миран-шаха и зять Улугбека, Абу Саид. А сын Улугбека Абд ал-Латиф утвердился в Балхе.
Осенью 1449 года в битве у Димишка войска Улугбека были разбиты армией Абд ал-Латифа. Улугбек сдался сыну и был умерщвлен по его приказу. Сам Абд ал-Латиф был убит в мае 1450 года заговорщиками.
Абу Саида победил внук Шах-Руха, Абдаллах-мирза. Последний стал султаном Мавераннахра. Абу Саид бежал к узбекскому хану Абу-л-Хайру. В 1451 году узбеки вторглись в Мавераннахр и взяли Самарканд. Абдаллах-мирза был убит, а на трон опять сел Абу Саид. В том же году Бабур Абу-л-Касим напал на своего брата Султан-Мухаммада, захватил его и ликвидировал. После чего началась борьба между Бабуром и Абу Саидом.
Воспользовавшись междоусобицами среди Тимуридов, падишах Кара-Коюнлу Джихан-шах к 1453 году завоевал Фарс и весь Западный Иран. К этому времени внук Кара-Юлюка, Узун-Хасан победил своих родственников и объединил под своей властью все земли Ак-Коюнлу.
Правивший в Герате Бабур проводил время в пьяных оргиях. В результате он спился и умер в 1457 году. Его сын Шах-Махмуд не смог сдержать натиска Кара-Коюнлу, захвативших Горган и Хорасан. В июне 1458 года Джихан-шах занял Герат. Шах-Махмуда сверг Абу Саид и он предложил Джихан-шаху оставить земли Тимуридов. Учтя начавшееся восстание в Азербайджане его сына Хасана Али и нападения с запада Ак-Коюнлу, Джихан-шах в 1459 году заключил мир с Абу Саидом. Оставив Герат и Хорасан, Джихан-шах вернулся в Азербайджан и подавил восстание Хасана Али.
В 1460-х годах развернулась борьба между Кара-Коюнлу и Ак-Коюнлу. В мае 1467 года на Мушской равнине в Армении произошло решительное сражение. Войско Кара-Коюнлу потерпело поражение от Ак-Коюнлу и понесло большие потери. Войска Узун-Хасана преследовали Джихан-шаха, отступавшего в Азербайджан. Около Чубукджура Джихан-шах с отрядом остановился на ночлег в ущелье. Войска Узун-Хасана напали на этот отряд. Захваченные врасплох чернобаранные не могли оказать достойного сопротивления. Семидесятилетний Джихан-шах только успел одеться и сесть на коня, как воины УзунХасана окружили его. Падишах закричал, чтобы его не убивали, а брали в плен. Но белобаранные свалили его с коня и отрубили голову.
После гибели старого падишаха на престол Кара-Коюнлу стали претендовать два его сына: Хасан Али и Хусайн Али. Последний, непопулярный у знати дервиш, был очень скоро убит. Хасан Али собрал огромное войско, но весной 1468 года Узун-Хасан разбил его. Ак-Коюнлу заняли Азербайджан и Карабах. Хасан Али вскоре был убит, а подчинявшиеся ему племена большей частью присоединились к Ак-Коюнлу.
На подмогу Хасану Али отправился султан Абу Саид. Но он выступил из Хорасана только в июле 1468 года, когда Кара-Коюнлу было уже разгромлено. В Азербайджан тимуридская армия прибыла осенью. Абу Саид решил провести зиму на побережье Каспийского моря. Но в Муганской степи по какой-то причине в тимуридском войске начался падеж лошадей. Длинный Хасан блокировал татар у берега и перекрыл пути поставок продовольствия. В начале 1469 года, когда воины Абу Саида оголодали, туркмены Ак-Коюнлу напали на них и одержали победу очень легко. Попавший в плен Абу Саид был казнен.
С помощью Узун-Хасана в Хорасане сел править сын СултанМухаммада, Йадигар Мухаммад. Но уже в 1470 году он был разбит, свергнут и убит Хусайном Байкарой – правнуком сына Тимура, Умар-Шайха. После ряда столкновений почти весь Иран перешел в руки Длинного Хасана. Хусайн Байкара контролировал только Хорасан, Систан, Мазендеран и Гилян. Но с ним пришлось заключить мир, ибо главная опасность для государства Ак-Коюнлу исходила от Османской империи.
Несколько лет бились за Малую Азию Узун-Хасан и Мухаммад II. В августе 1472 года армия Ак-Коюнлу потерпела поражение близ Коньи. В этой битве погибли трое сыновей Узун-Хасана. В 1473 году Ак-Коюнлу одержали победу над турками у Малатьи, но 11 августа были разгромлены у Отлук-бели. Решающую роль сыграло превосходство турок в артиллерии. После еще одного поражения, в 1475 году, все малоазийские земли Ак-Коюнлу были захвачены османами.
В январе 1478 года Узун-Хасан умер во время похода в Грузию. У почившего падишаха осталось пять сыновей. Старший из них, Халил, сев на трон, казнил своего брата Максуда. Другой брат, Йакуб, поднял восстание, поддержанное племенами байандури и мовсилу. В июле 1478 года в битве у Хоя, Йакуб разгромил Халила, казнил его и занял престол в Тебризе.
В это время усилилось шейхство Сефевие со столицей в Ардебиле. Оно носило название в честь шейха Сефи ад-дина (1254–1334 гг.), возглавлявшего в Ардебиле суфийско-дервишский орден Сефевийа. Тогдашний шейх Хайдар значительно расширил владения Сефевидов, а его отряды гази (бойцов за веру) получили военную организацию. Вместо туркменской шапки Хайдар приказал своим мюридам носить чалму с 12 красными полосками в честь 12 шиитских имамов. С этих пор его мюриды получили название кызылбашей, то есть красноголовых.
В 1488 году Хайдар отправился в поход против ширваншаха Фаррух-Йасара и разгромил Шемаху. Однако на помощь ширванцам прибыл падишах Ак-Коюнлу Йакуб со своей армией. В июле объединенные войска Ак-Коюнлу и ширванцев нанесли сокрушительное поражение кызылбашам. Шейх Хайдар в этом сражении погиб. Шейхом ордена Сефевийа стал его старший сын Султан Али.
Но падишах Йакуб занял Ардебиль и другие владения Сефевидов. В 1490 году Йакуб умер, отравленный по ошибке собственной матерью. После этого безутешная матушка отравилась сама. Престол Ак-Коюнлу унаследовал сын Йакуба, Байсонкур. Но тут же в Ираке эмир Байандур-бег провозгласил падишахом его дядю Месиха. В Хамадане эмир Шах-Али объявил повелителем внука Узун-Хасана, Махмуда. Другая группа эмиров выдвинула еще одного внука Длинного Хасана – Рустама, сына казненного Максуда.
В 1490–1491 годах правивший от имени Байсонкура эмир Суфи Халил разгромил всех альтернативных претендентов. Месих и Махмуд были убиты, а Рустам попал в плен и был заточен в крепость Алинджу. Но здесь против Суфи Халила организовал восстание военачальник Сулайман Бижан-оглу. В сражении 1491 года Суфи Халил был разбит и убит. Но на посту падишаха Бижан-оглу оставил Байсонкура.
Тогда против Бижан-оглу поднял восстание правнук Кара-Юлюка, Айба-султан. В 1492 году он освободил из заключения Рустама, и большинство эмиров приняло его сторону. Лишенный поддержки Бижан-оглу бежал в Дийарбакр и там погиб. Байсонкур скрылся в Ширване. В конце мая 1492 года Рустам взошел на престол в Тебризе, но власть сосредоточил в своих руках Айба-султан.
Рустам вернул Султану Али Ардебиль и другие владения, но вскоре стал опасаться роста его могущества и послал против кызылбашей войска. Перед сражением Султан Али объявил своим преемником семилетнего брата Исмаила и отослал его в Ардебиль. В битве с Ак-Коюнлу у села Шамаси в 1494 году кызылбаши потерпели поражение, а шейх Султан Али погиб. После битвы туркмены ворвались в Ардебиль и занялись ограблением жителей. Исмаил сначала прятался в мавзолее шейха Сефи ад-дина, а затем в соседнем доме одного из сефевидских мюридов. Через три дня его передали под присмотр надежной женщины, и тут он был укрыт около месяца.
Падишах Ак-Коюнлу Рустам отдал приказ найти и казнить всех сыновей шейха Хайдара. Воины обыскивали Ардебиль дом за домом и квартал за кварталом. Тогда жители спрятали маленького шейха в одном из склепов соборной мечети. Скоро стало известно, что около 80 кызылбашей скрываются недалеко от Ардебиля, и Исмаила переправили к ним. Уже под их охраной Исмаила отвезли в Лахиджан, где было относительно безопасно.
В 1497 году внук Узун-Хасана и сын Огурли-Мухаммада, Ахмад Говде, поднял восстание против падишаха Рустама. В состоявшемся сражении Рустам погиб, и в мае того же года Ахмад Говде занял тебризский престол. Новый государь Ак-Коюнлу казнил многих представителей знати за попытки мятежа, и попытался провести налоговую и земельную реформы.
Ответом стал мятеж в Ираке и Фарсе. Его возглавили Айбасултан и наместник Фарса Касим-бег. Войско падишаха сразилось с ними в окрестностях Исфахана в декабре 1497 года. Его войско было разгромлено и Ахмад Говде погиб.
Айба-султан провозгласил падишахом сына Йакуба, Мурада, но затем осерчал на него и посадил в крепость Равандуз. Вместо него Айба-султан объявил падишахом Алванда, сына Йусуфа и внука Узун-Хасана. Когда в 1498 году он приехал в Тебриз, группа эмиров поставила правителем его брата Мухаммад-мирзу. В последовавшей битве при Азиз-Кенде Алванд был разромлен, а Айба-султан убит.
В мае 1499 года Мухаммад-мирза сел на престол в Тебризе. Но сейчас же братья Айбы-султана освободили из заключения Мурада и стали собирать войско. Сражение между армиями претендентов произошло в конце 1499 года около Исфахана. Мухаммад-мирза потерпел поражение и погиб. В 1500 году Алванд и Мурад заключили мир и поделили между собой державу Ак-Коюнлу. Алванд правил северной половиной из Тебриза, а Мурад повелевал южной половиной из Исфахана.