В этой обстановке весть о поражении, нанесенном бабидами войскам Махди-Кули-мирзы, обеспокоила тегеранский двор. Аббас Кули-хану Лариджани был повторно отдан приказ немедленно выступать к Шейх-Табарси. Кроме того, было предписано Мохаммед-Керим-хану Ашрафи, Мохсен-хану Хазар-Джериби, Халиль-хану Савадкухи и другим мазендеранским ханам со своими войсками следовать туда же.
Прибыв, они разбили лагерь западнее Шейх-Табарси и начали возводить укрепления. На сей раз на подавление восстания прибыло около 7 тысяч солдат. Несколько раз правительственные войска атаковали крепость по ночам, но все эти атаки были отбиты.
В начале февраля 1849 года руководители обороны решили совершить новую ночную вылазку. Для нее был отобран отряд из 400 бабидов. 3 февраля отряд под командованием Хосейна Бошруйе вышел из крепости за три часа до рассвета. Впереди верхом на лошадях ехали мулла Хосейн и другие руководители. Чтобы не шуметь и приблизиться к лагерю незаметно, копыта лошадей были обмотаны тряпками. Пешие бабидские воины, несмотря на холод, шли босыми. Только немногие были вооружены ружьями, остальные в основном имели мечи, сабли, копья, кинжалы.
В ночь на 3 февраля бабидам удалось внезапно напасть на военный лагерь. Сначала они обрушились на спящих савадкухцев, многих поубивали, остальные разбежались. Преследуя бегущих, бабиды атаковали отряды из Кад-е Кале, которые тоже бежали. В атаку бабиды ходили сомкнутым строем. Сначала они давали залп, а затем бросались на противника с холодным оружием и боевым кличем «О, Сахиб аз-земан!» Дрались они, не отступая, погибшие и раненые заменялись бойцами из второй линии. Поэтому солдаты не выдерживали натиска, бросали оружие и обращались в бегство. Затем бабиды бросились на ашрафские и суратские отряды. А опрокинув их, ворвались в расположение лариджанцев. Были захвачены все укрепления, возведенные шахскими войсками. Хижины и шалаши, где размещались солдаты, были сожжены.
В этом бою правительственные войска потеряли около 400 человек убитыми, из них 35 офицеров, и около тысячи ранеными. Майор Мохаммед-Султан Лариджани, пытавшийся остановить бегущих солдат, погиб. Командующий войсками Аббас Кули-хан, Керим-хан Ашрафи, Ага-Мохаммед-хан Лариджани и остальные военачальники укрылись в лесу. Бой продолжался до рассвета.
Мулла Хосейн Бошруйе, одетый в белую одежду и зеленую чалму, сражался впереди бабидского отряда. Когда рассвело, скрывавшиеся в лесу ханы узнали его и открыли стрельбу. Несколько пуль поразили муллу Хосейна в грудь и живот. Захватив раненого предводителя, бабиды отступили в крепость. В Шейх-Табарси Хосейн Бошруйе сразу умер и был захоронен в одной из стен крепости. Всего во время этой вылазки бабиды потеряли 70 человек убитыми. Еще 30 тяжелораненых умерли в течение нескольких последующих дней. После гибели Баб эль-Баба хаджи Мохаммед – Али Барфуруши назначил командующим младшего брата убитого – Хасана Бошруйе. Ему были переданы чалма и сабля муллы Хосейна.
После ухода бабидов Керим-хан Ашрафи пытался созвать солдат. Но на его призывы собрались чуть больше 50 человек. Остальные предпочли разбежаться по домам. Приказав похоронить убитых солдат, Аббас Кули-хан Лариджани и другие военачальники, забрав трупы офицеров с остатками своих отрядов, направились в Амоль. По распоряжению Аббас Кули-хана головы убитых бабидов были посланы губернатору Мазендерана. Но попытка этим жестом скрыть поражение была безуспешной.
Разбежавшиеся солдаты повсеместно разнесли сообщение о разгроме войск, осаждавших Шейх-Табарси. Губернатор Мазендерана созвал военный совет. Участники совета решили обратиться за помощью в Тегеран и собирать новое ополчение в Мазендеране. Махди-Кули-мирза и Аббас Кули-хан Лариджани сообщили в столицу, что справиться с восстанием бабидов местными силами не удается, и просили прислать регулярные армейские части и артиллерию.
В Тегеране состоялось новое совещание по вопросу о подавлении восстания в Шейх-Табарси. По его итогам мирза Таги-хан решил отправить в Мазендеран дополнительные войска и пушки.
А местное духовенство объявило бабидам священную войну – джихад. И вслед за армией Махди-Кули-мирзы к Шейх-Табарси направились отряды ортодоксальных шиитских талибов и мулл. Прибыв на место, войска обнаружили, что вдоль всех стен бабидской крепости расставлены колья с насаженными на них головами. Это были головы солдат Аббас Кули-хана, погибших 3 февраля. Мохаммед-Али Барфуруши приказал выкопать тела убитых солдат, отрубить им головы и разместить их на кольях вокруг крепости для устрашения тех войск, которые прибудут к Шейх-Табарси впоследствии.
На этот раз Аббас Кули-хан и Махди-Кули-мирза решили вести осаду крепости по всем правилам военной науки. Они окружили ее со всех сторон и начали строить укрепления. Связь осажденных с окрестными деревнями была прервана. Многие крестьяне, подозреваемые в поддержке бабидов, были арестованы и подвергнуты пыткам. День и ночь велось наблюдение, чтобы из крепости никто не вышел, а туда никто не вошел. Для патрулирования были выделены два отряда: один во главе с Абдуллой-ханом Наваи, другой под началом Хади-хана Нури.
Остальные воинские части осадили Шейх-Табарси. С западной стороны размещались ашрафские стрелки под командованием Насрулла-хана. С севера стоял савадкухский полк Али-хана. С востока к крепости подошли отряды Мустафа-хана Хазар-Джериби. С юга расположились войска Аббас Кули-хана Лариджани. Солдаты вырыли окопы и насыпали высокие земляные валы. На валах были построены башни, с вершин которых велся обстрел внутреннего двора крепости. Зажигательными ракетами поджигались деревянные строения в Шейх-Табарси. Тогда бабиды нарастили в высоту старые валы и насыпали новые, для защиты от обстрела.
Тем временем в лагерь осаждающих прибыли две пушки и две мортиры, присланные по приказу Таги-хана из Тегерана. Они начали обстреливать крепость, и бабидам пришлось перебраться из домов в землянки, выкопанные у внутренней стороны крепостных стен. Но попытки взять Шейх-Табарси приступом были безуспешны. Махди-Кули-мирза выступил с обращением, обещая добровольно покинувшим крепость не только прощение, но даже вознаграждение. Но эта агитация успеха не имела. Тогда по приказу губернатора был доставлен отец руководителя бабидов Мохаммеда-Али Барфуруши. Его отправили в крепость, чтобы он уговорил сына прекратить сопротивление. Но и это ничего не дало.
В феврале к Шейх-Табарси прибыли подкрепления из Хазар-Джериба во главе с Джафар-Кули-ханом Баларустаки и его племянником Тахмасп Кули-ханом. Их направили к западной стене крепости. Через несколько дней с помощью прибывших, перед западной стеной было почти закончено укрепление, превышавшее высотой остальные. Стремясь быстрее закончить его, офицеры заставляли солдат работать и днем и ночью.
В одну из ночей в конце февраля солдаты Джафар Кули-хана и Тахмасп Кули-хана закончили работу до рассвета и вернулись в лагерь. Разгневанный командующий Махди-Кули-мирза приказал им немедленно вернуться и закончить укрепление. Хазарджерибцы вернулись, но вместо работы уснули.
Бабиды не замедлили воспользоваться представившимся случаем. Около 200 человек, вооруженных в основном холодным оружием, вышли из крепости и атаковали спящих хазар-джерибцев. Весь отряд был вырезан, а укрепление порушено. Джафар Кулихан был ранен, а Тахмасп Кули-хан убит. Первый остался жив только потому, что выбросился в ров, куда падали убитые солдаты. Махди-Кули-мирза послал подкрепление, но когда оно подошло, бабиды уже отошли в крепость. Джафар Кули-хана вытащили из рва и отправили в город Сари, но по пути туда он умер.
Меж тем запасы продовольствия в Шейх-Табарси стали истощаться. Все коровы и овцы уже были съедены. Лошади дохли без фуража. Бабиды больше не могли получать еду от крестьян. Попытка проникнуть через позиции осаждающих успехом не увенчалась. Несколько бабидов во главе с муллой Саидом были схвачены при попытке тайно выйти из крепости. Махди-Кули-мирза пытался допросить их о положении в Шейх-Табарси, но они молчали даже под пытками. Тогда муллу Саида и других бабидов заковали в кандалы и отвезли в Сари, где их публично казнили.
Дефицит еды в Шейх-Табарси становился все больше. Бабиды стали резать оставшихся лошадей на мясо. Голод усиливался. Однажды ночью из крепости перебежал мирза Мохаммед-Хосейн Кули с двумя сообщниками. Он заявил об отказе от бабизма, рассказал о смерти Хосейна Бошруйе и тяжелом положении осажденных. Несмотря на сложную обстановку, повстанцы продолжали оборону. Проявилась нехватка пороха. По приказу Мохаммеда-Али Барфуруши бабиды стали гасить фитили не успевших взорваться бомб и добывать из них порох.
Между тем из Тегерана к Шейх-Табарси был прислан один из лучших иранских военачальников – генерал Сулейман-хан Афшари. По его приказу солдаты стали рыть подкопы. Была взорвана одна из крепостных башен. Но когда войска пошли в наступление через полуразрушенную башню, бабиды встретили их огнем. Был убит Абдулла-хан и множество солдат. Атака захлебнулась. За ночь башня была почти вся восстановлена. Осаждающие опять вырыли подкоп и подорвали крепостную стену, образовав в ней большую брешь. Но восставшие поместили в укрытиях около бреши метких стрелков, которые поражали всех, кто пытался приблизиться к ней.
Положение бабидов стало критическим. Все лошади уже были съедены. Голод заставил выкапывать убитых в начале осады лошадей и есть их. Бабиды ели траву, листья, кожу с седел и т. п. Их одежда превратилась в лохмотья. В середине апреля 1849 года из Шейх-Табарси бежал Ага-Расул Бахмизи с 30 бабидами. Они были захвачены, отправлены под конвоем в Амоль, Барфуруш и Сари и там казнены.
Сулейман-хан Афшари и Махди-Кули-мирза сочли, что настало время для общего штурма. Для воодушевления солдат были обещаны награды от 500 до 100 туманов первым пяти знаменосцам, взобравшимся на стену. Войска атаковали крепость со всех сторон одновременно, но штурм был отбит. Погибло много солдат и все знаменосцы, пытавшиеся установить знамена над Шейх-Табарси. Аббас Кули-хан получил ранение.
Потерпев неудачу со штурмом, Махди-Кули-мирза решил прибегнуть к обману. Он направил бабидскому руководству письмо с предложением сохранения их жизни и свободы в обмен на прекращение сопротивления. К тому времени из-за потерь и дезертирства в крепости оставалось около 250 человек. Учитывая то, что Шейх-Табарси осаждала армия численностью почти 10 тысяч солдат, бабиды решили воспользоваться этим предложением.
Мохаммед-Али Барфуруши ответил Махди-Кули-мирзе, что бабиды согласны сдать крепость, если им будет предоставлена возможность уйти туда, куда они сочтут нужным. Махди-Кулимирза и Аббас Кули-хан согласились на эти условия и подтвердили свое согласие подписями, печатями и клятвами на Коране.
В начале мая 1849 года бабиды вышли из крепости, и были размещены в палатках и окружены войсками. На следующий день Махди-Кули-мирза пригласил бабидских вожаков на обед. Здесь бабидское руководство было схвачено, обезоружено и арестовано. Махди-Кули-мирза сумел добиться от Мохаммеда-Али Барфуруши приказа бабидам сдать оружие. Как только бабиды, поверившие приказу и клятвам на Коране, разоружились, солдаты поубивали их.
Бабидская крепость была разрушена до основания. Гробница Шейх-Табарси и ее ограда были восстановлены такими, как были до восстания. Оставшихся в живых бабидских руководителей в кандалах отвезли в Барфуруш. Здесь были публично казнены: мулла Мохаммед-Садег Хорасани, мирза Мохаммед-Хасан, хаджи мирза Хасан Хорасани, хаджи Насер Казвини, мирза Мохаммед-Хосейн Куми, Абдул-Азим из Мераге и другие. Мирза Нематолла Амол и мирза Мохаммед-Багер Хорасани подверглись казни в городе Амоль.
Вождя мазендеранского восстания – хаджи Мохаммеда-Али Барфуруши Махди-Кули-мирза хотел отвезти на казнь в Тегеран. Но за крупную взятку в 1 000 туманов уступил его главе барфурушского духовенства Саиду оль-улема. Сначала талибы из местного медресе до полусмерти избили хаджи Мохаммеда-Али Барфуруши и поиздевались над ним. Потом Саид оль-улема отрезал ему уши и убил, ударив топором по голове. Тело Мохаммеда-Али Барфуруши разрубили на куски и разбросали эти куски за городом.