Помимо чекистской деятельности Дзержинский был активным членом руководства РСДРП (б), ее левого крыла. Левизна Дзержинского определялась как его очень четко выраженной приверженностью идеям интернационализма и мировой революции, так и особенностями его характера. Ему было свойственно отвергать компромиссы, близка идея революционной жертвенности. Он был душевно моложе своих 40 лет и был близок с новым поколением революционеров, которых олицетворяли в России Н. Бухарин, а также, отчасти, левые эсеры — самая молодая партия России не только по дате образования, но и по возрасту ее членов. Скептически относясь ко многим членам ее политического руководства, он хорошо ладил с ее молодыми членами. Ссорился с первыми, работал рука об руку со вторыми. Александрович, Лазимир, Закс, — всех он давно знал и ценил.

В ночь на 10 декабря 1917 г. было подписано соглашение о совместной работе большевиков и левых эсеров. В СНК в качестве наркомов вошли семь левых эсеров: И. З. Штейнберг — нарком юстиции, П. П. Прошьян — почт и телеграфов, А. Л. Колегаев — земледелия (с 25 ноября). Были образованы и новые наркоматы, которые возглавили члены партии левых эсеров: В. Е. Трутовский — по местному самоуправлению, В. А. Карелин — имуществ Российской Республики. В. А. Алгасов, включившийся в работу наркомата внутренних дел, получил статус «народного комиссара без портфеля, но с правом решающего голоса». Седьмым членом правительства от левых эсеров стал М. А. Бриллиантов, назначенный 19 января 1918 г. членом коллегии наркомата финансов. К работе в СНК привлекались и другие левые эсеры: заместители наркомов Н. Н. Алексеев (Наркомзем) и А. А. Шрейдер (Наркомюст), а также члены коллегий П. Е. Лазимир, Л. Е. Кроник, М. А. Левин и др.

Двухпартийное Советское правительство существовало с декабря 1917 г. по март 1918 г. К тому времени единогласия по ряду вопросов уже не существовало, а споры на заседаниях СНК принимали резкий характер. Тем не менее, только за ноябрь-декабрь 1917 г. на 37 заседаниях СНК было рассмотрено свыше 460 вопросов, связанных с политической, военной, экономической и культурной жизнью республики. Включены были левые эсеры и в коллегию ВЧК, где имели треть мест. Заместителями Дзержинского стали П. Александрович и Г. Д. Закс.

С последними Дзержинского в первое полугодие 1918 г. сближала позиция по применению высшей меры наказания. Несмотря на большое количество уже существовавших в этот период местных чрезвычайных комиссий, высшая мера наказания весной 1918 г. ими практически не применялась. Достаточно ограниченным было применение расстрелов на месте преступления и в Москве. В мае 1918 г., по данным советской периодической печати, общее количество расстрелянных ВЧК, включая 12 анархистов, составило 28 человек, в большинстве случаев это были уголовники: грабители и убийцы. Исключением было вынесение смертного приговора двум братьям, Александру и Владимиру Артуровичу Череп-Спиридович, бывшим офицерам лейб-гвардии Семеновского полка, и их биржевому маклеру Б. С. Берлисону (по другим данным, Вейлингсону) за спекуляцию в особо крупных размерах (незаконная сделка по продаже акций на сумму 5 млн рублей) и государственную измену. Они пытались продать немцам скупленные по дешевке у населения обесцененные акции Веселянских рудников на сумму 4100 тыс. рублей и акций «Чистяково-антрацит» на 900 тыс. рублей. В дальнейшем эти акции были предъявлены советскому правительству, и оно должно было бы их выкупить по номиналу, согласно условиям Брестского мира. 31 мая 1918 г. все трое спекулянтов были расстреляны ВЧК. Третий из братьев, Михаил Череп-Спиридович, позднее летом 1918 г. умер от тифа в тюрьме ВЧК. В других случаях по спекулянтским делам расстрелов не было, хотя ВЧК активно вела работу по борьбе со спекуляцией. По неполным подсчетам, в течение марта-июля 1918 г. ВЧК конфисковала у спекулянтов только различных товаров на сумму свыше 7 млн рублей. В июне 1918 г. применение высшей меры наказания в Москве фактически было приостановлено. Известен лишь единственный случай, когда в ночь на 13 июня был расстрелян провокатор К. А. Штримфлер (М. Г. Владимиров), бывший жандарм, устроившийся на работу в ВЧК под вымышленной фамилией.

Подобная практика приостановки вынесения смертных приговоров ВЧК была вызвана временной стабилизацией советского режима в Москве после весенних превентивных мероприятий ВЧК. Определенную роль также сыграло общественное мнение, направленное против применения смертной казни, в т. ч. позиция левых эсеров, входивших в руководство ВЧК. Единогласия по этому вопросу в центральной ЧК не было, а применение смертной казни ВЧК было возможно только по единогласному постановлению всех членов коллегии, насчитывающей в то время 18 человек. Значительная часть коллегии выступала за более решительные меры, но мнение левоэсеровского меньшинства по установленному порядку перевешивало. При этом, если Дзержинский склонялся к более умеренной практике политических репрессий, отчасти поддерживая чекистов — левых эсеров в ВЧК, то Петерс и Лацис шли явно на конфликт с последними в этом вопросе, отстаивая необходимость применения расстрелов против контрреволюционеров.

Несколько иной (возможно, из-за убийства его брата бандитами в 1917 г.) была позиция Ф. Э. Дзержинского к расстрелам преступников. Так, в мае 1918 г. возникла даже конфликтная ситуация, вызванная расстрелом по единоличному решению Дзержинского, без решения коллегии ВЧК, двух бандитов, задержанных на месте преступления с оружием и взрывчаткой. 15 мая 1918 г. этот случай был рассмотрен на экстренном заседании ВЧК. Распоряжение Дзержинского было одобрено. В отношении же расстрелов по политическим мотивам Дзержинский в этот период занимал более умеренную позицию. Сторонникам жестоких мер оставалось только надеяться на поддержку местных ЧК, которые в июне более решительно стали применять высшую меру наказания.

Особенно отчетливо эта тенденция воплотилась в Тамбове при подавлении июньского мятежа мобилизованных в Красную Армию крестьян. Тамбов стал первым городом, подвергшимся массовому расстрелу ЧК. Позднее в докладе председателя Тамбовского губисполкома М. Д. Чичканова 12 сентября 1918 г. на III Тамбовском губернском съезде советов причины восстания и его ход рисовались следующим образом: «Предписание центра о мобилизации нам пришлось провести, имея комиссариат, далеко не отвечающий своему назначению. Но все-таки мы пытались провести эту мобилизацию… Когда явились сюда мобилизованные, то через несколько часов после прибытия их контрреволюционные элементы гор. Тамбова, прибывшие сюда, по-видимому, специально, офицеры повели определенную работу среди мобилизованных товарищей, и при слабости местной организации коммунистической партии нам ничего не удалось сделать. Везде и всюду контрреволюционные элементы шныряли и вели агитацию против Соввласти… Вооруженной и взвинченной специальной пропагандой и провокационными слухами о том, что Ленин убит, Петроград пал и т. д., толпой были арестованы все советские деятели и заключены в тюрьму. К счастью, мобилизованные долго в городе не остались; свергнув Соввласть, они на этом успокоились и разошлись по деревням. В городе же усилиями правых эсеров и офицерства была восстановлена старая Дума. Было арестовано 200 человек коммунистов, и все заключены в тюрьму. К вечеру Соввласть была ликвидирована, комиссариаты разрушены… Уже на другой день оставшиеся на свободе наши товарищи, столковавшись, выступили против новоявленной власти, выпустили нас и разогнали все офицерство и прочую сволочь… Тамбовские события неизбежно отразились и в губернии. В ближайших волостях стали вооружаться кулаки и свергать Советы».

За мятеж, сопровождавшийся 17–18 июня 1918 г. многочисленными жертвами, после его подавления местной ГубЧК 22 июня было расстреляно 50 человек. Необходимо заметить, что подобные расстрелы дополнялись спустя некоторое время новыми расстрелами задержанных к этому времени участников. Так, в том же Тамбове по постановлению ЧК при Тамбовском совете от 3 июля 1918 г. за активное участие в мятеже расстреляно еще 11 человек.

Ответственность за подобное массовое употребление высшей меры наказания следует возложить на местный Совет, занимавший жесткую, непримиримую позицию в течение всей Гражданской войны. Это была местная инициатива, хотя и одобренная по горячим следам некоторыми видными советскими деятелями, например, членом коллегии ВЧК Я. Х. Петерсом. В центральном органе коммунистической партии газете «Правда» он писал в эти дни: «Если рабочий класс возьмет пример с Тамбова, наша борьба с контрреволюцией закончится в несколько дней». Данное высказывание Я. Х. Петерса надо рассматривать как выражение его политических взглядов, достаточно широко распространенных среди чекистов. Отметим, что Петерс кроме членства в Коллегии ВЧК возглавлял еще партийную ячейку ВЧК. Его поддерживал также член коллегии ВЧК Лацис, также чекист максималистских взглядов. «Работающие в Чрезвычайных комиссиях товарищи — фанатики своего дела. История этого им минусом не поставит», — писал впоследствии М. Я. Лацис. Голоса Петерса и Лациса были значимы. Им Дзержинский противопоставлял голоса левых эсеров. До определенного времени это работало.

Были и другие точки соприкосновения Дзержинского и левых эсеров. И Дзержинский, как левый большевик, и партия левых эсеров выступали против мира с Германией. В начале 1918 г. он заявлял: «подписание мира есть «капитуляция всей программы большевиков», а Ленин «делает теперь в скрытом виде, то, что в октябре делали Зиновьев и Каменев». Тем самым отрицание ленинского курса внешней политики у Дзержинского в январе было категоричным, вплоть до отрицания самого Ленина. Позднее внешнеполитические высказывания Дзержинского также не отличались корректностью.

Когда условия немецкого ультиматума рассматривались на заседании ЦК 23 февраля 1918 г., то Дзержинский первоначально был настроен против принятия унизительных германских условий. Против было настроено и большинство ЦК. Однако Ленин заявил о своей отставке, если условия не будут приняты. За принятие условий Германии, поддержав Ленина, проголосовали Я. М. Свердлов, И. В. Сталин, Г. Е. Зиновьев, Г. Я. Сокольников, И. Т. Смилга, Е. Д. Стасова. Против высказались Н. И. Бухарин, М. С. Урицкий, Г. И. Ломов (Оппоков), А. С. Бубнов. Четверо членов ЦК воздержались. Именно их позиция дала большинство Ленину. Помимо Л. Д. Троцкого, это были Ф.Э Дзержинский, А. А. Иоффе, Н. Н. Крестинский. Угроза раскола партии оказало безусловное влияние на позицию Дзержинского. При обсуждении в ЦК он заявил: «передышки не будет, наше подписание, наоборот, будет усилением германского империализма. Подписав условия, мы не гарантируем себя от новых ультиматумов. Подписывая этот мир, мы ничего не спасем. Но согласен с Троцким, что если бы партия была достаточно сильна, чтобы вынести развал и отставку Ленина, тогда можно было бы принять решения, теперь — нет». Позднее, после того как он воздержался от голосования, он еще раз, уже вместе с Крестинским и Иоффе, объяснил свою позицию: «Как и 17 февраля, мы считаем невозможным подписывать сейчас мир с Германией. Но мы полагаем, что с теми огромными задачами, которые встали перед пролетарской революцией в России после германского наступления и встанут особенно после отклонения германского ультиматума, может справиться только объединённая большевистская партия. Если же произойдет раскол, ультимативно заявленный Лениным, и нам придется вести революционную войну против германского империализма, русской буржуазии и части пролетариата во главе с Лениным, то положение для русской революции создастся еще более опасное, чем при подписании мира. Поэтому, не желая своим голосованием против подписания мира способствовать созданию такого положения и не будучи в состоянии голосовать за мир, мы воздерживаемся от голосования по этому вопросу».

Характерно, что Дзержинский и далее остается последовательным противником мира: на заседание ВЦИК 24 февраля, где продолжилось обсуждение ультиматума, он просто не пришел, как и ряд других видных партийцев (Урицкий, Коллонтай и др.).

3 марта Брестский мир был подписан. Левые эсеры вышли из правительства (Совнаркома), отказавшись от постов наркомов юстиции, земледелия и других. Вместе с тем левые эсеры по-прежнему были представлены в руководстве ВЧК (Всероссийской чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией, саботажем и преступлениями по должности). В ВЧК по-прежнему у них была треть мест в коллегии ВЧК, заместителями Дзержинского были левые эсеры Александрович и Закс. Боевой отряд ВЧК (официально на довольствии состояло 1000 человек, реально было примерно 600 человек) по-прежнему возглавлялся и контролировался левым эсером Д. И. Поповым. Не отказались левые эсеры от своего представительства в ВЦИК.

Оккупация Украины и южно-российских территорий вскоре повлекла за собой серьезный продовольственный кризис, который привел к изменению аграрной политики большевиков. Появление комбедов еще больше развело прежних союзников: большевиков и левых эсеров. Последние считали себя преимущественно представителями именно крестьянства, поэтому «продовольственная диктатура» большевиков воспринималась ими крайне болезненно.

Третьим разделяющим большевиков и левых эсеров событием стало введение в конце июня 1918 г. смертной казни в судебном порядке. Не возражая против смертной казни на месте преступления, установленной декретом от 21 февраля «Социалистическое Отечество в опасности!», левые эсеры не допускали возможности расстрелов политических противников в судебном порядке, выступая против ужесточения карательных мер. Само разворачивание политических репрессий левыми эсерами рассматривалось также как последствие Брестского мира.

В силу этих всех причин в руководстве партии левых эсеров зрело убеждение, что расторжение Брестского мира вновь вернет революцию на правильный путь. Дополнял это мнение и расчет на мировую революцию, которая вскоре последует (Брестский мир, по мнению левых эсеров, отдалил эту перспективу). На заседании ЦК ПЛСР 24 июня 1918 г. констатировалось: «…что в интересах русской и международной революции необходимо в самый короткий срок положить конец так называемой передышке, создавшейся благодаря ратификации большевистским правительством Брестского мира. В этих целях Ц. Комитет партии считает возможным и целесообразным организовать ряд террористических актов в отношении виднейших представителей германского империализма…».

Открывшийся в Москве в Большом театре 4 июля 1918 г. V съезд Советов рабочих, солдатских и крестьянских депутатов, как казалось левым эсерам, давал большие возможности для отказа от Брестского мира. Появилась возможность заявить о своем отрицании не только большевикам, но и германскому послу Вильгельму фон Мирбаху, который был среди приглашенных гостей съезда. Ленинская речь 5 июля неоднократно прерывалась выкриками «Мирбах!» со стороны левых эсеров. Выступивший после Ленина левый эсер Камков прямо заявил, что «диктатура пролетариата превратилась в диктатуру Мирбаха», обвинив большевиков в том, что они стали «лакеями германских империалистов, которые осмеливаются показываться в этом театре». После речи Камкова левые эсеры поднялись со своих мест и, повернувшись к ложе германского посла, стали скандировать: «Долой Мирбаха! Долой немецких мясников! Долой брестскую петлю!».

Стремясь повернуть революцию и большевиков в сторону отказа от решений, принятых вследствие заключения Брестского мира, левые эсеры-чекисты Блюмкин и Андреев (с санкции ЦК партии левых социалистов-революционеров во главе с М. А. Спиридоновой) наметили убийство германского посла Мирбаха.

Покушение было поручено организовать члену ВЧК, левому эсеру Якову Григорьевичу Блюмкину, который работал в ВЧК с мая 1918 г. Дзержинский впоследствии, когда давал показания об июльских событиях, утверждал, что «Блюмкин был принят в комиссию по рекомендации ЦК левых эсеров для организации в контрреволюционном отделе контрразведки по шпионажу». Есть свидетельство рекомендации Блюмкину и ранее упомянутого Эрдмана.

С самого начала своей деятельности Блюмкин начинает искать выходы на германского посла в России Мирбаха. С этой целью Яков Блюмкин берет в разработку дело лейтенанта австро-венгерской армии Роберта Мирбаха, возможного дальнего родственника германского посла. Допросив Р. Мирбаха, Блюмкин пытался связаться лично с послом, однако последний отказывался от родственных связей с навязываемым ему «родственником». Несмотря на это, Блюмкин продолжал разработку этого дела. Так, документы, позднее выданные генеральным консулом Дании, все же подтверждали родственные связи посла с графом Робертом Мирбахом, хотя и отдаленные.

Между тем Дзержинский получал разнообразные данные о подготовке организации теракта против Мирбаха. Согласно полученным им данным, в том числе из германского посольства, через Карахана, теракт должен был организован кругами, близкими к монархическим организациям и савинковскому «Союзу защиты Родины и Свободы». Эти данные он передал Я. Х. Петерсу и М. Я. Лацису (членам ВЧК), которые произвели ряд безрезультативных обысков. В июне 1918 г. Я. Блюмкин был выведен из ВЧК по распоряжению Дзержинского в связи с полученными данными о его недостойном поведении. Яков Блюмкин хвастался своей властью (в том числе известному поэту Мандельштаму), возможностью расстреливать, проводил на расстрелы своих знакомых и т. д. Однако у него оставалась возможность подделать документы ВЧК, чем он и воспользовался.

6 июля 1918 г. Блюмкин около половины третьего дня в сопровождении левого эсера, члена ВЧК, фотографа Андреева, а также двух шоферов — один не был посвящен в обстоятельства дела, второй матрос из отряда Попова знал, на машине подъехал к генеральному посольству Германии (Денежный переулок, д. 5). Здесь он предъявил ордер, якобы подписанный Дзержинским и Ксенофонтовым (секретарем ВЧК). Известие о прибытии представителей ВЧК было передано заместителю Мирбаха Рицлеру. Рицлер пригласил двух чекистов перейти на правую сторону особняка в одну из приемных. Одновременно он вызвал в приемную адъютанта военного агента лейтенанта Леонгарта Мюллера. Когда все четверо уселись возле стола, Блюмкин заявил, что хочет говорить с графом по личному делу. Несмотря на заявления Рицлера, что граф не принимает, а он готов говорить и на секретные темы, Блюмкин повторил несколько раз требование о необходимости личной беседы. Рицлер вышел и вернулся с Мирбахом. Когда Мирбах вошел, Блюмкин начал разговор о Роберте Мирбахе, вынув из портфеля соответствующие документы. Он их разложил на мраморном столе, за который все уселись (трое немцев против Блюмкина), Андреев сел у двери, перекрывая проход. Блюмкин заявил, что Роберт Мирбах замешан в шпионаже. На что Мирбах ответил, что не имеет ничего общего с этим офицером. Блюмкин сказал, что у него есть разные документы, в том числе датского посольства, ходатайствовавшего об освобождении Роберта Мирбаха, что через день дело будет рассматриваться ревтрибуналом. Мирбах никак не отреагировал на это заявление. Разговор длился не более 5 минут. Рицлер предложил прекратить разговор и передать письменный ответ посла через члена наркомата иностранных дел Карахана. Тогда Андреев, сидевший сзади, заявил, обращаясь к Блюмкину, что господину послу угодно знать меры, которые могут быть применены против него. По мнению германских офицеров, эти слова были ключевой фразой террористов. Блюмкин повторил слова Андреева, дождался утвердительного ответа Мирбаха, вскочил со стула, и со словами «это я вам сейчас покажу» выхватил из портфеля револьвер и произвел несколько выстрелов, сначала в Мирбаха, а затем в двух присутствующих немцев, которые все сидели неподвижно в креслах, но промахнулся. Мирбах выбежал в соседнюю залу (приемная была соединена с залой большим проемом без дверей), где его достигла пуля Андреева. Она попала в затылок, и он упал (раньше им была брошена первая бомба, но она не разорвалась). В этот момент Блюмкин выстрелил еще несколько раз в Рицлера и Мюллера. Мюллер инстинктивно бросился на пол, и в этот момент взорвалась бомба. Посыпались с грохотом штукатурка и стекла. Мюллер вскочил и побежал вместе с удержавшимся на ногах Рицлером в соседнюю залу. Там на полу лежал в луже крови убитый Мирбах, рядом было отверстие от разорвавшейся бомбы, в нескольких шагах еще одна неразорвавшаяся бомба. В этот момент террористы через окно скрылись во дворе и уехали на машине. Первым в окно бросился Андреев, за ним Блюмкин. Второпях они оставили на столе документы и оба головных убора, а также еще одну бомбу в забытом портфеле Андреева.

Когда Блюмкин выпрыгивал из окна, он сломал ногу. Он кое-как перелез через ограду, где его еще ранили в левую ногу, ниже бедра. Раненный Блюмкин скрылся в отряде Попова.

Вызванный на место преступления и увидевший подложные документы, Дзержинский сразу догадался об участии Блюмкина в покушении и о месте, где он может скрываться. Посоветовавшись со Свердловым, он без вооруженного отряда, только в сопровождении трех человек отправился в отряд Попова. Позднее Дзержинский рассказывал о дальнейших событиях так: «Приехав к отряду Попова, на мой вопрос, где находится Блюмкин, получил в ответ, что его в отряде нет и что он поехал в какой-то госпиталь. Я потребовал, чтобы мне привели дежурных, которые стояли у ворот и которые могли бы удостоверить, что действительно Блюмкин уехал на извозчике. Таковых мне не привели. Заметив колебание Попова, а также шапку скрывшегося Блюмкина на столе, я потребовал открытия всех помещений, приказав отряду, вооруженному с ног до головы, остаться на своих местах; в сопровождении трех товарищей, с которыми я приехал, начал обходить помещения. В это время в сопровождении нескольких десятков вооруженных матросов подошли ко мне члены ЦК, левые эсеры Прошьян и Карелин, заявив мне, что я напрасно ищу Блюмкина, заявляя при этом, что Блюмкин убил графа Мирбаха по распоряжению ЦК партии эсеров. В ответ на это заявление я объявил Прошьяна и Карелина арестованными, сказав присутствовавшему при этом начальнику отряда Попову, что если он, как подчиненный мне, не подчинится и не выдаст их, то я моментально пущу ему пулю в лоб, как изменнику. Прошьян и Карелин тут же заявили, что они повинуются моему приказанию, но, вместо того чтобы пойти в мой автомобиль, они вошли в соседнюю комнату, где заседал ЦК, и вызвали Спиридонову, Саблина, Камкова, Черепанова, Александровича, Трутовского и начальника их боевой дружины Фишмана и др. Меня окружили со всех сторон матросы; вышел Саблин и приказал мне сдать оружие. Тогда я обратился к окружающим матросам и сказал: позволят ли они, чтобы какой-то господин разоружил меня, председателя ЧК, в отряде которой они состоят. Матросы заколебались. Тогда Саблин, приведший 50 матросов из соседней комнаты, при помощи Прошьяна (который схватил меня за руки) обезоружил меня. После того, когда отняли у нас оружие, Черепанов и Саблин с триумфом сказали: вы стоите перед совершившимся фактом. Брестский договор сорван, война с Германией неизбежна. Мы власти не хотим, пусть будет и здесь так, как на Украине, мы уйдем в подполье. Вы можете оставаться у власти, но вы должны бросить лакействовать у Мирбаха». Рассказ Дзержинского подтверждается характерными для Черепанова заверениями, что власти он и левые эсеры не хотят. Об этом же он будет говорить точно такими же словами и после своего ареста в феврале 1919 г.

Взаимный захват заложников — сначала левыми эсерами, отказавшимися выдать террористов, а затем коммунистами (фракции левых эсеров на V съезде Советов) привел к столкновению на улицах Москвы. Сознательная провокация, направленная на срыв Брестского мира и на возобновление революционной войны с Германией, вылилась в двухдневные уличные бои. «Единственная цель июльского восстания, — утверждал впоследствии участник событий левый эсер Черепанов, — сорвать контрреволюционный Брестский мир и выхватить из рук беков партийную диктатуру, заменив ее подлинной Советской властью». Однако большевики усмотрели в действиях левых эсеров покушение на свою власть. Они разоружили выступивший с оружием в руках в поддержку совершенного теракта левоэсеровский чекистский отряд Попова (позднее были расстреляны 12 человек), исключив одновременно левых эсеров из Советов. Среди расстрелянных был левый эсер Александрович, зам Дзержинского в ВЧК.

«Как только Дзержинский освободился, он пришел к Владимиру Ильичу в Совнарком. Владимира Ильича почему-то не было в это время в Совнаркоме, и вместо него Дзержинского встретил Я. М. Свердлов. Больше всего презиравший неискренность и вероломство в людях, Феликс Эдмундович был потрясен подлым предательством левых эсеров, среди которых было немало сотрудников ВЧК, и подавлен тем, что попал к ним в руки. Прохаживаясь по залу заседаний, он очень возбужденно рассказывал об этом Свердлову.

— Почему они меня не расстреляли? — вдруг воскликнул он. — Жалко, что не расстреляли, это было бы полезно для революции.

Яков Михайлович, горячо любивший Дзержинского, с большой нежностью обнял его за плечи и сказал:

— Нет, дорогой Феликс, хорошо, очень хорошо, что они тебя не расстреляли. Ты еще немало поработаешь на пользу революции.

Я в то время еще мало знала Феликса Эдмундовича. Слова, сказанные им с такой непосредственностью и искренностью, поразили меня и запомнились на всю жизнь. «Вот это настоящий человек! — подумала я. — Человек с большой буквы».

Вместе с тем, учитывая тот факт, что основой вооруженных сил восставших стал боевой отряд ВЧК под руководством Попова, а также что террористами, убившими германского посла, были члены ВЧК Блюмкин и Андреев, Дзержинский до выяснения всех обстоятельств подал в отставку с поста председателя ВЧК. 7 июля он написал заявление: «Ввиду того, что я являюсь, несомненно, одним из главных свидетелей по делу об убийстве германского посланника графа Мирбаха, я не считаю для себя возможным оставаться больше в Всероссийской Чрезвычайной комиссии… в качестве ее председателя, равно как и вообще принимать какое-либо участие в комиссии. Я прошу Совет Народных Комиссаров освободить меня от работы в комиссии».

Новым председателем стал Я. Петерс. Практика расстрелов ВЧК при Петерсе резко пошла вверх. В июле 1918 г. чрезвычайными комиссиями было расстреляно более 160, а в августе — 400 человек. Таким образом, за июль ЧК расстреляно примерно столько же, сколько за первое полугодие 1918 г., а в августе — в 2,5–3 раза больше, чем в июле. Налицо была новая динамика вынесения высшей меры наказания при новом председателе ВЧК. Хотя доля уголовного элемента среди расстрелянных в этот период еще составляла существенный процент, политические расстрелы уже преобладали. За август доля расстрелянных уголовников по вынесенным смертным приговорам ЧК составила более 30 %, а в Центральной России — от 50 % до 80 %. Значительную часть расстрелянных по политическим мотивам составили жандармы и провокаторы. В июле и августе 1918 г. различными ЧК было расстреляно более 60 представителей жандармерии и провокаторов.