На уровне руководства наиболее известным событием было так называемое "ленинградское дело" 1949 года. Повторная чистка ленинградского руководства последовала за обвинением, что оно дистанцировалось от Центрального Комитета и действовало самостоятельно. В оборот попал Наколай Вознесенский, глава государственной планирующей организации, Госплана. Он имел личные связи с ленинградскими вождями и попал под огонь при проведении заседания Совета Министров всвязи с недостоверностью информации, и утерей секретных документов государственной важности.