Сталинская решимость внедрить суровый дисциплинарный режим в вооружённых силах была продемонстрирована наказанием командования злосчастного Западного фронта, который потерпел катастрофическое поражение под Минском. Были арестованы генерал Дмитрий Павлов, командующий фронтом, и ряд его офицеров. В резолюции ГКО от 16 июля говориться, что аресты произведены открыто, чтобы дать урок другим высшим офицерам, которые нарушают дисциплину. После ареста в начале июля Павлов был обвинён в антисоветском заговоре, также, как и Тухачевский в 1937 году. Но когда трибунал приговорил его к смерти 22 июля, он обвинялся в трусости, преступной халатности и отступлении без приказа. Другая группа высших командиров, павшая жертвой сталинского гнева, была из состава Красных Воздушных Сил. Их арестовали и расстреляли за то, что они допустили уничтожающую атаку люфтваффе на советские аэродромы 22 июня 1941 года. Среди этих арестованных генералы Проскуров, Птахин, Рычагов и Смушкевич были расстреляны без суда в октябре 1941 года. Также жертвой сталинских репрессий чуть не стал начальник Ген. штаба Мерецков, арестованный, когда Павлов под пытками назвал его соучастником антисоветского заговора. Возможно Мерецков был подвергнут жестокому допросу в НКВД, но освобождён без обвинений и в сентябре возвращён на свою старую должность в Ленинграде, где он оставался представителем ставки до окончания войны в 1945 году.