В 1844 году Греков уехал в Петербург, поступив на службу начальником типографии губернского правления, которая печатала «Санкт-Петербургские губернские ведомости», историко-краеведческую, библиографическую и другую литературу, документацию для губернского правления, как и было положено всем типографиям, созданным при такого рода заведениях. Через два года уволился с нового места и вернулся в Москву. На тот момент ему все еще не удалось погасить долг перед московской Университетской Типографией, которая в момент его увольнения, в 1843 году, выставила Грекову счет, превышающий его жалованье за три года, – за использование материалов типографии, проведение полиграфических работ на служебном месте, публикацию объявлений в «Московских ведомостях» и т. д. Почему произошло так, что только в 1843 году типография затребовала с Грекова оплату публикации объявлений, использованных материалов и т. д.? И было ли это как-то связано с его отъездом в Петербург? Или, может, с выходом его книги по гальванопластике в 1842 году? Или со сменой главного редактора «Московских ведомостей» (в 1841 году князь Шаликов был уволен, в 1843 году главным редактором стал Евгений Фёдорович Корш, работавший прежде в университетской библиотеке)? Последнее кажется наиболее вероятным… Или, может, еще какими другими обстоятельствами? Об этом можно лишь строить догадки. Во всяком случае, в 1841 году Греков получил от «Московских ведомостей» разовую премию в 40 рублей серебром, а в 1843-м уже не числился в «Формулярных списках».

Публикация историка фотографии Сергея Морозова в журнале «Советское фото» № 7, 1980 год. Здесь Морозов делает предположение, что изображенный на дагеротипе мужчина, возможно, Алексей Греков. Никаких доказательств, впрочем, не приводит. Этот дагеротип сегодня хранится в Историческом музее. В издании «Дагеротип в России. Из собрания Исторического музея» 2014 года он атрибутирован как портрет неизвестного мужчины, сделанный в Санкт-Петербурге в 1850-е годы в ателье «Братья Цвенер».

После возвращения из Петербурга в Москву, видимо, надеясь решить свои финансовые сложности, Греков втянулся в процесс изготовления фальшивых денег, за что в 1850 году был заключен в тюрьму. В тюрьме умер около 1850–1851 года, так и не успев выплатить долги перед типографией.

О семейной жизни Алексея Фёдоровича известно совсем немного. В «Формулярных списках» 1841 года значится, что он был вдов и имел при себе сына Александра 11 лет «православнаго вероисповедания».