Исповедь совершается в храмах либо вечером после вечернего богослужения, либо утром перед началом литургии. Ни в коем случае нельзя опаздывать к началу исповеди, так как Таинство начинается с чтения чинопоследования, в котором должен молитвенно участвовать каждый желающий исповедаться. При чтении чинопоследования священник обращается к кающимся, чтобы они назвали свои имена — все отвечают в полголоса. Те, кто опоздал к началу исповеди, к Таинству не допускаются; священник, если есть такая возможность, в конце исповеди заново читает для них чинопоследование и принимает исповедь, либо назначает исповедь на другой день. Нельзя приступать к Таинству Покаяния женщинам в период месячного очищения.
Исповедание обычно происходит в храме при стечении народа, поэтому нужно уважать тайну исповеди, не тесниться рядом со священником, принимающим исповедь и не смущать исповедующегося, открывающего свои грехи священнику. Исповедь должна быть полной. Нельзя исповедовать сначала одни грехи, другие же оставлять на следующий раз. Те грехи, которые кающийся исповедовал в предыдущие исповеди и которые уже были ему отпущены, вновь не называются. При возможности нужно исповедоваться у одного и того же духовника. Не следует, имея постоянного духовника, искать другого для исповедания своих прегрешений, открыть которые знакомому духовнику мешает чувство ложного стыда. Поступающие так своими действиями пытаются обмануть Самого Бога: на исповеди мы исповедуем свои грехи не духовнику, а вместе с ним — Самому Спасителю.
В больших храмах, из-за большого количества кающихся и невозможности священника принять исповедание от всех желающих, обычно практикуется «общая исповедь», когда священник перечисляет вслух наиболее распространенные грехи, и стоящие перед ним исповедующиеся каются в них, после чего все по очереди подходят под разрешительную молитву. Тем, кто ни разу не был на исповеди или не исповедовался несколько лет, следует избегать общей исповеди. Таковым нужно обязательно пройти исповедь частную — для чего нужно выбрать либо будний день, когда в храме не так много исповедников, либо найти приход, где совершается только частная исповедь. Если же такой возможности нет, нужно на общей исповеди подойти к священнику за разрешительной молитвой в числе последних, дабы никого не задерживать, и объяснив ситуацию, открыться ему в содеянных грехах. Так же должны поступить и те, кто имеет тяжкий грех.
Многие подвижники благочестия предупреждают, что тяжкий грех, о котором исповедующийся промолчал на общей исповеди, так и остается нераскаянным, а значит и не прощенным.
После исповедания грехов и прочтения священником разрешительной молитвы, кающийся целует лежащие на аналое Крест и Евангелие и, если готовился к причастию, берет у духовника благословение на причащение Святых Христовых Таин.
В некоторых случаях священник может наложить на кающегося епитимию — духовные упражнения, назначенные для углубления покаяния и искоренения греховных навыков. К епитимии нужно относиться, как к воле Божией, изреченной через священника, требующей обязательного исполнения для врачевания души кающегося. В случае невозможности по разным причинам исполнить епитимию следует обратиться для разрешения возникших трудностей к тому священнику, который ее наложил.
Желающие не только исповедоваться, но и причаститься должны достойно и в соответствии с требованиями Церкви приготовиться к Таинству Причащения. Называется такое приготовление говением.